本发明公开了一种鉴定小麦穗发芽抗性的分子标记及其方法，所述分子标记为位于如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列的第320、321位之间的33bp长度的插入/缺失序列，该分子标记的核苷酸序列如SEQ ID该分子标记与小麦穗发芽抗性紧密相关，可用以开发一种新的鉴定小麦穗发芽抗性的功能标记，为小麦穗发芽抗性的分子鉴定提供了新的途径，为小麦穗发芽抗性的遗传育种提供了新的资源，丰富了小麦穗发芽抗性的遗传资源库，为小麦穗发芽抗性的遗传育种奠定基础。
本发明公开了一种与水稻稻瘟病抗性基因紧密连锁的分子标记、扩增该分子标记的引物对以及检测水稻稻瘟病抗性的方法。所述分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示或SEQ ID NO：2所示。本发明分子标记位于抗性基因Pigm的基因内部，与水稻稻瘟病抗性基因紧密连锁，与非基因内部标记相比，本发明分子标记不会出现分离，可以更有效地提高育种效率。
与水稻稻瘟病抗性基因Pi2紧密连锁的分子标记R060939‑2。本发明提供了一种与水稻稻瘟病抗性基因Pi2紧密连锁的分子标记，该分子标记含有SEQ ID NO：1所示序列。本发明还涉及扩增该分子标记的引物、该分子标记和引物在水稻稻瘟病抗性基因Pi2定位或水稻遗传育种中的用途，以及一种水稻育种方法。本发明的分子标记将基因组DNA序列与水稻稻瘟病抗性基因Pi2联系起来，有利于水稻分子标记辅助育种体系的建立；所述分子标记与水稻稻瘟病抗性基因Pi2紧密连锁。本发明的分子标记及分子标记扩增引物可以简便、快速、高通量地应用于水稻育种实践和资源及品种鉴定。
与水稻稻瘟病抗性基因Pi1紧密连锁的分子标记R112823。本发明提供了一种与水稻稻瘟病抗性基因Pi1紧密连锁的分子标记，该分子标记含有SEQ ID NO：1所示序列。本发明还涉及扩增该分子标记的引物、该分子标记和引物在水稻稻瘟病抗性基因Pi1定位或水稻遗传育种中的用途，以及一种水稻育种方法。本发明的分子标记将基因组DNA序列与水稻稻瘟病抗性基因Pi1联系起来，有利于水稻分子标记辅助育种体系的建立；所述分子标记与水稻稻瘟病抗性基因Pi1紧密连锁。本发明的分子标记及分子标记扩增引物可以简便、快速、高通量地应用于水稻育种实践和资源及品种鉴定。
与水稻白叶枯病抗性基因Xa23紧密连锁的分子标记R112146。本发明提供了一种与水稻白叶枯病抗性基因Xa23紧密连锁的分子标记，该分子标记含有SEQ ID NO：1所示序列。本发明还涉及扩增该分子标记的引物、该分子标记和引物在水稻白叶枯病抗性基因Xa23定位或水稻遗传育种中的用途，以及一种水稻育种方法。本发明的分子标记将基因组DNA序列与水稻白叶枯病抗性基因Xa23联系起来，有利于水稻分子标记辅助育种体系的建立；所述分子标记与水稻白叶枯病抗性基因Xa23紧密连锁。本发明的分子标记及分子标记扩增引物可以简便、快速、高通量地应用于水稻育种实践和资源及品种鉴定。
与水稻稻瘟病抗性基因Pigm紧密连锁的分子标记R060939。本发明提供了一种与水稻稻瘟病抗性基因Pigm紧密连锁的分子标记，该分子标记含有SEQ ID NO：1所示序列。本发明还涉及扩增该分子标记的引物、该分子标记和引物在水稻稻瘟病抗性基因Pigm定位或水稻遗传育种中的用途，以及一种水稻育种方法。本发明的分子标记将基因组DNA序列与水稻稻瘟病抗性基因Pigm联系起来，有利于水稻分子标记辅助育种体系的建立；所述分子标记与水稻稻瘟病抗性基因Pigm紧密连锁。本发明的分子标记及分子标记扩增引物可以简便、快速、高通量地应用于水稻育种实践和资源及品种鉴定。
本发明涉及一种基于番茄黄化曲叶病毒病抗病基因Ty‑3的InDel标记，该分子标记的核苷酸序列如SEQ ID No.1所示。本发明还涉及一种扩增基于番茄黄化曲叶病毒病抗性基因Ty‑3的InDel标记的引物对，该引物对序列如下：正向引物序列：5’‑TGCAGGAACAGAATGATAGAAAA‑3’；反向引物序列：5’‑GCTCAGCATCACCTGAGACA本发明的分子标记完全基于番茄黄化曲叶病毒病抗性基因Ty‑3。本发明开发出基于黄化曲叶病毒病抗性基因Ty‑3的InDel标记，该标记完全基于抗性基因Ty‑3，与Ty‑3基因完全连锁，为共显性分子标记。将该标记用于黄化曲叶病毒病抗性基因Ty‑3的分子标记辅助选择，可大幅提高选择的准确性，缩短育种年限，从而加速育种进程。
本发明提供用于检测玉米纹枯病抗性的SNP分子标记，包括第一和第二SNP分子标记，第一SNP分子标记用于特异性检测玉米的第6染色体的第163859748位点，核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，第81位碱基为G或A；第二SNP分子标记用于特异性检测玉米的第6染色体的第86356952位点，核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示，核苷酸序列的第81位碱基为G或A。还提供KASP分子标记和应用。本发明可以检测玉米纹枯病抗性的强弱，可以预测玉米纹枯病抗性的强弱，可以对玉米纹枯病抗性的强弱进行有效选择，还可以用于纹枯病抗性强的玉米的分子标记辅助育种，加速玉米纹枯病抗性育种的进程。
