本申请涉及一种选择性降解粘蛋白的丝氨酸蛋白酶及其应用。所述丝氨酸蛋白酶为丝氨酸蛋白酶EatA,其蛋白质包括具有丝氨酸蛋白酶EatA活性的乘客域,所述乘客域的氨基酸序列为与SEQ ID NO.2具有至少90%的同一性的氨基酸序列;优选为SEQ ID NO.2所述丝氨酸蛋白酶EatA能够选择性降解疾病相关粘液中的粘蛋白,且具有较高且持久的稳定性,因此所述丝氨酸蛋白酶和包括所述丝氨酸蛋白酶的药物组合物能够作为药物或药物有效成分,用于治疗分泌粘蛋白的癌症如腹膜假粘液瘤(PMP)和涉及粘蛋白的其他疾病中。