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[发明专利]基于重采样的特征选择方法、装置、电子设备和存储介质-CN202211644944.3有效
发明人：吕行;邝英兰;叶莘;黄萌 -专利权人：珠海圣美生物诊断技术有限公司
申请日： 2022-12-21 - 公布日： 2023-03-10 - 主分类号： G16B20/30 文献下载
摘要：本发明提供一种基于重采样的特征选择方法、装置、电子设备和存储介质，其中方法包括：数据获取步骤：获取多个样本甲基化数据；特征选择步骤：采用有放回的重采样方式从多个样本甲基化数据中抽取多个采样甲基化数据；基于统计学方法，对采样甲基化数据进行统计分析，得到数值差异满足预设条件的多个初筛甲基化位点；基于特征选择模型，结合采样甲基化数据对多个初筛甲基化位点进行特征选择，得到多个候选甲基化位点，并将多个候选甲基化位点置于特征池中；特征确认步骤：重复执行特征选择步骤预设次数后，基于特征池中各个甲基化位点的出现频率，确定靶点甲基化位点。
基于采样特征选择方法装置电子设备存储介质

[发明专利]一种血液游离DNA甲基化定量检测方法及其应用-CN202210399036.6在审
发明人：徐建锋;张超;李典格;李清华;张泽跃 -专利权人：北京莱盟君泰国际医疗技术开发有限公司
申请日： 2022-04-15 - 公布日： 2022-07-05 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：本发明公开了一种血液游离DNA的甲基化定量检测方法及其应用，属于生物检测技术领域。该方法能够有效改善现有的基于游离DNA的甲基化肿瘤标记物的预测准确率，适用于肿瘤的早筛应用。本方法利用健康人类血液白细胞的基因组DNA甲基化率作为血液样本的甲基化值。检测待测血液样本的甲基化率后，通过减去健康血液的甲基化值并与检测到的cfDNA片段数目进行乘积，得到肿瘤细胞来源的甲基化的cfDNA片段的数目，作为cfDNA绝对甲基化值。通过对比研究发现使用cfDNA绝对甲基化值能够显著提高现有cfDNA甲基化肿瘤标记物的预测准确率。
一种血液游离 dna 甲基化定量检测方法及其应用

[发明专利]一种配对样本差异甲基化区域的检测方法-CN202211741329.4在审
发明人：潘小青;武娟洁 -专利权人：上海师范大学
申请日： 2022-12-31 - 公布日： 2023-07-21 - 主分类号： C12Q1/6869 文献下载
摘要：本发明公开一种配对样本差异甲基化区域的检测方法，包括以下步骤：(1)通过高通量甲基化测序获得配对样本的甲基化位点数据，计算每个位点上甲基化的胞嘧啶C占胞嘧啶的比例；(2)将同一个染色体上的甲基化位点合并为区段，将得到的每一区段的甲基化信息分区段储存到数组中；(3)得到差异甲基化区域的相关信息；(4)根据上述区段的甲基化信息，进行配对样本的统计检验和FDR矫正，输出相关信息。本发明的配对样本差异甲基化区域的检测方法针对配对样本实现差异甲基化区域的检测，提高准确性。
一种配对样本差异甲基化区域检测方法

[发明专利]甲基化标志物的筛选方法、识别甲基化特征的方法和装置-CN202310713016.6在审
发明人：相学平;郭丽华 -专利权人：杭州布平医学检验实验室有限公司
申请日： 2023-06-15 - 公布日： 2023-09-05 - 主分类号： G16B20/30 文献下载
摘要：本发明提供了一种甲基化标志物的筛选方法、识别甲基化特征的方法和装置，涉及生物标志物的技术领域。该筛选方法包括(a)获取特征样本和对照样本的各候选差异甲基化区域的测序reads；计算每条read的alpha值；所述alpha值为每条read中甲基化胞嘧啶数量与所有甲基化位点数量的比例；(b)获取候选差异甲基化区域的alpha分布模型，若alpha分布模型符合设定原则，则候选差异甲基化区域，和/或其中含有的至少一个甲基化位点作为甲基化标志物。本发明缓解了现有技术中存在的甲基化标志物特异性和灵敏度有待提高的问题。
甲基化标志筛选方法识别特征装置

