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[发明专利]一种抑制鸡Wnt3a基因表达的ASO及其应用-CN202310300197.X在审
发明人：姬改革;束婧婷;巨晓军;章明;单艳菊;屠云洁;刘一帆;邹剑敏;盛中伟;肖芹 -专利权人：江苏省家禽科学研究所
申请日： 2023-03-24 - 公布日： 2023-07-14 - 主分类号： C12N15/113 文献下载
摘要：本发明属于基因功能研究领域，具体涉及一种通过抑制鸡Wnt3a(Wnt family member 3A)基因表达的ASO及其应用。本发明公开了一种抑制鸡Wnt3a基因表达的ASO，所述ASO的核苷酸序列为5’‑AGUGCAGUUCAUUAGCUUCU‑3’。将本发明提供的抑制鸡Wnt3a基因表达的ASO转入鸡体外培养的鸡胚皮肤组织后可以有效降低鸡Wnt3a基因的表达，抑制效率达到50％以上。本发明的ASO序列通过特异性敲降鸡Wnt3a基因的表达来鉴定基因功能，可应用于优质鸡的遗传育种、鸟类羽毛颜色以及为人类疾病研究提供参考数据，具有很大的经济价值和科研价值。
一种抑制 wnt3a 基因表达 aso 及其应用

[发明专利]一种评估肿瘤免疫耗竭状态的方法、装置和存储介质-CN202110163479.0有效
发明人：高志博;金皓玄;易坚;王佳茜;苏小凡 -专利权人：深圳裕康医学检验实验室
申请日： 2021-02-05 - 公布日： 2021-09-21 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本申请公开了一种评估肿瘤免疫耗竭状态的方法、装置以及存储介质，方法包括：根据受试者同一肿瘤组织样本的转录组测序数据与参考转录组的比对结果，获得各基因的表达量结果；提取肿瘤免疫耗竭相关基因的表达量以及用于归一化校正的管家基因的表达量，使用管家基因的平均表达量对肿瘤免疫耗竭相关基因的表达量进行校正，利用校正后的肿瘤免疫耗竭相关基因的表达量和肿瘤免疫耗竭相关基因对应的权重系数计算免疫耗竭打分；根据所述免疫耗竭打分判断肿瘤免疫耗竭状态。本申请创造性地提取肿瘤免疫耗竭相关基因的表达量和管家基因的表达量计算免疫耗竭打分(IES)，实现以IES作为生物标志物评估免疫检查点抑制剂anti‑PD‑(L)1的治疗疗效，为治疗疗效提供了一个数值参考依据
一种评估肿瘤免疫耗竭状态方法装置存储介质

[发明专利]用于识别基因表达的条形码-CN201780041514.3在审
发明人： K·K·甘贾姆 -专利权人：微软技术许可有限责任公司
申请日： 2017-06-29 - 公布日： 2019-03-01 - 主分类号： C12N15/10 文献下载
摘要：可以通过分析DNA序列来识别基因表达。DNA序列可包含对应于特定基因的条形码序列。条形码序列可以在基因表达期间通过首先将包含条形码序列的同源定向修复(HDR)模板添加到基因的DNA序列中，然后在基因表达期间将条形码序列剪接出RNA前体来产生。可以对得到的DNA链进行测序，并且可以分析序列数据以识别DNA序列内的条形码序列，其提供DNA而非RNA中基因的表达的指示。
条形码序列基因表达识别基因基因剪接模板添加序列数据条形码测序同源分析修复

[发明专利]一种空间转录组细胞表达模式的识别方法及系统-CN202211441816.9在审
发明人：高瑞;张道良;于娜;谯旭;刘治平 -专利权人：山东大学
申请日： 2022-11-17 - 公布日： 2023-03-03 - 主分类号： G16B25/10 文献下载
摘要：本发明提出了一种空间转录组细胞表达模式的识别方法及系统，涉及生物信息学领域，对获取的空间转录组数据进行预处理，得到由图像特征、基因表达数据和邻接矩阵组成的正样本数据，属于同一个细胞的图像特征和基因表达数据存在对应关系；对正样本数据中图像特征和基因表达数据进行随机调整，得到负样本数据；构建图自编码器模型，用正样本数据和负样本数据对图自编码器模型进行训练；将待识别的样本数据输入到训练好的图自编码器模型中，得到最终识别的细胞类型；本发明构建图自编码器，充分利用空间转录组学中的多模态信息，实现空间转录组学的细胞模式识别，并改善扩展性和可操作性，提高组织切片中的细胞表达模式的识别精度和可靠性。
一种空间转录细胞表达模式识别方法系统

