[发明专利]基于半导体测序的PKU致病基因突变检测方法及装置

权利要求书

1.基于半导体测序的苯丙酮尿症致病基因突变检测方法，所述方法用于非疾病诊断目的，包括如下步骤：

S1：针对苯丙酮尿症致病基因构建用于半导体测序的扩增子文库，将待测样本的扩增子文库上机测序，获得测序序列；

S2：将测序序列与人类基因组参考序列进行序列比对，根据比对结果进行质控过滤；

S3：将质控过滤后的测序序列进行变异分析，获取原始变异检测结果；

S4：使用本地突变数据库对待测样本的原始变异检测结果进行校正；

其中，本地突变数据库的构建方法包括：汇集至少30个阴性对照样本的原始变异检测结果，统计各位置上各类型变异的出现次数、变异频率，变异深度，相关参数的中位值和标准差，形成本地突变数据库；构建本地突变数据库时，统计深度＞20X的变异；

需要进行校正的原始变异检测结果包括：变异频率在0.15～0.4的碱基替换变异和单碱基插入缺失变异；

校正的方法包括：以正态分布作为模型，通过计算偏离度Z值，如果Z值≤2.5，则将待测样本在该位置上的该变异剔除；

其中，Z值＝(待测样本变异频率-本地突变数据库对应变异频率中位值)/本地突变数据库对应变异频率标准差；

S5：对校正后的所有变异检测结果进行格式转换和变异注释，并参照人群频率数据库进行过滤，确定最终突变检测结果；

参照人群频率数据库进行过滤的方法包括：如果在本地突变数据库中该变异的变异频率大于30％，而在人群频率数据库中所述变异的变异频率小于5％，则检验其Z值；如果Z值小于3，则作为假阳性突变过滤。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：步骤S2中，所述根据比对结果进行质控过滤包括：去除低质量的、多匹配和非完全匹配到染色体上的测序序列，并剔除长度在扩增子片段长度范围以外的测序序列。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于：所述苯丙酮尿症致病基因包括PAH、PTS、GCH1、QDPR、PCBD1、SPR基因。

4.基于半导体测序的苯丙酮尿症致病基因变异检测装置，包括：

测序单元：用于针对苯丙酮尿症致病基因构建用于半导体测序的扩增子文库，将待测样本的扩增子文库上机测序，获得测序序列；

质控过滤单元：用于将测序序列与人类基因组参考序列进行序列比对，根据比对结果进行质控过滤；

变异分析单元：用于将质控后的测序序列进行变异分析，获取原始变异检测结果；

校正单元；使用本地突变数据库对待测样本的原始变异检测结果进行校正；

其中，本地突变数据库的构建方法包括：汇集至少30个阴性对照样本的原始变异检测结果，统计各位置上各类型变异的出现次数、变异频率，变异深度，相关参数的中位值和标准差，形成本地突变数据库；构建本地突变数据库时，统计深度＞20X的变异；

需要进行校正的原始变异检测结果包括：变异频率在0.15～0.4的碱基替换变异和单碱基插入缺失变异；

校正的方法包括：以正态分布作为模型，通过计算偏离度Z值，如果Z值≤2.5，则将待测样本在该位置上的该变异剔除；

其中，Z值＝(待测样本变异频率-本地突变数据库对应变异频率中位值)/本地突变数据库对应变异频率标准差；

突变确定单元：用于对校正单元处理后的所有变异检测结果进行格式转换和变异注释，并参照人群频率数据库进行过滤，确定最终突变检测结果；

参照人群频率数据库进行过滤的方法包括：如果在本地突变数据库中该变异的变异频率大于30％，而在人群频率数据库中所述变异的变异频率小于5％，则检验其Z值；如果Z值小于3，则作为假阳性突变过滤。