[发明专利]一种用于诊断预示Her-2过表达型乳腺癌骨转移的基因诊断试剂盒-CN201711153105.0有效
发明人：薛守海;李宜健;童强;刘敏涛;胡雨祝 -专利权人：武汉迈特维尔生物科技有限公司
申请日： 2017-11-20 - 公布日： 2019-01-04 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：本发明公开了甲基化基因组合物及制备诊断预示Her‑2过表达型乳腺癌骨转移试剂盒的用途。本发明发现，血清甲基化PITX1和甲基化AMOT可联合用于诊断预示Luminal A型乳腺癌骨转移，血清甲基化PTPN1和甲基化SLIT2可联合用于诊断预示Luminal B型乳腺癌骨转移，血清甲基化MYLK2、甲基化EFEMP1和甲基化SOSTDC1可联合用于诊断预示Her‑2过表达型乳腺癌骨转移，血清甲基化MYLK3和甲基化SCARA5可联合用于诊断预示三阴性型乳腺癌骨转移，准确度达90％以上，检测成本低
甲基化骨转移乳腺癌诊断血清联合基因诊断试剂盒基因组合物准确度介入性试剂盒阴性制备检测发现

[发明专利]一种用于诊断预示Luminal A型乳腺癌骨转移的基因诊断试剂盒-CN201711153104.6有效
发明人：薛守海;李宜健;童强;刘敏涛;胡雨祝 -专利权人：深圳市盛景基因医疗有限公司
申请日： 2017-11-20 - 公布日： 2019-01-22 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：本发明公开了甲基化基因组合物及制备诊断预示Luminal A型乳腺癌骨转移试剂盒的用途。本发明发现，血清甲基化PITX1和甲基化AMOT可联合用于诊断预示LuminalA型乳腺癌骨转移，血清甲基化PTPN1和甲基化SLIT2可联合用于诊断预示Luminal B型乳腺癌骨转移，血清甲基化MYLK2、甲基化EFEMP1和甲基化SOSTDC1可联合用于诊断预示Her‑2过表达型乳腺癌骨转移，血清甲基化MYLK3和甲基化SCARA5可联合用于诊断预示三阴性型乳腺癌骨转移，准确度达90％以上，检测成本低
甲基化基因组合制备诊断预示 luminala 乳腺癌转移试剂盒用途

[发明专利]一种用于诊断预示三阴性型乳腺癌骨转移的基因诊断试剂盒-CN201711200315.0有效
发明人：薛守海;李宜健;童强;刘敏涛;胡雨祝 -专利权人：武汉迈特维尔生物科技有限公司
申请日： 2017-11-20 - 公布日： 2019-01-04 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：本发明公开了甲基化基因组合物及制备诊断预示三阴性型乳腺癌骨转移试剂盒的用途。本发明发现，血清甲基化PITX1和甲基化AMOT可联合用于诊断预示LuminalA型乳腺癌骨转移，血清甲基化PTPN1和甲基化SLIT2可联合用于诊断预示LuminalB型乳腺癌骨转移，血清甲基化MYLK2、甲基化EFEMP1和甲基化SOSTDC1可联合用于诊断预示Her‑2过表达型乳腺癌骨转移，血清甲基化MYLK3和甲基化SCARA5可联合用于诊断预示三阴性型乳腺癌骨转移，准确度达90％以上，检测成本低
甲基化基因组合制备诊断预示阴性乳腺癌转移试剂盒用途

[发明专利]一种用于诊断预示Luminal B型乳腺癌骨转移的基因诊断试剂盒-CN201711153220.8有效
发明人：薛守海;李宜健;童强;刘敏涛;胡雨祝 -专利权人：知几未来（成都）生物科技有限公司
申请日： 2017-11-20 - 公布日： 2018-07-20 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：本发明公开了甲基化基因组合物及制备诊断预示Luminal B型乳腺癌骨转移试剂盒的用途。本发明发现，血清甲基化PITX1和甲基化AMOT可联合用于诊断预示LuminalA型乳腺癌骨转移，血清甲基化PTPN1和甲基化SLIT2可联合用于诊断预示Luminal B型乳腺癌骨转移，血清甲基化MYLK2、甲基化EFEMP1和甲基化SOSTDC1可联合用于诊断预示Her‑2过表达型乳腺癌骨转移，血清甲基化MYLK3和甲基化SCARA5可联合用于诊断预示三阴性型乳腺癌骨转移，准确度达90％以上，检测成本低
甲基化基因组合制备诊断预示 luminalb 乳腺癌转移试剂盒用途