[发明专利]应用产生自多重破坏表达文库的基因调控网络的生物发现-CN02823466.9无效
发明人：井元清哉;后藤多嘉绪;官野悟;田代康介;米歇尔·德胡恩;克里斯托弗·J·萨瓦;久原哲 -专利权人： GNI株式会社
申请日： 2002-09-26 - 公布日： 2005-03-09 - 主分类号： G01N33/48 文献下载
摘要：本发明的实施方案包括应用新的推导方法来分析复杂的生物信息，包括基因网络。在一些实施方案中，同时获得生物体中的大量基因的破坏体的数据和/或药物诱导/抑制数据。新方法包括布尔推导方法的改进以及采用这些方法来确定生物体中被表达的基因之间的关系。另外的新方法包括贝叶斯推导方法的改进以及采用那些方法来确定被表达的基因之间的因果关系，以及在一些实施方案中确定被调控基因的上游效应子。贝叶斯方法的其它改进包括使用异质方差和不同的曲线拟合方法，包括样条函数，来提高对被表达基因的网络的结构图的估计。其它实施方案包括使用自举方法和确定边缘效应来更精确地提供被表达基因之间的网络信息。用从先前研究以及新近进行的基因表达研究中获得的信息评价了本发明的方法。
应用产生多重破坏表达文库基因调控网络生物发现

[发明专利]一种调控基因mRNA表达的单链DNA筛选方法-CN202111437868.4在审
发明人：孙曙明;王启航;廖永康;刘静 -专利权人：中南大学
申请日： 2021-11-29 - 公布日： 2022-03-18 - 主分类号： G16B20/30 文献下载
摘要：本发明公开了一种调控基因mRNA表达的单链DNA筛选方法，采用了程序分析复杂的DNA序列信息，大大的提高了效率和时间，同时采用程序比对分析数据库中的相关信息，预测序列与转录因子的结合的概率，从而筛选与调控基因表达的重要转录因子的重复序列信息最后获得调控基因mRNA表达的单链DNA。本发明在筛选并寻找其他众多基因的调控mRNA表达的单链DNA的过程是通用的，适用于多种基因的具有调控基因表达的单链DNA的筛选和验证。
一种调控基因 mrna 表达 dna 筛选方法

[发明专利]一种特异性敲降鸡TPM1基因表达的siRNA、试剂盒及其应用-CN202210787370.9有效
发明人：单艳菊 -专利权人：江苏省家禽科学研究所;江苏立华育种有限公司
申请日： 2022-07-04 - 公布日： 2023-10-13 - 主分类号： C12N15/113 文献下载
摘要：本发明公开了一种特异性敲降鸡TPM1基因表达的siRNA，其正义链的序列为5’‑ggaugaagagaagauggaa‑3’，反义链的序列为5’‑uuccaucuucucuucaucc‑3’。同时，本发明还公开了含有特异性敲降鸡TPM1基因表达的siRNA的试剂盒，以及含有编码特异性敲降鸡TPM1基因表达的siRNA的核苷酸序列的重组表达载体、转基因细胞系或重组菌。本发明的siRNA通过特异性敲降鸡TPM1基因表达来鉴定基因功能，可应用于优质鸡的遗传育种以及为人类疾病研究提供参考数据，具有很大的经济价值和科研价值。
一种特异性敲降鸡 tpm1 基因表达 sirna 试剂盒及其应用

