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[发明专利]基于机械偶联的蛋白质异质索烃的生物合成方法及其应用-CN202211121806.7在审
发明人：张文彬;刘雅杰 -专利权人：北京大学
申请日： 2022-09-15 - 公布日： 2023-04-25 - 主分类号： C07K19/00 文献下载
摘要：本发明提供了一种基于机械偶联的蛋白质异质索烃的生物合成方法及其应用。本发明基于二聚结构基元介导的分子内缠结和正交分离型内含肽介导的定点环化，能够实现含有目标蛋白质与功能蛋白质基元的蛋白质异质索烃的模块化制备。本发明提供的方法基于合理的基因序列设计，不需要额外的胞外反应，通过表达纯化即可获得相应的蛋白质异质索烃。所制备的蛋白质异质索烃可以保留各组成功能基元对相应受体的亲和能力，同时由于索烃结构对蛋白质的构象具有限制作用，可以有效提升蛋白质的整体稳定性。利用本发明所述方法可将蛋白质药物的线型主链拓展为链环拓扑结构，制备得到的基于机械偶联的蛋白质异质索烃能够有效延长蛋白质药物的体内半衰期。
基于机械蛋白质索烃生物合成方法及其应用

[发明专利]采用果蝇优化方法识别蛋白质复合物-CN201610178586.X有效
发明人：雷秀娟;丁玉连;吴振强;裘国永 -专利权人：陕西师范大学
申请日： 2016-03-25 - 公布日： 2019-02-12 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：一种采用果蝇优化方法识别蛋白质复合物，由如下步骤组成：将蛋白质相互作用网络转化为无向图、对蛋白质相互作用网络边和结点预处理、构建动态蛋白质相互作用网络、设置参数、形成果蝇的位置、对应果蝇到蛋白质相互作用的网络中、确定初始化果蝇位置、确定果蝇气味浓度、更新果蝇位置、产生蛋白质复合物、过滤蛋白质复合物。该方法考虑了蛋白质网络的动态性、蛋白质复合物内部核心‐附件结构以及蛋白质相互作用网络的局部性和全局性，能准确地识别蛋白质复合物。仿真实验结果表明，正确率、查全率等指标性能较优。与其他聚类方法相比，结合蛋白质网络和蛋白质复合物特性，实现蛋白质复合物识别过程，提高了蛋白质复合物的识别准确率。
采用果蝇优化方法识别蛋白质复合物

[发明专利]一种基于索烃化的蛋白质偶联方法-CN201910504698.3有效
发明人：张文彬;达晓娣 -专利权人：北京大学
申请日： 2019-06-12 - 公布日： 2020-11-03 - 主分类号： C12N15/62 文献下载
摘要：本发明公布了一种基于索烃化的蛋白质偶联方法。本发明将SpyTag‑SpyCatcher复合物中各二级组分(SpyTag,BDTag和SpyStapler)进行重新连线，引入人工设计的链缠结结构，发展了结合缠绕和催化的蛋白质活性模板方法，可实现不同目标蛋白质以索烃形式连接的机械键偶联利用该方法对无序蛋白质或折叠蛋白质进行异质索烃化，均不会明显影响蛋白质的结构和性能。该索烃化过程还可通过共表达体系实现细胞内直接表达制备。由于索烃结构对目标蛋白质具有构象限制作用和空间控制，它可提升目标蛋白质的稳定性。本发明实现了蛋白质异质索烃的简洁合成，是一种非常有价值的新型蛋白质偶联策略。
一种基于索烃蛋白质方法

