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[发明专利]一种基于高通量测序的建库方法-CN202010094903.6有效
发明人：吴渊;毕书琳;李旭超;李健鹏;周文刚;郑方克;郑立谋 -专利权人：上海厦维医学检验实验室有限公司
申请日： 2020-02-14 - 公布日： 2023-10-03 - 主分类号： C12Q1/6869 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于高通量测序的建库方法。该方法适用于片段化后的基因组DNA/FFPE RNA/cfDNActDNA等核苷酸样本。进一步将核苷酸样本片段进行修饰与变性、接头连接，再通过对目标区进行两次特异性PCR反应富集，可得到测序文库。对上述测序文库进行质控和定量分析，可进行高通量测序。本发明还提供了一种模拟双链连接接头。该建库方法简单方便，保留了基于扩增子的多重PCR建库方法的优点，同时可以用于检测未知融合，尤其适用于片段化程度较高的核苷酸样本(例如cfDNA/ctDNA样本)，对于存在损伤的DNA分子也可以用于建库，本发明方法能够最大程度保留所有原始核苷酸信息，且使用该方法进行RNA建库时不需要进行二连合成操作。
一种基于通量方法

[发明专利]一种基于高通量测序的mRNA检测方法-CN201911106264.4有效
发明人：毕书琳;吴渊;石银;陈学俊;杨爽;王剑青;周文刚;郑方克;郑立谋 -专利权人：上海厦维医学检验实验室有限公司
申请日： 2019-11-13 - 公布日： 2023-09-22 - 主分类号： C12Q1/6869 文献下载
摘要：本发明涉及一种基于高通量测序的mRNA检测方法，包括如下步骤：1)提取样本总RNA并质控；2)根据总RNA质控情况进行总RNA打断和/或引物杂交；3)合成cDNA第一链；4)合成cDNA第二链；5)构建链特异性cDNA文库；6)第一次杂交和捕获；7)第二次杂交和捕获；8)捕获后文库扩增及纯化；9)高通量测序。本发明采用杂交捕获的方式，特异性富集链特异性cDNA序列，进行mRNA表达检测。本发明在极低起始量和低质量情况下仍能保证良好的检测性能。
一种基于通量 mrna 检测方法

[发明专利]用于ETV6-NTRK3基因融合突变ddPCR检测的探针引物组及其应用-CN202211187396.6在审
发明人：洪强;赵静波;傅烨霖;金保雷;董华;郑方克;罗捷敏;郑立谋 -专利权人：上海厦维医学检验实验室有限公司
申请日： 2022-09-27 - 公布日： 2023-09-15 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：本发明公开了用于ETV6‑NTRK3基因融合突变ddPCR检测的探针引物组，包括从RNA层面设计的探针、上游引物和下游引物，其序列依次如SEQ ID NO.01至03所示，探针的5’端修饰有荧光基团，3’端修饰有猝灭基团。本发明覆盖全面，其中的探针和引物从RNA层面设计，避免了DNA层面断点不固定的问题，能够覆盖DNA层面ETV6第5内含子的所有断点与NTRK3第14内含子所有断点形成的融合；灵敏度高，可支持低至20copies的ETV6：exon5‑NTRK3：exon15融合检出；线性好，梯度稀释后R2大于0.99。
用于 etv6 ntrk3 基因融合突变 ddpcr 检测探针引物及其应用

[发明专利]一种基于定制化策略的肿瘤微小残留病灶检测方法-CN202310546099.4在审
发明人：杨春鹤;杨爽;郭瑞坚;赵静波;洪强;郑方克;郑立谋;罗捷敏 -专利权人：上海厦维医学检验实验室有限公司;厦门艾德生物医药科技股份有限公司
申请日： 2023-05-15 - 公布日： 2023-08-11 - 主分类号： G16B20/50 文献下载
摘要：本发明提供了一种微小残留病灶检测方法，该方法通过在个性化panel设计阶段优先选取具有更低背景噪音的突变类型，同时利用待检测样本测序信号分类构建特异背景噪音库，实现了对突变信号及样本微小残留病灶状态更为灵敏和准确的检测。同时，全外显子测序为个性化panel设计提供足够的突变候选，且突变选取个数灵活，可以覆盖更多需要微小残留病灶检测的肿瘤患者人群。
一种基于定制策略肿瘤微小残留病灶检测方法

