本发明公开水稻稻瘟病抗性基因Pita的dCAPS分子标记机应用,稻瘟病抗性基因Pita功能特异性分子标记为Pita‑dCAPS;所述Pita‑dCAPS分子标记利用引物对SEQ ID NO.1和SEQID NO.2从携带有稻瘟病抗性基因Pita的水稻品种的基因组DNA中扩增出来,并且可以被内切酶Ecop151特异性识别,而不含有抗性基因Pita水稻品种的基因组DNA不能被内切酶Ecop151识别;其中SEQ ID NO.1:5’‑ATCACGGGTATGGATTTTTCA‑3’;SEQ ID NO.2:5’‑GTGCATCTTCAACCTGACTTGATGATTGTTTGA‑3’;本发明获得的稻瘟病抗性基因Pita的dCAPS分子标记能够应用于鉴别水稻品种中稻瘟病抗性基因Pita。