本发明公开了水稻叶色和叶斑控制基因ygl19及其分子标记和用途。本发明对水稻黄绿叶色和斑点叶的突变体(ygl19)克隆了控制该性状的基因ygl19。该基因ygl19的编码核苷酸序列如Seq ID NO.1所示，编码的蛋白质序列如Seq ID NO.3所示，其对应的野生型基因YGL19的编码核苷酸序列如Seq ID NO.4所示。野生型基因YGL19的编码核苷酸序列第340位核苷酸C突变成T，形成水稻新的功能基因ygl19基因。本发明的ygl19基因，在改良水稻叶色、光合色素含量、净光合速率、叶斑及活性氧代谢方面、以及在两系法杂交水稻制种的杂交F1代杂种纯度鉴定和两系不育系自交保种纯度鉴定工作中具有广阔的应用价值和前景。本发明针对ygl19基因开发了dCAPS分子标记，用于检测水稻材料是否含有ygl19基因的分子标记辅助选择及鉴定。
本发明公开了一种筛选分蘖早生快发水稻种质的引物、试剂盒及方法，涉及分子标记技术领域和作物遗传育种技术领域，其包括四组引物，每组引物均包括正向引物和反向引物，四组引物的序列如SEQ ID NO:1～8所示；试剂盒包括上述引物、PCR反应缓冲液和Taq DNA聚合酶；筛选方法包括：提取待检测水稻种质的基因组总DNA，以其为模板，使用上述引物或试剂盒进行PCR扩增，将得到的PCR扩增产物电泳，在琼脂糖凝胶成像系统中进行拍照和分析。本发明的有益效果是通过四组引物就能够实现分蘖早生快发水稻种质的筛选，准确，不受外界干扰，并且采用试剂盒通过1次PCR扩增即可完成4个分子标记的检测，具有简单和高效的优点。