[发明专利]一种预测肺癌病理图像中基因突变的辅助系统及方法-CN202010148275.5在审
发明人：佘云浪;陈昶;谢冬;邓家骏;赵蒙蒙 -专利权人：上海市肺科医院（上海市职业病防治院）
申请日： 2020-03-05 - 公布日： 2020-07-03 - 主分类号： G06T7/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种预测肺癌病理图像中基因突变的辅助系统及方法，涉及神经网络。包括：第一获取模块，获得数字病理图像并根据肺癌类别进行标注获得标注图像；第二获取模块，对病灶区的肿瘤进行基因测序获得基因突变数据；生成模块，将标注图像和与基因突变数据生成训练数据组；分组模块，将训练数据组分成训练集和测试集；训练模块，将训练集进行训练获得肺癌基因突变判断模型；测试模块，将测试集输入到肺癌基因突变判断模型中进行测试获得基因表达量；处理模块，根据基因表达量与对应的基因突变数据得到预测准确率，不小于准确率阈值时保存肺癌基因突变判断模型具有以下有益效果：预测患者基因突变的可能，提前进行相应治疗。
一种预测肺癌病理图像基因突变辅助系统方法

[发明专利]一种基于自编码器的基因表达谱特征学习方法-CN202010029068.8有效
发明人：彭绍亮;张磊;李非;毕夏安;周德山;肖港;辛彬;王子航 -专利权人：湖南大学
申请日： 2020-01-12 - 公布日： 2021-09-10 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本发明属于计算机科学领域，公开了一种基于自编码器的基因表达谱特征学习方法，通过将基因表达谱文件按实验条件提取所需要的数据，先对提取的样本数据进行处理，得到能直接用于模型的输入数据，再将多个多通道自编码器逐层叠加，得到包含多个隐藏层的深度多通道自编码器模型，接着用深度多通道自编码器模型从高维稀疏的基因表达谱数据中提取出维度相对较低，且能有效区分原始数据的特征表示，最后验证模型预测的特征的好坏。本发明充分发挥深度学习能准确获取数据特征的优势，结合卷积神经网络的多通道和自编码器的特征学习能力，设计一种新的多通道自编码器模型，从而更好的学习到维度相对较低，且能有效区分原始基因表达谱数据的特征表示。
一种基于编码器基因表达特征学习方法

[发明专利]发现癌症相关基因的方法及相关系统、药物制备方法-CN201610019087.6有效
发明人：杨利英;曹阳;袁细国;张军英 -专利权人：西安电子科技大学
申请日： 2016-01-12 - 公布日： 2018-09-07 - 主分类号： G06F19/22 文献下载
摘要：本发明公开了一种利用miRNA表达数据发现癌症相关基因的方法，基于癌症基因组图谱TCGA下的泛癌症项目PanCancer，运用统计分析和机器学习算法，对基因表达数据进行分析处理，识别与复杂疾病相关的基因；包括：样本数据整理；对miRNA数据进行统计分析；将miRNA按均值变化率排序；选定靶基因；提取出相应的疾病样本和正常样本；利用Relief算法对上述提取出来的mRNA样本中的基因进行排序。本发明可发现与癌症等复杂疾病相关的多个风险基因，对复杂疾病的生物靶向治疗、生物药物研制、致病机理阐释及风险预测等都有重要意义。
一种利用 mirna 表达数据发现癌症相关基因方法

[发明专利]一种干燥综合征诊断模型的构建及应用-CN202211448094.X有效
发明人：姜洋 -专利权人：中国医学科学院北京协和医院
申请日： 2022-11-18 - 公布日： 2023-06-02 - 主分类号： G16H50/50 文献下载
摘要：本发明涉及生物信息技术领域，更具体地，涉及一种干燥综合征诊断模型的构建及应用，所述构建方法包括以下步骤：获取干燥综合征患者、普通干眼症患者、健康对照蛋白表达数据；获取干燥综合征患者、健康对照mRNA表达数据；筛选在干燥综合征患者和普通干眼症患者之间、干燥综合征患者和健康对照之间具有显著差异表达的基因，得到诊断基因，所述诊断基因包括HIST1H4J或PEBP4；使用所述诊断基因构建干燥综合征诊断模型。
一种干燥综合征诊断模型构建应用

[发明专利]一种融合多数据特征预测关键蛋白质的计算方法-CN201810958860.4有效
发明人：张伟;徐佳 -专利权人：华东交通大学
申请日： 2018-08-22 - 公布日： 2021-07-02 - 主分类号： G16B20/30 文献下载
摘要：本发明公开了一种融合多数据源预测关键蛋白质的计算方法。该方法通过分析关键蛋白质所体现的聚集性、共表达性、功能相似性、位置一致性的特征，有效融合蛋白质相互作用网络的边聚类系数、基因表达值的皮尔逊相关系数、基因本体术语的语义相似性指数以及蛋白质亚细胞定位统计特征本发明方法简单易用，输入蛋白质相互作用关系数据、基因表达谱数据、基因本体术语信息数据以及蛋白质亚细胞定位数据信息这四种数据，经测试验证，和已有方法相比本发明提出的方法可以显著提高蛋白质相互作用网络中关键蛋白的预测精度和效率
一种融合多数特征预测关键蛋白质计算方法

