[发明专利]G蛋白偶联受体-配体相互作用关系的预测方法及预测系统在审

申请号：	201810329690.3	申请日：	2018-04-13
公开（公告）号：	CN108647487A	公开（公告）日：	2018-10-12
发明（设计）人：	江振然;陶然;陈范曙	申请（专利权）人：	华东师范大学
主分类号：	G06F19/16	分类号：	G06F19/16;G06F19/24
代理公司：	上海麦其知识产权代理事务所(普通合伙) 31257	代理人：	董红曼
地址：	200062 上***	国省代码：	上海;31
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摘要：	本发明公开了一种基于多信息整合的G蛋白偶联受体(GPCR)‑配体相互作用的预测方法，其包括：构建非孤儿受体的G蛋白偶联受体‑配体相互作用网络结构图；将孤儿受体与非孤儿受体之间的受体‑受体关系嵌入到所述受体‑配体关系网络中，基于网络中节点之间的距离关系；构建受体‑配体作用对的特征关系，结合集成学习方法，实现了对受体‑配体潜在关系的有效预测。本发明方法针对GPCR及其配体的生物学特征，建立并实现适合G蛋白偶联受体‑配体相互作用关系的预测以及孤儿GPCR潜在配体的预测，实验表明该方法预测效果好，有较为广泛的应用前景。本发明还公开了一种基于多信息整合的G蛋白偶联受体(GPCR)‑配体相互作用的预测系统。
搜索关键词：	配体相互作用配体预测孤儿受体信息整合预测系统构建生物学特征网络结构图关系嵌入关系网络结合集成距离关系潜在关系特征关系与非应用网络学习
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【主权项】：

1.一种预测G蛋白偶联受体‑配体相互作用关系的方法，其特征在于，所述预测方法包括：步骤(1)：构建非孤儿受体的G蛋白偶联受体‑配体相互作用网络结构图，以受体和配体作为网络中的节点，以受体‑配体关系作为网络中的边，将受体与配体之间的关系映射到受体‑配体关系相互作用网络中；步骤(2)：将孤儿受体与非孤儿受体之间的受体‑受体关系嵌入到所述步骤(1)构建的上述受体‑配体关系相互作用网络中，基于网络节点之间的路径关系，构建受体‑配体作用对特征关系，然后结合不同分类器，实现对受体‑配体相互作用关系的预测以及对孤儿受体潜在配体的有效预测。

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一种基于多组学数据整合的植物全基因组多层次生物网络重建方法-201710952881.0
发明人：陈铭;刘丽丽;梅茜;张子钧;俞振泞;孙天昊;薛继统;张霈婧;胡大辉 -专利权人：浙江大学
申请日： 2017-10-13 - 公布日： 2018-03-30 - 主分类号： G06F19/16
摘要：本发明公开了一种基于多组学数据整合的植物全基因组多层次生物网络重建方法，该方法通过整合水稻基因调控网络、蛋白质互作网络和代谢网络，完成了水稻多层次调控网络的构建，同时通过整合水稻不同组织生长过程中的表达谱数据，根据建好的水稻多层次调控网络，进行特定组织多层次基因调控网络的构建，从而构建出第一个目前数据水平上最为完整的高质量的水稻基因组尺度的多层次生物网络，为植物多层次生物网络的构建提供一种新的思路，构建的水稻多层次基因调控网络数据库实现了多层次调控网络的3D可视化。

基于DNA分子链置换反应提取实现组合逻辑的CRNs的方法-201510369748.3
发明人：张川;戈璐璐;钟志伟;尤肖虎 -专利权人：东南大学
申请日： 2015-06-29 - 公布日： 2018-03-20 - 主分类号： G06F19/16
摘要：本发明公开了一种基于DNA分子链置换反应提取实现组合逻辑的CRNs的方法，包括以下步骤步骤1按照设定的逻辑功能，得到一张反映输入、输出逻辑关系的真值表，并从真值表中映射出形式化学反应网络；步骤2采用卡诺图化简的方法，对步骤1中获得的形式化学反应网络进行化简，获得用于实现组合逻辑功能的形式化学反应网络。本发明提供的方法主要用于DNA分子链置换反应中表示逻辑关系的化学反应网络的获得，主要采用电子学中的真值表以及卡诺图化简的方式获取CRNs，不仅无需考虑具体的电路架构就可以获得能够反应逻辑关系的CRNs，而且简化了CRNs，有效降低了能耗。同时本发明提供的方法更具有一般性，通俗易懂，操作更加简单方便。

基于随机模拟的折叠病致病机理的分析方法-201310675900.1
发明人：彭丰斌;魏彦杰;张慧玲;刘永春 -专利权人：深圳先进技术研究院
申请日： 2013-12-11 - 公布日： 2018-03-09 - 主分类号： G06F19/16
摘要：本发明公开了一种基于随机模拟的折叠病致病机理的分析方法。该方法应用ABEEMσπ浮动电荷力场能量模型进行研究，模拟及计算蛋白质系统的态密度的主从模式采用MPI并行程序算法进行计算；所述主从模式是指在N个分进程中，其中分进程1为主进程，其余都为子进程。本发明采用主从模式的MPI并行程序算法，有效加快了模拟和计算蛋白质系统态密度的速度；在计算过程中，通过引入具有适应特点的更新修正因子，进一步提高了计算的精度和速度，可应用于研究蛋白质折叠热力学过程及其致病机理。

一种利用粒子群模拟退火算法来进行蛋白质折叠预测的方法-201710953804.7
发明人：王凤娟;姜淑凤;甄英琦;李明;张宏斌;樊锐;王兴国;刘秀林 -专利权人：齐齐哈尔大学
申请日： 2017-10-13 - 公布日： 2018-02-16 - 主分类号： G06F19/16
摘要：一种利用粒子群模拟退火算法来进行蛋白质折叠预测的方法，属于蛋白质结构预测技术领域。所述方法如下利用粒子群算法和模拟退火算法优缺点互补的原理，将两种算法进行融合得出新的粒子群模拟退火算法；将步骤一得到的粒子群模拟退火算法应用在蛋白质折叠预测的能量函数上，求能量函数的全局最小值即为蛋白质折叠最好的状态；将粒子群模拟退火算法应用在斐波那契序列上进行预测，来验证粒子群模拟退火算法的有效性。本发明的优点是一种在蛋白质折叠预测方面有较好效果的粒子群模拟退火算法，该算法能够在运算精度高、搜索时间短的情况下搜索到蛋白质序列的最低能量构形，从而能够有效的预测蛋白质的结构。

专利分类

G 物理

G06 计算；推算；计数
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学，即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真，例如：概率模型或动态模型，遗传基因管理网络，蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的，例如：进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的，例如：结构排序，结构或功能关系，蛋白质折叠，结构域拓扑，用结构数据的药靶，涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的，例如：基因型–表型关联，不均衡连接，种群遗传学，结合位置鉴定，变异发生，基因型或染色体组的注释，蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用

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[发明专利]G蛋白偶联受体-配体相互作用关系的预测方法及预测系统在审

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