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[发明专利]一种蛋白质结构预测方法、蛋白质结构预测装置及介质-CN202111506982.8有效
发明人：刘鑫 -专利权人：苏州浪潮智能科技有限公司
申请日： 2021-12-10 - 公布日： 2023-09-19 - 主分类号： G16B15/00 文献下载
摘要：本发明提供一种蛋白质结构预测方法、蛋白质结构预测装置及介质。蛋白质结构预测方法，应用于计算机设备，计算机设备包括CPU和至少一个GPU，包括：获取待预测蛋白质结构的目标蛋白质序列。在CPU中，根据目标蛋白质序列的序列长度，确定目标蛋白质序列对应匹配序列的比对数量阈值。根据比对数量阈值，将目标蛋白质序列与预置的蛋白质序列库中的多个蛋白质序列进行比对，确定目标蛋白质序列对应的匹配序列。在预置的蛋白质结构数据库中，确定匹配序列对应的匹配结构。将匹配序列和匹配结构输入至预置在GPU中的蛋白质结构预测模型中进行蛋白质结构预测，得到目标蛋白质序列对应的蛋白质预测结构。能够减少GPU内存的占用，提高GPU的运算速度，加快预测速率。
一种蛋白质结构预测方法装置介质

[发明专利]蛋白质处理方法、设备、存储介质和计算机程序产品-CN202210567709.4在审
发明人：兰艳艳;宋宇轩 -专利权人：清华大学
申请日： 2022-05-23 - 公布日： 2022-09-23 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本发明涉及蛋白质处理技术领域，尤其涉及一种蛋白质处理方法、设备、存储介质和计算机程序产品。方法包括：获取待处理蛋白质；根据所述待处理蛋白质，生成所述待处理蛋白质对应的至少一个自生成蛋白质，其中，所述待处理蛋白质与所述自生成蛋白质为同源蛋白；将至少一个所述自生成蛋白质存储至蛋白质数据库，以基于所述蛋白质数据库中的所述待处理蛋白质和/或所述自生成蛋白质，对所述待处理蛋白质进行结构预测。本发明用以解决现有技术中同源蛋白数量少，导致结构蛋白质结构预测结果不准确的缺陷，提高蛋白质结构预测性能。
蛋白质处理方法设备存储介质计算机程序产品

[发明专利]一种基于深度学习的融合多特征的蛋白质功能预测方法-CN201910215306.1有效
发明人：李敏;张富豪;宋虹 -专利权人：中南大学
申请日： 2019-03-21 - 公布日： 2022-12-09 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本发明提供了基于深度学习的融合多特征的蛋白质功能预测方法，包括：S1、根据蛋白质的序列信息、作用信息和同源信息，提取蛋白质的语义结构特征、亚序列特征和网络拓扑结构特征；S2、将蛋白质的语义结构特征、亚序列特征和网络拓扑结构特征输入预先训练的蛋白质功能预测模型中，输出分类结果；蛋白质功能预测模型包括：根据蛋白质语义结构特征，提取蛋白质局部语义特征；根据蛋白质亚序列特征，提取蛋白质更稠密、更高级别的亚序列特征；将蛋白质局部语义特征，更稠密、高级别的亚序列特征和网络拓扑结构特征进行融合，获得蛋白质分类融合特征；将蛋白质分类融合特征输入功能分类模块，输出分类结果。显著的提高了预测蛋白质功能的准确度。
一种基于深度学习融合特征蛋白质功能预测方法

[发明专利]复合物结构获取方法、装置、设备、存储介质及程序产品-CN202310437741.5在审
发明人：吴凡迪;吴家祥 -专利权人：腾讯科技（深圳）有限公司
申请日： 2023-04-14 - 公布日： 2023-10-27 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本申请关于一种复合物结构获取方法、装置、设备、存储介质及程序产品，涉及人工智能技术领域。该方法包括：基于第一蛋白质的氨基酸序列对，生成第一蛋白质的第一氨基酸编码、第一蛋白质的第一氨基酸对编码、以及第一蛋白质的第一蛋白质结构；基于第二蛋白质的氨基酸序列，生成第二蛋白质的多序列比对MSA编码、第二蛋白质的第二氨基酸对编码、以及第二蛋白质的第二蛋白质结构；基于第一氨基酸编码、第一氨基酸对编码、第一蛋白质结构、MSA编码、第二氨基酸对编码、以及第二蛋白质结构，生成第一蛋白质与第二蛋白质的复合物的结构上述方案可以提高第一蛋白质和第二蛋白质的复合物结构的构建效率。
复合物结构获取方法装置设备存储介质程序产品

