本发明属于猪遗传标记筛选领域，具体涉及MMP2基因多态性作为猪产仔数性状的遗传标记及应用。从MMP2基因内含子13上克隆得到遗传标记，序列如SEQ ID NO：1或SEQ ID NO：2所示。公开了猪MMP2基因内含子13上SNP位点及其SNP分型的检测方法，MMP2基因内含子13上存在一个等位基因(A/T)突变，引起BgIII‑RFLP多态性。其中：TT基因型的头胎产活仔数显著高于TA基因型；AA基因型的经产死胎数显著高于TA基因型；AA基因型的总胎次死胎数极显著高于TA基因型；AA基因型的总胎次产活仔数显著高于TA基因型，TA基因型是减少死胎数有益基因型。可用于大白猪活产仔数和死胎数性状的检测。
本发明属于动物分子标记筛选领域，具体涉及猪精液品质性状关联的NOS2基因SNP分子标记及应用，该标记从猪NOS2基因ENSSSCE00000154679外显子上克隆得到，其核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示。从猪C7H15orf39基因ENSSSCE00000309970外显子上克隆得到，其核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示。在猪NOS2基因片段的413位碱基处存在一个GA的碱基替换，该替换引起KpnI‑RFLP多态性。本发明公开了杜洛克猪NOS2基因的SNP分子标记和基因型分型，其中AA基因型个体的精子活力性状最优。
本发明属于猪分子标记筛选与应用领域，涉及一种猪精液品质性状关联的SNP遗传标记及应用。该遗传标记克隆自SPAG6基因第7外显子，所述猪精液品质性状为猪精液量、精子密度、精子活力和精子畸形率，所述猪的品种为杜洛克猪、大白猪和长白猪的公猪，所述遗传标记的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，在该序列的395位存在一个T或C的碱基替换，该替换导致ClaI‑RFLP多态性，该位点分别是检测杜洛克猪、大白猪和长白猪的精子活力的位点；检测长白猪和大白猪的精子密度的位点；检测长白猪的精液量的位点。CC基因型为个体精子活力性状的优势基因。本发明还提供了一种引物组合在猪精液品质性状辅助选择中的应用。