[发明专利]一种基于多重进化矩阵的蛋白质二级结构预测方法-CN201710150418.4有效
发明人：鹿文鹏;杜月寒;刘毅慧;成金勇;孟凡擎 -专利权人：齐鲁工业大学
申请日： 2017-03-14 - 公布日： 2019-02-26 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于多重进化矩阵的蛋白质二级结构预测方法，包括：下载蛋白质NR数据库及BLAST程序本地软件包，生成给定蛋白质序列的位置特异性打分矩阵PSSM矩阵，对PSI‑BLAST程序进行参数调整得到蛋白质序列的不同趋异度的进化矩阵；对进化矩阵中的所有特征向量进行处理，构成多重进化矩阵特征；将多重进化矩阵的特征作为分类器的输入并对分类准确率进行评价，获得优化模型；针对结构未知的蛋白质，输入优化模型，预测蛋白质的二级结构。本发明对于一条蛋白质序列，同时使用多种不同进化趋异度的矩阵来表示蛋白质序列，更为充分的表示了蛋白质结构信息，更全面的考虑了残基替换的可能性，提高了蛋白质二级结构预测的准确率，编码方法简单有效。
一种基于多重进化矩阵蛋白质二级结构预测方法

[发明专利]蛋白质结构预测方法、装置、设备及存储介质-CN202111253270.X在审
发明人：蒋华良;乔楠;郑明月;田奇;王鼎言;刘登辉;程曦;许志梦;谢凌曦;张晓鹏;何建忠;何文俊;林歆远;张雷;徐迟 -专利权人：华为云计算技术有限公司;中国科学院上海药物研究所
申请日： 2021-10-27 - 公布日： 2023-04-28 - 主分类号： G16B15/20 文献下载
摘要：本申请实施例提供了一种蛋白质结构预测方法、装置、设备及存储介质。该方法包括：对于待预测的蛋白质，在基于该蛋白质的氨基酸序列获取到多个多序列比对结果之后，利用蛋白质结构预测模型，得到与该多个多序列比对结果一一对应的多个结构信息，从中挑选出符合目标条件的结构信息。其中，多序列比对结果指示该氨基酸序列的多个同源氨基酸序列，由于同源的两个氨基酸序列对应的蛋白质的空间结构往往是接近的，因此根据多序列比对结果能够较为准确地预测出该蛋白质的空间结构。另外，上述方法利用了蛋白质结构预测模型的泛化能力，将蛋白质对应的多个多序列比对结果都参与到蛋白质结构的预测过程中，从而有效提高了蛋白质结构预测的准确率和效率。
蛋白质结构预测方法装置设备存储介质

[发明专利]具有改变的表面残基的经设计的锚蛋白重复结构域-CN202080093076.7在审
发明人： K·宾兹;J·席林;P·福勒 -专利权人：分子合作伙伴股份公司
申请日： 2020-12-11 - 公布日： 2022-09-02 - 主分类号： C07K14/47 文献下载
摘要：本发明涉及了具有改变的表面残基的经设计的锚蛋白重复结构域，以及包含此类经设计的锚蛋白重复结构域的蛋白质、编码此类结构域或蛋白质的核酸、制备此类蛋白质的方法、包含此类蛋白质或核酸的药物组合物，以及此类蛋白质
具有改变表面残基设计蛋白重复结构

[发明专利]蛋白质索引的生成方法、蛋白质片段的查询方法及装置-CN202211352378.9在审
发明人：赵康菲;蒋彪彬 -专利权人：腾讯科技（深圳）有限公司
申请日： 2022-10-31 - 公布日： 2023-10-27 - 主分类号： G16B50/00 文献下载
摘要：本申请公开了一种蛋白质索引的生成方法、蛋白质片段的查询方法及装置，属于计算机技术领域。本申请通过对每个蛋白质片段都提取拓扑结构特征，基于拓扑结构特征来将各个蛋白质片段进行粗粒度聚类，划分成多个蛋白质片段集合，再以蛋白质片段集合为单位，将集合内蛋白质片段分割形成多组子结构特征集合，对每组子结构特征集合中各个子结构特征进行细粒度聚类，划分成多个聚类子集，基于这些聚类子集的聚类中心来生成每个蛋白质片段的索引，通过使用低维空间的索引准确表征蛋白质片段，在搜索时无需线性扫描，降低了计算开销，提升了查询效率，能够快速响应高并发的在线查询任务
蛋白质索引生成方法片段查询装置