[发明专利]一种蛋白质模板库的扩充方法及装置-CN201510938160.5有效
发明人：董启文 -专利权人：上海珍岛信息技术有限公司
申请日： 2015-12-15 - 公布日： 2018-09-14 - 主分类号： G06F19/16 文献下载
摘要：本发明公开了一种蛋白质模板库的扩充方法及装置，包括：从已知结构的原始蛋白质模板库中选择初始蛋白质样本，并通过序列对比算法去除初始蛋白质样本中相似度较高的蛋白质序列，将最终保留的蛋白质序列作为蛋白质样本；通过蛋白质分子设计算法，设计与蛋白质样本相对应的蛋白质序列，并将设计的蛋白质序列加入原始蛋白质模板库，生成初始扩充蛋白质模板库；通过序列对比算法去除初始扩充蛋白质样本中相似度较高的蛋白质序列，将最终保留的蛋白质序列作为扩充蛋白质模板库，可见，在本实施例中，通过对筛选的蛋白质样本进行设计，能扩充现有蛋白质模板库，增加模板库中蛋白质序列的数量，从而提高蛋白质结构预测的精度及准确率。
一种蛋白质模板扩充方法装置

[发明专利]序列预测方法、装置、介质及电子设备-CN202211401671.X在审
发明人：边成;李永会 -专利权人：抖音视界有限公司
申请日： 2022-11-09 - 公布日： 2023-01-31 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本公开涉及一种序列预测方法、装置、介质及电子设备，所述方法包括：接收目标蛋白质结构；将目标蛋白质结构输入训练的序列预测模型，获得目标蛋白质结构对应的氨基酸序列；序列预测模型是基于多个蛋白质样本、以及多个蛋白质样本对应的功能知识关系图训练所得的，每一蛋白质样本中包括训练蛋白质结构以及训练蛋白质结构对应的训练氨基酸序列，功能知识关系图指示了蛋白质结构和蛋白质功能之间的关联关系。由此，在对序列预测模型的训练过程中能够结合蛋白质结构具有的蛋白质功能，提高该训练所得的模型预测未知但是具有类似功能的蛋白质氨基酸序列的泛化能力，提高获得的氨基酸序列的准确度。
序列预测方法装置介质电子设备

[发明专利]一种用于发现阿尔兹海默症致病关键蛋白质的方法-CN201810454364.5有效
发明人：唐毅;王凤珍;刘明宇;吴金华;张雷 -专利权人：辽宁大学
申请日： 2018-05-14 - 公布日： 2021-11-26 - 主分类号： G16B50/00 文献下载
摘要：一种用于发现阿尔兹海默症致病关键蛋白质的方法，其步骤为：1)、收集阿尔兹海默症文献信息，建立文献数据库；2)、建立蛋白质词典；3)、从文献数据库中提取蛋白质的信息，建立蛋白质矩阵；4)、基于蛋白质矩阵，剔除在网络结构分中与其他蛋白质关联性较小于的蛋白质，得到矩阵中的蛋白质网络特征；5)、根据蛋白质网络特征，计算得到蛋白质社群结构；6)、在蛋白质社群结构中，算得到蛋白质相似性；7)、基于蛋白质相似性的结果，挖掘关键蛋白质。本发明通过上述方法，提供了一种研究效率高，节约生物实验成本的阿尔兹海默症致病关键蛋白质的发现方法。
一种用于发现阿尔兹海默症致病关键蛋白质方法

[发明专利]确定蛋白质信息的方法、装置、可读介质及电子设备-CN202211289842.4在审
发明人：边成;张志诚;李永会 -专利权人：抖音视界有限公司
申请日： 2022-10-20 - 公布日： 2023-01-03 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本公开涉及一种确定蛋白质信息的方法、装置、可读介质及电子设备，包括：获取待确定蛋白质信息的目标蛋白质序列；将目标蛋白质序列输入目标蛋白质表示模型，以获取目标蛋白质表示模型输出的目标蛋白质表示；根据目标蛋白质表示，确定目标蛋白质序列的蛋白质信息，蛋白质信息包括蛋白质结构信息、蛋白质功能信息、蛋白质稳定信息以及蛋白质交互作用信息中的至少一个；其中，目标蛋白质表示模型通过多个样本集预先生成，样本集包括样本蛋白质序列和样本蛋白质序列对应的样本序列信息，样本序列信息包括样本蛋白质表示、样本基因本体特征以及样本关系信息，样本关系信息用于表征样本蛋白质序列与样本基因本体特征之间的关系。
确定蛋白质信息方法装置可读介质电子设备

