本发明提供了天山根瘤菌转录调控蛋白MsiR突变蛋白及其在刀豆氨酸生物传感器中的应用,所述的突变蛋白为非天然蛋白,且突变蛋白具有特异性响应刀豆氨酸的能力,突变蛋白在野生型的MsiR的1个与刀豆氨酸结合相关的核心氨基酸发生突变:第133位由天冬氨酸(D)突变为丙氨酸(A),突变蛋白的蛋白序列如SEQ ID NO.1所示,核苷酸序列如SEQ ID NO.2,本发明所述的突变蛋白较野生型对刀豆氨酸响应的荧光值提高了2倍,且MsiR突变蛋白C端效应物结合区域与刀豆氨酸结合的亲和力提高了1.5倍;同时通过对该蛋白的突变蛋白的筛选提高了MsiR转录调控蛋白的调控活性。