[发明专利]一种低质量FFPE DNA的处理方法-CN202310362794.5在审
发明人：郭永华;林晓煜;陈满足;施伟杰;王婧;金保雷;张林华;张吓妹;阮力;罗捷敏;郑立谋 -专利权人：厦门艾德生物医药科技股份有限公司
申请日： 2023-04-07 - 公布日： 2023-07-25 - 主分类号： C12N15/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种低质量FFPE DNA的处理方法，包括如下步骤：(1)将提取自FFPE样本的DNA与热修复试剂混合，进行热修复，该热修复试剂包括用于提取核酸的裂解液和蛋白酶K；(2)将步骤(1)所得物料进行纯化，以去除其中未反应的热修复试剂，获得热修复DNA；(3)将上述热修复DNA与酶修复试剂混合，进行酶修复，该酶修复试剂具有脱氨基修复、缺刻修复、氧化碱基修复和3’端封闭修复的功能；(4)将步骤(3)所得物料进行纯化，以去除其中未反应的酶修复试剂，即得。本发明处理低质量FFPE DNA后，可提高NGS样本的参数值，包括覆盖度、平均有效深度、均一性的参数，进而提高样本检测的成功率和准确性。
一种质量 ffpe dna 处理方法

[发明专利]一次性检测肺癌多重基因突变的组合物及其应用-CN202010029160.4有效
发明人：江风阁;黄蛤目;李硕卿;黄珊璐;陈曦;王香玲;宋庆涛;郑立谋 -专利权人：厦门艾德生物医药科技股份有限公司
申请日： 2020-01-10 - 公布日： 2023-07-07 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：本发明公开了一种一次性检测肺癌多重基因突变的组合物及其应用，其中包括用于检测肺癌EGFR、KRAS、BRAF、HER2、ALK、ROS1、RET、NTRK1、NTRK2、NTRK3、MET基因突变的引物、探针及其分配方式。本发明采用PCR 8联管设计，每两个PCR 8联管检测一个样品的11种基因突变/融合状态，其中一个PCR 8联管内装有相应的融合检测试剂和内控试剂；另一个PCR 8联管管内装有相应的突变检测试剂。本发明应用荧光PCR方法实现一次性检测肺癌的119种基因融合和112种基因突变类型，大大缩短了检测时间，操作简便，结果准确，满足了肿瘤患者得到及时诊治的迫切临床需求，助力精准检测。
一次性检测肺癌多重基因突变组合及其应用

[实用新型]一种兼容多种规格样本管的核酸提取仪-CN202223392130.3有效
发明人：宋庆涛;林喜建;李泽民;郭子明;廖乃淞;阮力;罗捷敏;郑立谋 -专利权人：厦门艾德生物医药科技股份有限公司
申请日： 2022-12-16 - 公布日： 2023-06-27 - 主分类号： C12M1/00 文献下载
摘要：本实用新型公开了一种兼容多种规格样本管的核酸提取仪，包括固定架，其特征在于：所述的固定架上设有平台和移液枪枪排；所述的移动枪枪排和平台可相对移动；所述的平台上设有样本放置区，所述样本放置区至少包括第一规格样本管架和第二规格样本管架。本实用新型可实现FFPE样本的核酸提取，亦可根据样本体积选择对应样本管提取核酸。
一种兼容多种规格样本核酸提取

