本发明涉及分子生物学领域,具体涉及一种与番木瓜果实腔室直径相关的SNP分子标记及应用。本发明基于GWAS分析方法发现了番木瓜果实腔室直径相关的SNP分子标记,所述分子标记位于Chr03染色体上的Cpa03g018770基因promoter区域,命名为分子标记Cpa03g018770:‑929,其核苷酸序列如SEQ ID No.1第52位所示。本发明所述的SNP分子标记可用于快速检测和筛选果实腔室直径较小(番木瓜中果实腔室直径较小代表果实内部空心较少,果肉较饱满)的番木瓜育种材料,辅助杂交育种,缩短新品种培育周期,且检测成本较低、不受环境限制、检测结果准确性高、易重复。