本发明公开了一种合成天然苯甲醛及其衍生物的基因工程菌及其应用,涉及生物技术领域,该基因工程菌包括用于表达扁桃酸消旋酶、D‑扁桃酸脱氢酶和苯甲酰甲酸脱羧酶的基因;其中,扁桃酸消旋酶的氨基酸序列如SEQ ID NO:1所示,D‑扁桃酸脱氢酶的氨基酸序列如SEQ ID NO:2所示,苯甲酰甲酸脱羧酶的氨基酸序列如SEQ ID NO:3所示。基因工程菌在制备苯甲醇、苯甲酸和苯甲胺中的应用。本发明提供的基因工程菌,使其能够进行辅因子自循环,实现稳定的将外消旋扁桃酸(DL‑扁桃酸)高效转化为苯甲醛及其衍生物(苯甲醇、苯甲酸和苯甲胺),具有重要的应用前景。