本发明提供了一种提高拜氏梭菌阿魏酸抗逆性的方法,属于基因工程技术领域。该方法是将拜氏梭菌中编码依赖于NADPH的FMN还原酶基因失活,使该基因在拜氏梭菌中不能正常表达,所述的拜氏梭菌为拜氏梭菌NCIMB 8052,所述的编码依赖于NADPH的FMN还原酶基因为Cbei_4693,其核苷酸序列如SEQ ID NO1所示。本发明通过二型内含子基因敲除技术使拜氏梭菌中编码依赖于NADPH的FMN还原酶基因失活。该重组菌株具有较好的传代稳定性,当培养基中阿魏酸的浓度为0.5g/L时,出发菌株8052丁醇产量为0.7g/L,本发明构建重组菌丁醇产量达5.6g/L,说明通过本发明的方法提高了拜氏梭菌对阿魏酸的抗逆性