本发明涉及基因检测技术领域,尤其涉及一种转基因作物目的基因拷贝数检测方法及试剂盒。本发明所述转基因作物目的基因为GAT‑MS,其核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,所述检测方法以转基因作物的基因组DNA为模板,若GAT‑MS在转基因作物中表达,则可利用GAT‑MS和内源基因的共用引物对,在同一qPCR反应体系中扩增得到两种大小不同、含量不同、GC比例不同的PCR产物;进而通过分析所述PCR产物的熔解曲线,根据GAT‑MS熔解峰和内源基因熔解峰的荧光强度比值,可准确定量转基因作物GAT‑MS拷贝数,且具有检测灵敏度高、结果准确性高、检测效率高、成本低、检测周期短及普适性广等优点。