本发明提供用于检测玉米纹枯病抗性的SNP分子标记,包括第一和第二SNP分子标记,第一SNP分子标记用于特异性检测玉米的第6染色体的第163859748位点,核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示,第81位碱基为G或A;第二SNP分子标记用于特异性检测玉米的第6染色体的第86356952位点,核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示,核苷酸序列的第81位碱基为G或A。还提供KASP分子标记和应用。本发明可以检测玉米纹枯病抗性的强弱,可以预测玉米纹枯病抗性的强弱,可以对玉米纹枯病抗性的强弱进行有效选择,还可以用于纹枯病抗性强的玉米的分子标记辅助育种,加速玉米纹枯病抗性育种的进程。