本发明公开了海州常山涝害胁迫下荧光定量内参基因及其专用引物和应用，该荧光定量内参基因为MDH、UBC‑E2和UBQ，其中，MDH基因的基因序列如SEQ ID NO.10所示，UBC‑E2基因的基因序列如本发明依据现有公开的基因筛选出表达较为稳定的候选基因，通过软件对其稳定性进行评估，获得3个适合于海州常山涝害胁迫下表达最稳定的内参基因，并用这些基因为基础设计了实时荧光定量PCR引物，填补了海州常山涝害胁迫下没有内参基因的现状，为海州常山涝害胁迫条件下相关功能基因的精确定量提供有力支持，可提高研究的稳定性、重复性和可靠性。
本发明公开了基于凤丹涝害转录组序列开发的EST‑SSR引物及其应用，其中基于凤丹涝害转录组序列开发的EST‑SSR引物包括P1‑P20这20对引物，P1‑P20的序列分别如SEQ ID No.1至SEQ ID No.40所示，具有扩增条带清晰、多态性高、重复性好和通用性强等优点，本发明填补了凤丹涝害性状相关候选基因SSR标记的空白，丰富了牡丹EST‑SSR引物数量，可以利用本发明开发的EST‑SSR引物组
