本发明公开了一种华山新麦草2Ns染色体特异KASP分子标记引物及其应用,涉及分子标记辅助育种技术领域,该分子标记引物包含核苷酸序列如SEQ ID NO.1~3所示的3条引物。本发明通过对华山新麦草进行测序,将测序数据比对中国春参考基因组序列,获得华山新麦草与中国春间的SNP位点,再设计对应的KASP分子标记引物。本发明提供的KASP分子标记引物不仅可用于华山新麦草2Ns染色体的快速检测,而且也可以准确地鉴别华山新麦草2Ns染色体与其他小麦近缘物种的染色体,这为小麦族系统进化、种质资源鉴定和分子标记辅助选择育种提供了重要途径。