本发明涉及一种基于水疱性口炎病毒的神经环路示踪工具病毒,属于生物技术领域。本发明提供了一种神经环路示踪工具病毒,所述神经环路示踪工具病毒为核苷酸序列为SEQ ID NO.9所示的水疱性口炎病毒感染性克隆拯救而得的重组水疱性口炎病毒以及核苷酸序列为SEQ ID NO.14所示的水疱性口炎病毒感染性克隆拯救而得的重组水疱性口炎病毒,两者联合,可以相互补偿缺失蛋白,从而同时进行复制,并在神经系统中跨突触传播,将两者联合用于顺行神经环路的解析,不仅可以实现特定脑区神经元出发,还可以通过包装使它们具有感染特异性,进一步实现特定类型神经元出发进行顺行环路的标记,进而示踪特异性类型神经元输出网络。