[发明专利]DKK-3基因甲基化诊断试剂体系、试剂盒及其应用-CN202111147449.7在审
发明人：李琼英 -专利权人：深圳市赛尔生物技术有限公司
申请日： 2021-09-29 - 公布日： 2022-03-25 - 主分类号： C12Q1/6858 文献下载
摘要：本发明公开了DKK‑3基因甲基化诊断试剂体系、试剂盒及其应用，涉及基因甲基化技术领域。DKK‑3基因甲基化诊断试剂体系、试剂盒及其应用，DKK‑3基因甲基化诊断试剂体系，用亚硫酸氢盐处理基因组DNA，所有未发生甲基化的胞嘧啶被转化为尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不变，随后设计针对甲基化和非甲基化序列的引物进行PCR，通过电泳检测MSP扩增产物，如果用针对处理后甲基化DNA链的引物能得到扩增片段，则说明该位点存在甲基化，反之，说明被检测的位点不存在甲基化，该DKK‑3基因甲基化诊断试剂体系、试剂盒及其应用，敏感性高，待测DNA中5‑甲基胞嘧啶分布极不均衡也可检测。
dkk 基因甲基化诊断试剂体系试剂盒及其应用

[发明专利]使用核酸阵列分析甲基化状态-CN200510009558.7无效
发明人：罗伯特·J·利普舒茨;史蒂芬·P.A.·福多尔;希瓦尼·诺蒂亚尔 -专利权人：阿菲梅特里克斯公司
申请日： 2005-02-16 - 公布日： 2005-10-12 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：本方面公开了扩增核酸样品同时保留胞嘧啶的甲基化状态的方法。在某些方面，扩增的甲基化样品被甲基化敏感的修饰方法所修饰，并且通过与阵列杂交来分析，从而鉴定在起始材料中被甲基化的胞嘧啶和在起始材料中没有被甲基化的胞嘧啶。本发明还公开了检测甲基化状态的方法。在一个实施方案中，在扩增反应中引入DNA甲基转移酶活性，这种活性使用甲基化的基因组模板链作为指导，对新合成的DNA进行甲基化。
使用核酸阵列分析甲基化状态

[发明专利]一种基于链置换放大和DNAzyme放大的检测DNA甲基转移酶活性的方法-CN201510595903.3有效
发明人：姜玮;王磊;崔万玲 -专利权人：山东大学
申请日： 2015-09-17 - 公布日： 2019-03-05 - 主分类号： C12Q1/6844 文献下载
摘要：本发明涉及一种基于链置换放大和DNAzyme放大的检测DNA甲基转移酶活性的方法。设计一种三功能双链DNA探针，利用DNA甲基转移酶特异性地识别该三功能双链DNA探针发生甲基化，HpaII限制性内切酶特异性地切割残余的未甲基化的双链DNA，甲基化的双链DNA引发链置换反应，释放大量的本发明所述方法可灵敏检测DNA甲基转移酶活性，检测限为0.0082U/mL，并且该方法在研究抗癌药物对DNA甲基转移酶活性的抑制影响和筛选DNA甲基转移酶抑制剂方面具有潜在的应用。
一种基于置换放大 dnazyme 检测 dna 甲基转移酶活性方法

[发明专利]一种DNA甲基化表观修饰的识别方法、识别设备及存储介质-CN202110066218.7在审
发明人：莫晖;吴蒙;张新联;尹良超 -专利权人：深圳市儒翰基因科技有限公司
申请日： 2021-01-19 - 公布日： 2021-04-13 - 主分类号： G16B5/00 文献下载
摘要：本发明公开一种DNA甲基化表观修饰的识别方法、识别设备及存储介质，所述方法包括：通过固态纳米孔测序获取待甲基化碱基识别的甲基化物种原始电信号；采用预设算法解析识别所述原始电信号，进行甲基化碱基识别。通过本发明实施例，通过固态纳米孔测序获取待甲基化碱基识别的甲基化物种原始电信号，采用预设算法解析识别所述原始电信号，进行甲基化碱基识别，无需额外的对DNA样本进行处理，可以直接基于原始电信号解析DNA甲基化表观修饰，实现单分子、单碱基水平DNA甲基化修饰精确检测。
一种 dna 甲基化表观修饰识别方法设备存储介质

