本发明属于猪遗传标记筛选领域，具体涉及MMP2基因多态性作为猪产仔数性状的遗传标记及应用。从MMP2基因内含子13上克隆得到遗传标记，序列如SEQ ID NO：1或SEQ ID NO：2所示。公开了猪MMP2基因内含子13上SNP位点及其SNP分型的检测方法，MMP2基因内含子13上存在一个等位基因(A/T)突变，引起BgIII‑RFLP多态性。其中：TT基因型的头胎产活仔数显著高于TA基因型；AA基因型的经产死胎数显著高于TA基因型；AA基因型的总胎次死胎数极显著高于TA基因型；AA基因型的总胎次产活仔数显著高于TA基因型，TA基因型是减少死胎数有益基因型。可用于大白猪活产仔数和死胎数性状的检测。
本发明属于动物分子标记筛选领域，具体涉及猪精液品质性状关联的NOS2基因SNP分子标记及应用，该标记从猪NOS2基因ENSSSCE00000154679外显子上克隆得到，其核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示。从猪C7H15orf39基因ENSSSCE00000309970外显子上克隆得到，其核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示。在猪NOS2基因片段的413位碱基处存在一个GA的碱基替换，该替换引起KpnI‑RFLP多态性。本发明公开了杜洛克猪NOS2基因的SNP分子标记和基因型分型，其中AA基因型个体的精子活力性状最优。
本发明属于猪分子标记筛选与应用领域，涉及一种猪精液品质性状关联的SNP遗传标记及应用。该遗传标记克隆自SPAG6基因第7外显子，所述猪精液品质性状为猪精液量、精子密度、精子活力和精子畸形率，所述猪的品种为杜洛克猪、大白猪和长白猪的公猪，所述遗传标记的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，在该序列的395位存在一个T或C的碱基替换，该替换导致ClaI‑RFLP多态性，该位点分别是检测杜洛克猪、大白猪和长白猪的精子活力的位点；检测长白猪和大白猪的精子密度的位点；检测长白猪的精液量的位点。CC基因型为个体精子活力性状的优势基因。本发明还提供了一种引物组合在猪精液品质性状辅助选择中的应用。
本发明提供了猪SPATA6基因第十内含子内与猪精液品质性状相关的分子标记，所述的分子标记位于猪SPATA6基因第十内含子的部分DNA序列中，所述分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，所述分子标记包括：rs341061477位点的SNP：在所述序列的第70bp处存在一个C/T的等位基因突变；以及rs331255092位点的SNP：在第76bp处存在一个A/T的等位基因突变；本发明还提供了猪SPATA6基因精液品质性状相关SNP的检测试剂盒，包括：如SEQ ID NO.2～3所示的引物对；如SEQ ID NO.4～5所示的SNaPshot单碱基延伸引物。为猪精液品质性状的分子标记辅助育种提供了两个新的分子育种标记。
本发明提供了一种猪SPATA6基因第八内含子内与猪精液品质性状相关的分子标记及其应用，所述的分子标记位于猪SPATA6基因第八内含子的部分DNA序列中，所述的分子标记的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO.1所示，在该序列的第152bp处存在一个CT碱基突变，以及在第176bp处存在一个GT碱基突变；本发明还提供了猪SPATA6基因精液品质性状相关SNP的检测试剂盒，包括：如SEQ ID NO.2～3所示的引物对；如SEQ ID NO.4～5所示的SNaPshot单碱基延伸引物。该分子标记为猪精液品质性状的分子标记辅助育种提供了两个新的分子育种标记。
