本发明公开了一种控制小麦籽粒镉积累的CCX2‑4B基因及其分子标记和应用,涉及分子生物学及遗传育种技术领域。CCX2‑4B基因的核苷酸序列如SEQ ID NO.12或SEQ ID NO.15所示。该分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.16所示,所述分子标记的19bp处碱基存在一个SNP位点,为G/C突变。本发明研究发现CCX2‑4B基因可以控制小麦籽粒对镉的积累。本发明还基于CCX2‑4B基因启动子序列的差异,开发了分子标记,并利用该分子标记成功区分和选育了低镉积累的小麦品系,该分子标记对小麦低镉积累育种改良具有十分重要的意义。