[发明专利]制备植物来源的蛋白质的方法-CN201710005957.9在审
发明人：路易斯-菲利普·韦齐纳;马农·科图雷;达尼·帕克特;米凯莱·达吉斯;马克-安德烈·德奥斯特 -专利权人：麦迪卡格公司
申请日： 2010-09-21 - 公布日： 2017-08-25 - 主分类号： C07K14/415 文献下载
摘要：本发明涉及制备植物来源的蛋白质的方法。提供了制备植物来源之蛋白质或超结构蛋白的方法。该方法可包括获取包含定位于质外体之蛋白质或超结构蛋白的植物或植物物质，从所述植物或植物物质产生原生质体/原生质球级分和质外体级分，以及回收质外体级分。质外体级分包含植物来源的蛋白质或超结构蛋白。或者，可以通过用细胞壁降解酶组合物消化植物物质来产生消化级分，从而从包含植物来源之蛋白质或超结构蛋白的植物或植物物质获得蛋白质或超结构蛋白。过滤消化级分以产生过滤级分，从过滤级分中回收植物来源的蛋白质或超结构蛋白。
制备植物来源蛋白质方法

[发明专利]一种蛋白质复合物结构预测方法、装置、设备及存储介质-CN202310085702.3在审
发明人：罗玉杰;李少川;李辉;宋乐 -专利权人：百图生科(北京)智能技术有限公司
申请日： 2023-01-19 - 公布日： 2023-05-02 - 主分类号： G16B15/00 文献下载
摘要：本申请提供了一种蛋白质复合物结构预测方法、装置、设备及存储介质，其中，将蛋白质复合物中的多个蛋白质链的氨基酸序列输入至训练好的位置预测模型中，得到每个所述蛋白质链的第一代表原子的预测原子位置；根据多个所述蛋白质链对应的预测原子位置和预测距离图谱确定出多个所述蛋白质链之间的最优平移旋转关系，使得多个所述蛋白质链在所述最优平移旋转关系下的计算距离图谱与所述预测距离图谱的距离差异最小；根据所述最优平移旋转关系，得到所述蛋白质复合物的预测结构。采用上述方法，以减少在进行蛋白质复合物结构预测时的计算量，缩短在进行蛋白质复合物结构预测时所需耗费的时间。
一种蛋白质复合物结构预测方法装置设备存储介质

[发明专利]蛋白质互作方向与调控关系的预测方法-CN201811090240.X有效
发明人：张利达;曹应龙;时振英 -专利权人：武汉深佰生物科技有限公司
申请日： 2018-09-18 - 公布日： 2020-04-07 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本发明涉及一种蛋白质互作方向与调控关系的预测方法，其包括如下步骤：对互作蛋白质进行同源建模；将各互作蛋白质的同源空间结构与蛋白质复合体的各亚基进行比对叠加，选取稳定复合体结构，依据稳定复合体结构构建具空间结构分辨率的蛋白质互作模型，计算蛋白质互作界面内氨基酸残基的作用方向和频次，生成互作蛋白质氨基酸残基的定向接触图谱；用卷积神经网络提取定向接触图谱的目标特征，进行识别模型训练，获得训练模型，对蛋白质的互作方向和调控关系进行预测。该蛋白质互作方向与调控关系的预测方法是一种基于深度学习的预测方法，可实现蛋白质互作方向与调控关系的准确、高效预测。
蛋白质方向调控关系预测方法

[发明专利]一种基于接触图的蛋白质结构比对方法-CN201910240720.8有效
发明人：胡俊;饶亮;刘俊;周晓根;陈伟锋;张贵军 -专利权人：浙江工业大学
申请日： 2019-03-28 - 公布日： 2021-02-26 - 主分类号： G16B15/00 文献下载
摘要：一种基于接触图的蛋白质结构比对方法，首先根据输入的两个待比对蛋白质的三维结构信息，分别计算两个蛋白质的接触图信息；其次从任一蛋白质接触图中抽取对应蛋白质中的每个氨基酸的周边接触信息；然后根据氨基酸残基的周边接触信息，计算两个蛋白质的相似得分矩阵，得分矩阵中的任一元素都表示来自不同蛋白质的对应氨基酸之间的相似性；再次根据相似得分矩阵，使用动态规划算法获取两个待比对蛋白质的比对信息；最后，使用TM‑score工具计算两个待比对蛋白质之间的结构相似性得分本发明提供一种计算代价低、比对精度高的基于接触图的蛋白质结构比对方法。
一种基于接触蛋白质结构方法

