本发明公开了一种用于筛选维生素K循环小分子抑制剂的双报告基因细胞体系、制备方法及其应用,属于分子细胞生物学技术领域。本发明中用于筛选维生素K循环小分子抑制剂的双报告基因细胞体系可以快速对药物小分子库进行高通量筛选,得到特异性靶向维生素K循环的小分子抑制剂。本发明通过对Maybridge Hit Finder小分子化合物库进行筛选,筛选到21种抑制维生素K循环的小分子化合物,在这21种化合物中,有已知是VKOR蛋白抑制剂的小分子,更进一步证明了该体系筛选的有效性本发明的双报告基因细胞体系解决了现有方法无法高通量筛选靶向维生素K循环的小分子抑制剂的问题,为开发特异性靶向维生素K循环的新型抗凝血药物提供了技术指导。