[发明专利]一种无创高通量甲基化结肠癌诊断、研究和治疗方法-CN201710550895.X在审
发明人：宫明 -专利权人：沈阳宁沪科技有限公司
申请日： 2017-07-07 - 公布日： 2017-09-15 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：一种无创高通量甲基化结肠癌诊断、研究和治疗方法，样品基因组DNA，其特征在于基于大通量平行甲基化检测组合测序加cfRNA信息检测受试者DNA甲基化以产生受试者的甲基化谱，建立SEPT9，MLH1，DKK2，APC基因含有的特异性CpG岛位点，把鉴定基因在启动子区域的CGI岛和CpG岛中的甲基化水平作为结肠癌的诊断标志物和临床靶标；使用特异性的抗甲基胞嘧啶抗体识别并结合到发生甲基化的DNA片段，利用免疫沉淀建立甲基化二代测序文库和富集靶标位点，并将甲基化谱与标准甲基化谱比较,对甲基化位点测序生物信息利用“瀑布”机理分析样品是否有癌、结合cfRNA、和甲基化位点的综合分析，确定癌症以及定位。
一种无创高通量甲基化结肠癌诊断研究治疗方法

[发明专利]一种集成多组学特征的DNA甲基化预测方法-CN202310718721.5在审
发明人：马宝山;申忆文;刘玉 -专利权人：大连海事大学
申请日： 2023-06-16 - 公布日： 2023-09-15 - 主分类号： G16B40/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种集成多组学特征的DNA甲基化预测方法，包括确定待预测CpG位点，获取癌旁组织中CpG位点的多组学特征集，获取癌组织中CpG位点的甲基化特征集，基于Pearson相关系数分别计算癌组织CpG位点的甲基化特征与癌旁组织的miRNA、mRNA、甲基化特征之间的相关系数，根据相关系数的取值分别选择K个miRNA、Q个mRNA、L个甲基化特征，并构建多组学相关特征集，基于深度神经网络构建DNA甲基化预测模型，根据多组学相关特征集对DNA甲基化预测模型进行训练，计算训练后的DNA甲基化预测模型的评估指标，当评估指标满足阈值时获取评估后的DNA甲基化预测模型，根据评估后的DNA甲基化预测模型对癌组织的甲基化进行预测提高了DNA甲基化的预测准确性。
一种集成多组学特征 dna 甲基化预测方法

[发明专利]基于靶向捕获测序的甲基化标志物筛选与评价方法及装置-CN202110078570.2有效
发明人：韩天澄;宋小凤;于佳宁;洪媛媛;裴志华;何骥;陈维之;杜波 -专利权人：臻和（北京）生物科技有限公司;无锡臻和生物科技股份有限公司
申请日： 2021-01-21 - 公布日： 2021-04-20 - 主分类号： G16B40/00 文献下载
摘要：本发明提供了一种基于靶向捕获测序的甲基化标志物筛选与评价方法及装置，方法包括：分别获取N个待测样本捕获测序的FASTQ文件，并生成Bam文件；计算每个甲基化位点的甲基化水平和覆盖深度，合并得到甲基化水平矩阵和位点深度矩阵；针对每个甲基化位点，计算其与下一甲基化位点之间的距离及线性相关系数，并根据结果合并得到甲基化连锁区域；计算连锁区域甲基化水平均值矩阵和位点深度均值矩阵，筛选出与正常人群组存在设定差异的特异连锁区域；根据得到的特异连锁区域分别计算各待测样本的甲基化得分，并根据甲基化得分对甲基化标志物进行评价。经过本发明筛选与评价的标志物能有效发现血浆中的ctDNA甲基化信号，获得更高的灵敏度。
基于靶向捕获甲基化标志筛选评价方法装置