[发明专利]振荡器、质量测量系统以及质量测量方法-CN200810097017.8有效
发明人：徐琅;刘承贤;杨裕雄;陈丰荣;王威;周忠诚 -专利权人：瑞鼎科技股份有限公司
申请日： 2008-05-08 - 公布日： 2009-11-11 - 主分类号： G01G9/00 文献下载
摘要：本发明披露了一种振荡器，其包含线状蛋白质结构体以及负载物。该线状蛋白质结构体的两端分别固定在基座上。该负载物附着于该线状蛋白质结构体上的附着位置，其中，该附着位置至该线状蛋白质结构体的两端的距离大体上相等。当线状蛋白质结构体振动时，其振动频率与该负载物的质量相关。因此，可通过该线状蛋白质结构体测量微小物体的质量。
振荡器质量测量系统以及测量方法

[发明专利]一种红外光谱测定低浓度蛋白质二级结构的方法-CN201110353783.8无效
发明人：吁亭;高铮亚;余绍宁 -专利权人：复旦大学
申请日： 2011-11-10 - 公布日： 2012-03-28 - 主分类号： G01N21/35 文献下载
摘要：本发明属于红外光谱分析技术领域，具体为一种红外光谱测定低浓度蛋白质二级结构的方法。本发明利用氢氧化铝胶体对蛋白质的吸附性，浓缩低浓度蛋白质，形成氢氧化铝-蛋白质复合物，用于红外光谱检测。该发明使得红外光谱在测定蛋白质二级结构时，对蛋白质浓度的要求降低至0.5mg/ml，和传统红外光谱测定蛋白质二级结构方法相比对蛋白质浓度的要求至少下降了24倍。本发明方法操作简单、测试效率高。
一种红外光谱测定浓度蛋白质二级结构方法

[发明专利]生产肽的方法-CN86107784.9无效
发明人：前田进;古泽满;丸本恭正;堀内正;佐藤嘉生;佐伯欣之 -专利权人：第一制药株式会社
申请日： 1986-11-14 - 公布日： 1996-09-11 - 主分类号： C12N15/86 文献下载
摘要：提供一种重组体病毒，即在家蚕核多角体病毒DNA的多角体蛋白质一编码结构基因区段中，具期望的蛋白质的结构基因的重组体家蚕核多角体病毒，所述基因与全部或部分多角体蛋白质-编码结构基因连接，其间插入或不插入接头碱基序列在蚕体或蚕体的衍生细胞中繁殖上述病毒，生产一种由期望的蛋白质及全部或部分多角体蛋白质结合成的融合蛋白质，当其结合时，插入或不插入接头氨基酸或肽。所期望的蛋白质由在连接位点上分割或分解融合蛋白质而得到。
生产方法

[发明专利]基于金属有机骨架与蛋白质纳米笼的纳米复合材料及其制备方法和应用-CN202210271487.1在审
发明人：罗聃;梁世园;吕玉甲;刘燕;李舟 -专利权人：北京纳米能源与系统研究所
申请日： 2022-03-18 - 公布日： 2022-06-24 - 主分类号： A61K47/69 文献下载
摘要：本发明涉及金属有机骨架材料包封蛋白质技术领域，公开了一种基于金属有机骨架与蛋白质纳米笼的纳米复合材料及其制备方法和应用。该纳米复合材料包括蛋白质和包封所述蛋白质的金属有机骨架材料壳层；其中，所述金属有机骨架材料壳层的厚度为2‑50nm。本发明提供的纳米复合材料在蛋白质表面增加了具有刚性结构的多孔纳米壳层，由此提高了蛋白质的稳定性；同时本发明的金属有机骨架材料蛋白质纳米笼结构可以实现对蛋白质的缓慢释放，从而延长蛋白质的作用时间。
基于金属有机骨架蛋白质纳米复合材料及其制备方法应用