本发明涉及分子标记技术领域,具体涉及鉴别布鲁氏菌疫苗株S2和野毒株的SNP分子标记及其应用。本发明提供用于鉴别布鲁氏菌疫苗株S2和野毒株的SNP分子标记,其包含位于如SEQ ID NO.1所示序列第749位多态性为G/T的核苷酸序列,该SNP分子标记的多态性位点为G,对应于布鲁氏菌疫苗株S2,多态性位点为T,对应于野毒株。本发明的SNP分子标记及其检测引物和探针可实现布鲁氏菌疫苗株S2和野毒株的简便和高效鉴别,准确性较高,可应用于布鲁氏菌病病原监测和流行病学分析,为布鲁氏菌病防控提供高效的技术支撑。