[发明专利]一种基于高通量测序的髓系白血病基因突变检测的探针引物组及其应用-CN202210824830.0有效
发明人：洪强;金保雷;殷子强;傅烨霖;赵静波;董华;郑方克;罗捷敏;郑立谋 -专利权人：厦门艾德生物医药科技股份有限公司
申请日： 2022-06-28 - 公布日： 2023-06-06 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于高通量测序的髓系白血病基因突变检测的探针引物组，包括DNA探针组、RNA探针组和RNA反转录引物组。本发明能够在单管内同时检测单个样本中10至53个基因的SNV，InDel，Fusion；检测性能好，特异性高于现有捕获法技术同时探针均一性又高于多重PCR技术；价格更低可操作性更强，DNA与RNA在1管内共检测体系，降低实验的成本，缩短实验步骤。
一种基于通量白血病基因突变检测探针引物及其应用

[发明专利]一种基于二代测序的单样本拷贝数变异检测方法-CN202310145770.4在审
发明人：林程宏;陈少红;潘心怡;金保雷;张林华;李旭超;阮力;郑立谋;罗捷敏 -专利权人：厦门艾德生物医药科技股份有限公司
申请日： 2023-02-21 - 公布日： 2023-05-30 - 主分类号： G16B20/20 文献下载
摘要：本发明提出一种基于二代测序的单样本拷贝数变异检测方法，包括：将基于二代测序技术的多类CNV阴性样本测序数据合并，得到CNV阴性参考集；采用已标记CNV的测序样本，训练隐马尔可夫模型，预测待测样本每个探针的CNV状态，并选取预测为阴性的探针对应的基因序列，得到待测样本的比对样本；从CNV阴性参考集选取与待测样本的比对样本相似度最高的子集，统计待测样本每个探针经最优参考子集归一化的数据特征；利用训练好的隐马尔可夫模型对待测样本经最优参考子集归一化的数据特征进行预测，再次将探针标记为阴性(Negative)、扩增(Gain)和缺失(Loss)，合并得到全CNV区域；过滤得真实CNV区域，不依赖待测样本自身的阴性对照样本或同批次的阴性样本参考集，简单、准确率高、适应性强。
一种基于二代样本拷贝变异检测方法

[发明专利]用于黑色素瘤预后的分子标记物及其应用-CN202310124109.5在审
发明人：朱长斌;陈燕花;王弘宇;罗捷敏;郑方克;郑立谋 -专利权人：厦门艾德生物医药科技股份有限公司;上海厦维医学检验实验室有限公司
申请日： 2023-02-16 - 公布日： 2023-05-30 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：本发明提供了一种与黑色素瘤预后相关的生物标志物及其应用。所述生物标志物可以用于黑色素瘤预后风险的诊断和/或预测。本发明也提供了适用于黑色素瘤预后诊断和/或预测的试剂盒。
用于黑色素瘤预后分子标记及其应用

[发明专利]癌症预后和免疫治疗适用性的标志物及其应用-CN202310111772.1在审
发明人：朱长斌;苏文清;陈燕花;盖飞;王劲;郑方克;罗捷敏;郑立谋 -专利权人：厦门艾德生物医药科技股份有限公司;上海厦维医学检验实验室有限公司
申请日： 2023-02-13 - 公布日： 2023-05-16 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：本发明提供了一种癌症预后和免疫治疗适用性的标志物及其应用。本发明也提供了以所述标志物为基础的风险预测模型，进而获得风险评分，通过风险评分能进行癌症的预后和预测免疫治疗的适用性。本发明为癌症患者的预后以及免疫治疗提供了可靠的途径。本发明还公开了预测癌症预后和免疫治疗适用性的检测系统，以及癌症预后和免疫治疗适用性的方法。
癌症预后免疫治疗适用性标志及其应用

