本发明公开了一种细菌内毒素核酸适体及在去除内毒素中的应用,核酸适体的核苷酸序列为SEQ ID NO.1、SEQ ID NO.2或SEQ ID NO.3所示;将细菌内毒素核酸适体与磁珠结合,然后再与待测样本中的内毒素特异性结合,从而去除待测样本中的内毒素;本发明通过多粘菌素B,把细菌内毒素固定到琼脂糖凝胶颗粒上,避免了传统方法中通过共价反应偶联到基质上对靶标构象的影响;PMB‑Elisa法使得检测简便且灵敏度高,而且筛选获得的核酸适体本身无毒性,分子量小,渗透性好,易于合成与标记;通过SELEX方法筛选获得的核酸适体只特异性识别细菌内毒素,对其它多糖不具有识别功能。