[发明专利]使用单核苷酸多型性预测汉人白血球抗原基因型的试剂盒

摘要

本发明公开了一种使用单核苷酸多型性预测汉人白血球抗原基因型的试剂盒及其应用。针对亚洲人种的人类白血球抗原基因型(HLA‑A、HLA‑B、HLA‑C、HLA‑DPB1、HLA‑DQB1、及HLA‑DRB1)预测模型，且预测结果已达到模型的优化。本发明由单核苷酸多型性基因定型预测亚洲人种典型人类白血球抗原对偶基因型，准确率范围为80.37%(HLA‑B)至95.79%(HLA‑DQB1)，可达到高准确率，此外，使用基因型预测白血球抗原对偶基因型的试剂盒可节省可观的时间及花费。

主权项

一种单核苷酸多型性在制备预测人类白血球抗原基因型试剂盒中的应用，其步骤包含：(a)提供人类核酸样本；该人类核酸样本为亚洲人族群；(b)判别该人类核酸样本的单核苷酸多型性集合的基因型，该单核苷酸多型性集合包含位于一人类白血球抗原基因上的各个不同的单核苷酸多型性；(c)使用预测模型分析步骤(b)中各单核苷酸多型性的基因型以获得计算值，其中该预测模型是使用单核苷酸多型性基因型来预测人类白血球抗原对偶基因；以及(d)依据步骤(c)所获得的计算值预测该人类核酸样本的人类白血球抗原对偶基因型；其中，可预测之该人类白血球抗原对偶基因型包括：(1)HLA‑A基因、(2)HLA‑B基因、(3)HLA‑C基因、(4)HLA‑DPB1基因、(5)HLA‑DQB1基因或(6)HLA‑DRB1基因的基因型；其特征在于，该(1)HLA‑A基因的单核苷酸多型性是由第1单核苷酸多型性集合、第2单核苷酸多型性集合、第3单核苷酸多型性集合、及第4单核苷酸多型性集合所组成的群组来预测，其中(i)该第1单核苷酸多型性集合是由rs1633085、rs2254071、rs407238、rs9258881、rs2975046、rs2735096、rs417162、rs9260954、rs6917477、rs6457144、rs9261394、及rs2523990所组成；(ii)该第2单核苷酸多型性集合是由rs4122198、rs16895757、rs1632973、rs9357086、rs11759549、rs3115628、rs3094165、rs2734925、rs2517755、rs2256919、rs11756025、rs7382061、rs6457144、rs2517646、及rs7744914所组成；(iii)该第3单核苷酸多型性集合是由rs3094165、rs9258883、rs3132714、rs1611493、rs2524005、rs2860580、rs12665039、rs6457109、rs3869062、rs3893464、rs5009448、rs2571375、rs7758512、及rs9261394所组成；(iv)该第4单核苷酸多型性集合是由rs2523409、rs1611133、rs3115628、 rs2517859、rs1611732、rs2523998、rs2860580、rs12202296、rs2248153、rs2975046、rs6457109、rs5009448、rs9260932、及rs6457144所组成；其中，该(2)HLA‑B基因的单核苷酸多型性是由第5单核苷酸多型性集合、第6单核苷酸多型性集合、第7单核苷酸多型性集合、及第8单核苷酸多型性集合所组成的群组来预测，其中(i)该第5单核苷酸多型性集合是由rs3130944、rs3130532、rs3130534、rs3134762、rs16899207、rs2524089、rs9366778、rs2524166、rs9295984、rs4394275、rs9378249、rs2523534、rs9266406、rs2844558、rs5022119rs3099848、rs4081552、rs2848716、rs2596454、及rs2248462所组成；(ii)该第6单核苷酸多型性集合是由rs11966319、rs2853948、rs6906846、rs9378228、rs2524051、rs9366778、rs16867947、rs4394274、rs4394275、rs2523591、rs9501572、rs7761068、rs2523535、rs9266406、rs5006724、rs13198903、rs9266669、rs9266689、rs3099849、rs2442749、rs1051796、rs2596464、rs3099836、及rs3131622所组成；(iii)该第7单核苷酸多型性集合是由rs9264868、rs9264942、rs3094691、rs2156875、rs2523619、rs2442719、rs2596501、rs2523589、rs2523554、rs2844573、rs9266395、rs9266440、rs9295986、rs2442749、rs2596560、rs3128982、rs2284178、及rs7758090所组成；(iv)该第8单核苷酸多型性集合是由rs3094691、rs7453967、rs4394274、rs4394275、rs2596509、rs2596501、rs1058026、rs2523591、rs2523589、rs2523554、rs2523545、rs9501572、rs2844575、rs9266395、rs9266406、rs5006725、rs9295986、rs6933050、rs4959068、rs5022119、rs13198903、rs9266689、rs2251396、rs1051796、rs3094584、rs9765960、及rs3128982所组成；其中，该(3)HLA‑C基因的单核苷酸多型性是由第9单核苷酸多型性集合、第10单核苷酸多型性集合、第11单核苷酸多型性集合、及第12单核苷酸多型性集合所组成的群组来预测，其中(i)该第9单核苷酸多型性集合是由rs2073724、rs3130713、rs3130531、rs3095250、rs3130532、rs3130534、rs2844615、rs6906846、rs2524067、rs7382297、rs2394963、rs2524095、rs16899203、rs9366778、rs9295970、及rs2523534所 