本发明提供了一种三角褐指藻中表达外源丙酮酸磷酸双激酶的突变株用于生产岩藻黄质的方法,具体涉及对原CyPPDK基因进行藻类偏好性密码子优化,获得新的CyPPDK基因,核苷酸序列如SEQ ID NO.7所示;构建的穿梭表达载体命名为pPha‑fcp‑PPDK;通过电转化的方式导入宿主藻细胞三角褐指藻细胞内,筛选转化株,获得过表达丙酮酸磷酸双激酶的三角褐指藻转基因藻株;本发明通过对CyPPDK基因进行磷酸化位点的优化转化株,与未优化转化株相比,其生物量积累提高33.3%,EPA占油脂含量提高11.5%,岩藻黄质产量提高21.2%。