本发明公开了一种SARS冠状病毒膜蛋白及其编码基因与应用,目的是提供一种SARS冠状病毒膜蛋白SCM及其编码基因scm。本发明所提供的SARS冠状病毒膜蛋白SCM是序列表中SEQ ID №:1的氨基酸残基序列或将SEQ ID№:1的氨基酸残基序列经过一个或几个氨基酸残基的取代、缺失或添加且具有与SEQ ID №:1相同活性的由SEQ ID №:1衍生的蛋白质。本发明的SARS冠状病毒膜蛋白SCM及其编码基因可作为抗原、疫苗、药物靶标、或药物修饰对象,可用于制备治疗非典型肺炎药物,具有重要的实际意义。