[发明专利]一种用于BCR-ABL1基因融合突变ddPCR检测的探针引物组及其应用-CN202211243826.1在审
发明人：洪强;郭永华;陈满足;赵静波;殷子强;董华;郑方克;郑立谋 -专利权人：上海厦维医学检验实验室有限公司
申请日： 2022-10-11 - 公布日： 2023-05-09 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：本发明公开了一种用于BCR‑ABL1基因融合突变ddPCR检测的探针引物组，包括第一检测组件和/或第二检测组件，第一检测组件包括从RNA层面设计的第一探针和第一引物对，第一引物对由第一上游引物和第一下游引物组成，其序列依次如SEQ ID NO.01至03所示，第二检测组件包括从RNA层面设计的第二探针和第二引物对，第二引物对由第二上游引物和第二下游引物组成，其序列依次如SEQ ID NO.04至06所示。本发明覆盖全面，其中的探针和引物从RNA层面设计，避免了DNA层面断点不固定的问题；灵敏度高，可支持低至20copies的BCR‑ABL1融合检出；线性好，梯度稀释后R2大于0.99。
一种用于 bcr abl1 基因融合突变 ddpcr 检测探针引物及其应用

[发明专利]用于食管鳞癌预后及疗法疗效评估的分子标记物及其应用-CN202211136979.6在审
发明人：刘建化;朱长斌;吴一龙;李蔚蔚;乔贵宾;李倩;王劲;郑立谋;张嘉涛;唐继鸣;夏雪儿;罗捷敏;郑方克 -专利权人：厦门艾德生物医药科技股份有限公司;上海厦维医学检验实验室有限公司;广东省人民医院
申请日： 2022-09-19 - 公布日： 2023-05-02 - 主分类号： C12Q1/6886 文献下载
摘要：本发明提供了用于食管鳞癌预后及疗法疗效评估的分子标记物及其应用。本发明中，首次披露了新型食管鳞癌预后和免疫治疗适用性预测的标志物，所述标志物选自PLEK2，IFI6和COL19A1。本发明的分子标志物具有理想的敏感性，可以用于免疫联合化疗的治疗方案的疗效评估和预后评估。本发明也提供了适于食管鳞癌预后和免疫治疗适用性预测的试剂盒。本发明为临床上食管鳞癌的诊断和治疗提供了新方案。
用于食管预后疗法疗效评估分子标记及其应用

[发明专利]一种基于二代测序的微卫星不稳定性检测方法-CN202110427488.6有效
发明人：林程宏;陈少红;李旭超;金保雷;张吓妹;董华;阮力;郑立谋 -专利权人：厦门艾德生物医药科技股份有限公司
申请日： 2021-04-20 - 公布日： 2023-04-28 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于二代测序的微卫星不稳定性检测方法，包括如下步骤：(1)将不同MSI阴性样本测序数据合并，获得参考集；(2)统计参考集中MSI位点i的深度Di；(3)计算MSI阴性样本的MSI位点i的微卫星序列的数据特征Fi；(4)统计整个所述参考集中低于阈值a的MSI位点i的深度Di的个数，然后选择构建混合参考集；(5)对MSI阴性样本进行分组质控；(6)进行第一次检出；(7)若上述第一次检出中被判为MSS候选位点的位点j的个数少于d，则该第一次检出的结果即为最终的检出结果；否则需要进行第二次检出，获得最终的检出结果；(8)对于步骤(7)所获得的待测样本中被判定为MSI候选位点的位点j的个数占该待测样本的总位点数的比例，判断待测样本的微卫星稳定状态。
一种基于二代卫星不稳定性检测方法

[发明专利]基于混合酶体系的超灵敏反转录方法及其应用-CN202211494384.8在审
发明人：余佶彦;王占坤;董华;郑方克;郑立谋;罗捷敏 -专利权人：上海厦维医学检验实验室有限公司;厦门艾德生物医药科技股份有限公司
申请日： 2022-11-25 - 公布日： 2023-04-04 - 主分类号： C12Q1/6806 文献下载
摘要：本发明提供了基于混合酶体系的超灵敏反转录方法及其应用。揭示了一种超灵敏反转录方法，包括：以反转录酶进行反转录，且在反应体系中添加DNA内切酶和DNA单链结合蛋白。本发明的方法具有很高的反转录效率，相较于现有技术获得的10倍以上的cDNA产量，检测灵敏度在4‑8个拷贝之间。在低或中等投入量，例如1ng‑50ng区间，也能具有很高的灵敏度。
基于混合体系灵敏转录方法及其应用

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