本发明提供了一种木薯转录因子的编码基因,其为转录因子MebHLH72基因,其核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示;或者其为转录因子MebHLH114基因,其核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示。采用本发明的MebHLH72基因和MebHLH114基因的片段构建沉默系统能够有效沉默目标基因,而且能够有效调控植株内亚麻苦苷合成关键基因的表达,调控植株内亚麻苦苷的合成,调节氰苷含量,例如将其转染木薯后,氰苷合成关键基因的相对表达呈现一定程度的下降,木薯叶片内亚麻苦苷的合成明显被抑制,但对百脉根苷的合成无明显影响,亚麻苦苷含量显著下降,百脉根苷含量无显著差异,氰苷含量也明显下降。