[发明专利]用于确定假基因的拷贝数和基因型的基于阵列的方法和试剂盒

说明书

本文提供了可用于遗传分析的方法以及相关联的组合物、试剂盒、系统、装置和仪器，其中存在与样品中的所关注基因相似的一个或多个序列，例如用于确定脊髓性肌萎缩(SMA)载体状态的。在所述方法中，可以通过分析测定来确定相关基因(例如所关注基因以及其假基因，如SMN1和SMN2)的组合拷贝数。另外，可以通过所述分析测定来确定所述相关基因的相对量，即所述相关基因的比率。使用所述组合拷贝数以及所述相关基因的所述比率的数据，可以高度准确地确定所关注基因的基因型(以及其一个或多个假基因，如果需要的话)。

技术领域

本公开提供了用于遗传分析，包含核酸的基因分型和拷贝数分析的方法以及相关组合物、试剂盒、系统、装置和仪器。

背景技术

对核酸序列例如从生物样品或生物体中获得的DNA和RNA样品的分析已引起了研究和医疗保健界的极大兴趣。使用合适的方法，可以分析核酸序列的集合以辨别各种遗传信息，如基因型和拷贝数变异，这对于诊断或筛查核酸的来源以及其家族成员的疾病或病状可以是重要的。如果存在与实际相关基因高度相似的其它核酸序列(例如，假基因)，则对某些核酸序列(例如，临床相关基因或与致病性病状或疾病相关联的基因)的分析可能非常困难。这种分析(例如，基于阵列或基于测序的分析)中存在的挑战部分是因为从分析中检测到的信号对应于多于一个基因。在一些情况下，将信号分配给其对应的基因并且对信号进行统计分析以分别确定各个基因的遗传信息在技术上通常很复杂。

因此，需要开发改进的方法(以及相关联的组合物、试剂盒、系统、装置和仪器)，所述方法利用遗传分析来生成具有高准确度的数据，所述数据可以用于对给定基因座或染色体进行基因分型和估计给定基因座或染色体的拷贝数两者。

发明内容

本文描述了用于分析核酸样品以检测靶多核苷酸的拷贝数差异的方法和系统，如检测包含缺失和插入的拷贝数变体，以及对此类靶多核苷酸进行基因分型的方法，当存在与靶多核苷酸具有实质序列相似性的其它序列时，所述方法特别有用。

在一方面，本文所提供的本公开涉及一种对样品的核酸进行基因分型的方法。所述方法可以包含(a)向阵列提供样品的所述核酸或其扩增产物，所述阵列具有与第一靶多核苷酸和第二靶多核苷酸杂交的第一组探针和第二组探针，其中所述第一组探针与在所述第一靶多核苷酸和所述第二靶多核苷酸中有不同的序列的第一区域杂交，并且所述第二组探针与在所述第一靶多核苷酸和所述第二靶多核苷酸中是相同的第二区域杂交，并且其中所述第一靶多核苷酸和所述第二靶多核苷酸具有至少50％的序列同一性；(b)检测指示所述第一组探针与所述样品的所述核酸或其扩增产物杂交的信号；(c)检测指示所述第二组探针与所述样品的所述核酸或其扩增产物杂交的信号；以及(d)通过分析所述信号来确定所述样品的所述核酸的基因型。

在一些实施例中，所述第一区域具有在所述第一靶多核苷酸和所述第二靶多核苷酸中相异的一个或多个碱基位置以及在所述第一靶多核苷酸和所述第二靶多核苷酸中相同并且围绕所述一个或多个相异位置的序列。

在一些实施例中，所述第一组探针与所述一个或多个相异位置的紧邻5'或3'的序列杂交。

在一些实施例中，所述第一组探针在所述一个或多个相异位置的紧邻碱基处终止。

在一些实施例中，所述第一组探针具有与所述一个或多个相异位置互补的序列。

在一些实施例中，所述第一靶多核苷酸和所述第二靶多核苷酸来自不同的基因。

在一些实施例中，所述第一靶多核苷酸和所述第二靶多核苷酸不是基因的等位变体。

在一些实施例中，所述分析步骤包含以下中的一种或多种：(a)确定所述样品的所述核酸中的所述第一靶多核苷酸和所述第二靶多核苷酸的组合拷贝数；以及(b)确定所述样品的所述核酸中的所述第一靶多核苷酸与所述第二靶多核苷酸的量的比率。