组成；(ii)该第10单核苷酸多型性集合是由rs3130712、rs28480108、rs3134762、rs19966319、rs9264523、rs3132488、rs3134745、rs3130693、rs3132486、rs2853948、rs6906846、rs9378228、rs6457372、rs2394963、rs2524057、rs12191877、及rs9366776所组成；(iii)该第11单核苷酸多型性集合是由rs2516049、rs2858870、rs660895、rs532098、rs3129763、rs1063355、rs9275141、rs9275184、rs7774434、rs7775228、及rs9275224所组成；(iv)该第12单核苷酸多型性集合是由rs9263957、rs9263969、rs3134762、rs11966319、rs2248880、rs9264532、rs2524099、rs2074488、rs2395471、rs5010528、rs13207315、rs3132488、rs3130693、rs9391714、rs4386816、rs2524057、rs16899205、及rs9295970所组成；其中，该(4)HLA‑DPB1基因的单核苷酸多型性是由第13单核苷酸多型性集合、第14单核苷酸多型性集合、第15单核苷酸多型性集合、及第16单核苷酸多型性集合所组成的群组来预测，其中(i)该第13单核苷酸多型性集合是由rs3128955、rs3130588、rs9277194、rs9348904、rs9296073、rs2856816、rs3135021、rs1431403、rs3128963、rs3117229、rs7763822、rs2295120、rs3117242、rs6937034、及rs1003979所组成；(ii)该第14单核苷酸多型性集合是由rs9296068、rs9277183、rs3135402、rs9348904、rs2856830、rs9296073、rs2071350、rs1431402、rs1431403、rs9277550、rs3128963、rs3117229、rs9277567、rs3128918、及rs6937034所组成；(iii)该第15单核苷酸多型性集合是由rs206769、rs6920606、rs375912、rs1431399、rs987870、rs3135021、rs9277535、rs9277554、rs10484569、rs2281390、rs3128917、rs2281388、rs3130215、及rs2269346所组成；(iv)该第16单核苷酸多型性集合是由rs2216264、rs423639、rs3097669、rs987870、rs1431402、rs1431403、rs9277378、rs9277535、rs9277550、rs9277554、rs9277565、rs2281390、rs2281388、rs3130215、rs6937034、rs6937061、及rs2395357所组成；其中，该(5)HLA‑DQB1基因的单核苷酸多型性是由第17单核苷酸多型性 集合、第18单核苷酸多型性集合、第19单核苷酸多型性集合、及第20单核苷酸多型性集合所组成的群组来预测，其中(i)该第17单核苷酸多型性集合是由rs9269186、rs9270986、rs615672、rs3129768、rs9272219、rs9272346、rs6908943、rs9275134、rs9469220、rs6457617、rs2647046、rs2858308、及rs9275418所组成；(ii)该第18单核苷酸多型性集合是由rs2647073、rs502055、rs3129768、rs9272535、rs9272723、rs34485459、rs3129716、rs7775228、rs6469219、rs5000634、rs6457617、及rs9275418所组成；(iii)该第19单核苷酸多型性集合是由rs2516049、rs2858870、rs660895、rs532098、rs3129763、rs1063355、rs9275141、rs9275184、rs7774434、rs7775228、及rs9275224所组成；(iv)该第20单核苷酸多型性集合是由rs17533090、rs9272219、rs17211510、rs41269947、rs34485459、rs1063355、rs9275141、rs3129716、rs7774434、rs9405119、rs9469219、rs9469220、及rs9275224所组成；其中，该(6)HLA‑DRB1基因的单核苷酸多型性是由第21单核苷酸多型性集合、第22单核苷酸多型性集合、第23单核苷酸多型性集合、及第24单核苷酸多型性集合所组成的群组来预测；其中(i)该第21单核苷酸多型性集合是由rs9268831、rs9268861、rs7747521、rs9268877、rs9269186、rs2027852、rs615672、rs3129768、rs9272219、rs9272346、rs9275134、rs7775228、rs9469220、rs6457617、rs2647046、及rs2858308所组成；(ii)该第22单核苷酸多型性集合是由rs9268877、rs4410767、rs7749092、rs17210980、rs2647073、rs615672、rs674343、rs502771、rs3997872、rs9271367、rs9271720、rs2187668、rs34485459、rs3129716、及rs9405119所组成；(iii)该第23单核苷酸多型性集合是由rs9405098、rs3129871、rs13209234、rs9268832、rs6903608、rs602875、rs660895、rs9271366、rs3129769、rs17211510、rs2187668、rs9275141、rs9275184、rs9275383、rs2856717、rs2858305、rs13192471、及rs3104405所组成；(iv)该第24单核苷酸多型性集合是由rs2395175、rs9405035、rs9268831、 rs6903608、rs9268877、rs9269186、rs7749092、rs2027852、rs17210980、rs2516049、rs615672、rs660895、rs674313、rs502771、rs3997872、rs9271366、rs2187668、rs34485459、rs9275141、rs7755224、rs3129716、及rs3104404所组成。