本发明公开了一种4-二磷酸胞苷-2-C-甲基赤藓糖激酶(PLIspE)基因及其编码蛋白与用途,该基因为首次利用构建cDNA文库从芍药中克隆而得,填补了从我国传统中药材芍药中分离克隆出4-二磷酸胞苷-2-本发明所提供的4-二磷酸胞苷-2-C-甲基赤藓糖激酶(PLIspE)基因具有SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列或者添加、取代、插入或缺失一个或多个核苷酸的同源序列或其等位基因及其衍生的核苷酸序列。本发明提供的4-二磷酸胞苷-2-C-甲基赤藓糖激酶(PLIspE)基因可以通过生物技术提高芍药中4-二磷酸胞苷-2-C-甲基赤藓糖代谢产物的含量,在药材芍药的品质改良、活性成分合成生物学等方面,具有很好的应用前景