[发明专利]一种蛋白质结构势能函数的预测方法-CN201911371923.7有效
发明人：潘宪明;吴璐芸;夏霞宇 -专利权人：清华大学
申请日： 2019-12-26 - 公布日： 2022-11-08 - 主分类号： G16C20/70 文献下载
摘要：本发明涉及一种蛋白质结构势能函数的预测方法，包括以下步骤：1)计算蛋白质结构中氨基酸的短程相互作用、长程相互作用以及肽键能量；2)根据肽键的长程相互作用、短程相互作用以及肽键能量初步生成蛋白质结构势能函数；3)准备蛋白质结构已知的蛋白质数据；4)通过蛋白质结构已知的蛋白质数据训练初步生成的蛋白质结构势能函数，直至获得最终蛋白质结构势能函数。本方法采用肽键作为函数的基本单位，更加贴合蛋白质的实际结构，更加全面的考量了蛋白质内部的相互作用，肽键是蛋白质组成的基本单元，具有40％双键的性质，限制了原子的旋转，使用肽键作为结构打分函数的基本作用单位，更加符合蛋白质中氨基酸的相互作用机制。
一种蛋白质结构势能函数预测方法

[发明专利]基于蛋白质时空子网络的关键蛋白质识别方法及识别系统-CN201810287578.8有效
发明人：李敏;李文凯;郑瑞清;王建新 -专利权人：中南大学
申请日： 2018-03-31 - 公布日： 2022-02-11 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于蛋白质时空子网络的关键蛋白质识别方法及识别系统，包括如下步骤：步骤1：获取原始蛋白质网络；步骤2：构建不同时刻的活性蛋白质集合；步骤3：构建不同亚细胞结构中的蛋白质集合；步骤4：依据蛋白质节点之间的连接关系、不同时刻的活性蛋白质集合、不同亚细胞结构中的蛋白质集合组建各类亚细胞结构在不同时刻的时空子网络；步骤5：获取每个蛋白质节点的最大度中心性值；步骤6：按照蛋白质节点的最大度中心性对所有蛋白质节点进行降序排列，再选定排前的M个蛋白质节点作为预测的关键蛋白质。通过上述方法能够提高关键蛋白质的识别准确率。
基于蛋白质时空网络关键识别方法系统

[发明专利]蛋白质三维结构预测方法及装置、电子设备和存储介质-CN202210253433.2有效
发明人：李盼 -专利权人：水木未来（北京）科技有限公司
申请日： 2022-03-15 - 公布日： 2023-01-31 - 主分类号： G16B15/20 文献下载
摘要：本公开涉及一种蛋白质三维结构预测方法及装置、电子设备和存储介质，所述方法包括：将待处理蛋白质序列输入蛋白质语言模型，获得蛋白质表示信息及残基对注意力信息；对待处理蛋白质序列进行编码，获得外积矩阵；根据残基对注意力信息以及外积矩阵，获得残基对表示信息；根据蛋白质表示信息、残基对表示信息、初始化的蛋白质骨架信息，以及结构预测模型，确定待处理蛋白质序列的三维结构信息。根据本公开的实施例的蛋白质三维结构预测方法，可基于残基对注意力模型和结构预测模型预测蛋白质序列的三维结构，能够在输入单条蛋白质序列的情况下，准确地预测蛋白质的三维结构，且提升预测效率。
蛋白质三维结构预测方法装置电子设备存储介质