[发明专利]一种提取多种基因集合特征表达模式的方法-CN200910032863.6无效
发明人：顾祖光;王进;王军玲;李捷;高翔 -专利权人：南京大学
申请日： 2009-06-04 - 公布日： 2009-10-28 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：本发明公开了一种提取多种基因集合特征表达模式的方法，包括以下步骤：输入芯片数据；判断基因表达谱芯片所含基因所属的基因集合；判断每一个基因集合中基因的个数是否在基因集合容量大小设置的范围之内，如果判断结果为否，则抛弃此基因集合；否则，执行下一步；计算基因集合的单态显著性和多态显著性；对原始p值进行校正；判断基因集合的单态显著性和多态显著性是否符合阈值要求，如果判断结果为否，则抛弃；如果判断结果为是，则输出识别结果本发明方法能够有效识别多种特征表达模式，甄别无效的干扰噪音，大大提高了基因表达谱在实际应用中的价值。
一种提取多种基因集合特征表达模式方法

[发明专利]一种在转录组测序水平上进行剑麻叶纤维发育的研究方法-CN201910288830.1在审
发明人：程琴;金刚;彭欣怡;谭秦亮;吕平;朱鹏锦;周全光;陈涛;卢业飞;王丽萍;欧克纬;李佳慧 -专利权人：广西壮族自治区亚热带作物研究所（广西亚热带农产品加工研究所）
申请日： 2019-04-11 - 公布日： 2019-07-19 - 主分类号： C12Q1/6895 文献下载
摘要：本发明公开了在转录组测序水平上进行剑麻叶纤维发育的研究方法，包括以下步骤：s1.培育剑麻参试材料，并进行剑麻叶RNA的提取及质量检测；s2.进行剑麻叶纤维的转录组测序；s3.进行转录水平差异比较分析，筛选出差异表达基因；s4.进行差异表达基因的GO功能显著性富集分析和Pathway显著性富集分析；s5.从转录组数据中挑取两种不同表达趋势的4个基因在不同纤维发育时期进行实时荧光定量PCR试验，并与RNA‑Seq转录组数据中该基因的表达趋势进行吻合性检测，验证RNA‑Seq转录组数据的可靠性；本发明为深入开展纤维发育相关功能基因的克隆和功能验证提供理论基础，为剑麻纤维品质的遗传改良提供理论依据。
转录组剑麻叶纤维测序差异表达基因显著性发育富集实时荧光定量PCR 相关功能基因参试材料差异比较发育时期功能验证剑麻纤维理论基础遗传改良质量检测转录水平吻合性分析基因剑麻克隆验证筛选研究检测试验培育

[发明专利]基于矩阵分解的迭代分块矩阵补全的细胞类型分类方法及系统-CN202210658796.4在审
发明人：龚乐君;周佘海 -专利权人：南京邮电大学
申请日： 2022-06-08 - 公布日： 2022-08-19 - 主分类号： G16B40/20 文献下载
摘要：本发明提供一种基于矩阵分解的迭代分块矩阵补全的细胞类型分类方法及系统，通过获取单细胞测序数据，计算基因表达矩阵中每个基因出现的频次并排序；按列进行切分；对切分后的每个分块矩阵使用低秩矩阵分解算法；将分解获得的迭代矩阵和原分块矩阵进行比较，对非零点保持不变，保留生物零点不进行补全，在该零点不是生物零点时进行替换补全，获得除生物零点外补全后的分块基因表达矩阵；拼接合成完整矩阵；构建分类模型，输入的单细胞补全后的完整基因表达矩阵数据后，得到预测的细胞类型；本发明补全后基因表达矩阵的分类性能具有显著提高，有利于对测序数据细胞类型的识别，无需借助太多生物学相关的先验知识，能够获得更高精度的分类结果。
基于矩阵分解分块细胞类型分类方法系统