[发明专利]蛋白质复合物的识别方法-CN201610356036.2在审
发明人：赵军民;魏新红;张凯;张芳芳;杨斌;娄鑫坡;孔玉静 -专利权人：河南城建学院
申请日： 2016-05-26 - 公布日： 2016-10-12 - 主分类号： G06F19/18 文献下载
摘要：本发明公开一种蛋白质复合物的识别方法，包括如下步骤：构建带权的蛋白质相互作用网络，其中权值表示编码发生相互作用的蛋白质对应基因的表达模式之间的相似度；基于上述带权的蛋白质相互作用网络，识别蛋白质复合物的核；基于核内蛋白质与非核蛋白质发生相互作用的数量多少和权重大小来为蛋白质复合物的核识别附属蛋白质；以及将识别出的核与识别出的附属蛋白质进行组合，识别为蛋白质复合物。本方法不仅考虑了蛋白质复合物的内部结构，还要利用了编码相互作用蛋白质基因共表达程度高的特性。因此，该方法不仅可以识别具有重叠结构的蛋白质复合物，而且所识别的蛋白质复合物反映了蛋白质复合物的真实内部结构。
蛋白质复合物识别方法

[发明专利]镜像蛋白质相互作用图谱的构建方法及相关设备-CN202310355390.3在审
发明人：郭建影 -专利权人：平安科技（深圳）有限公司
申请日： 2023-03-22 - 公布日： 2023-06-30 - 主分类号： G06F16/36 文献下载
摘要：本申请提出一种镜像蛋白质相互作用图谱的构建方法、装置、电子设备及存储介质，镜像蛋白质相互作用图谱的构建方法包括：基于原始蛋白质构建第一图神经网络，并将原始蛋白质的氨基酸序列输入第一图神经网络，预测原始蛋白质的性质以及原始蛋白质与其他原始蛋白质之间的相互作用；基于原始蛋白质之间的相互作用构建第二图神经网络；将任意氨基酸序列输入第二图神经网络，预测氨基酸序列对应镜像蛋白质的性质、三维结构和镜像蛋白质与其他蛋白质之间的相互作用；将蛋白质的性质和三维结构作为节点信息，任意两个蛋白质之间的相互作用作为连边，构建镜像蛋白质相互作用图谱。本申请能预测镜像蛋白质的结构和性质并构建镜像蛋白质相互作用图谱。
蛋白质相互作用图谱构建方法相关设备

[发明专利]一种蛋白质功能预测方法、装置、终端设备及介质-CN202310130268.6在审
发明人：邓磊;郑荣涛 -专利权人：中南大学
申请日： 2023-02-17 - 公布日： 2023-06-23 - 主分类号： G16B15/00 文献下载
摘要：本申请适用于生物信息学技术领域，提供了一种蛋白质功能预测方法、装置、终端设备及介质，通过获取目标蛋白质的序列、相互作用蛋白质的序列、同源蛋白质的序列以及目标蛋白质的结构模板，构建多序列比对；根据多序列比对和结构模板构建三维结构；提取目标蛋白质和相互作用蛋白质的序列特征，得到目标蛋白质和相互作用蛋白质的序列特征；利用蛋白质混合层对序列特征进行混合，得到第一混合特征；对目标蛋白质的序列特征和第一混合特征进行混合，得到第二混合特征；提取三维结构的结构特征；根据第二混合特征和结构特征，得到功能置信分数；根据功能置信分数对目标蛋白质功能进行预测。本申请能提高蛋白质功能预测的准确性。
一种蛋白质功能预测方法装置终端设备介质

[发明专利]表达载体和蛋白质的制造方法-CN201380006276.4有效
发明人：小谷哲也;阿里木江·依地热斯;东田英毅 -专利权人：旭硝子株式会社
申请日： 2013-01-22 - 公布日： 2018-01-02 - 主分类号： C12N15/09 文献下载
摘要：本发明提供用于分泌要取得的蛋白质(Z)或具有该蛋白质(Z)部分的融合蛋白的表达载体、使用该表达载体的转化体的制造方法、该转化体和使用该转化体制造蛋白质的方法。表达载体，其特征在于，具有表达盒，该表达盒包含编码下述蛋白质(Y)的结构基因序列(y)、位于所述结构基因序列(y)的下游的编码作为要取得的蛋白质的蛋白质(Z)的结构基因序列(z)、用于表达包括所述蛋白质(Y)部分和所述蛋白质(Z)部分的融合蛋白的启动子序列和终止子序列，所述蛋白质(Y)为PDI1(蛋白质二硫键异构酶，Protein disulfide isomerase1)的全长蛋白质、PDI1的部分蛋白质或它们的突变蛋白质
表达载体蛋白质制造方法

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