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[发明专利]一种单分子染色质微结构的展示方法-CN202210403899.6在审
发明人：田忠原;郑梅珍 -专利权人：南方科技大学
申请日： 2022-04-18 - 公布日： 2022-07-22 - 主分类号： G16B15/00 文献下载
摘要：本申请适用于生物信息学领域，提供了一种单分子染色质微结构的展示方法，所述方法包括：获取目标染色体区域信息，以及获取目标单分子染色质复合物信息；从目标单分子染色质复合物信息中获取目标染色体区域信息对应的目标单分子染色质信息；对目标单分子染色质信息进行聚类分析处理，得到聚类矩阵信息；根据聚类矩阵信息，得到目标染色体区域信息的染色质微结构对应的展示图像，并对所述展示图像进行展示。上述方法，对单分子染色质复合物数据进行聚类从而展示染色质的微结构，可以直观实时浏览多重染色质复合物的染色质微结构，可以对多重染色质复合物的功能和特征进行深入且直观的探索和解析。
一种分子染色质微结构展示方法

[发明专利]一种基于染色质随机折叠过程预测染色质域结构TAD的方法-CN202210736148.6在审
发明人：孟露明;罗琼;刘柏平 -专利权人：华南农业大学
申请日： 2022-06-27 - 公布日： 2022-09-13 - 主分类号： G16B15/10 文献下载
摘要：本发明公开一种基于染色质随机折叠过程预测染色质域结构TAD的方法，包括如下步骤：（1）为待研究的染色质区间构建携带染色质可及性信息的染色质高分子链模型集合；（2）模拟携带染色质可及性信息的染色质高分子链模型在微小球形空间中的随机折叠过程，计算得到染色质3D结构的集合；（3）基于层级优化法得到高精度的待研究的染色质区间的3D结构集合；（4）基于步骤（3）得到的染色质3D结构集合，构建平均接触矩阵以显示TAD结构。本发明采用层级优化法对携带染色质可及性信息的高分子链模型的随机折叠过程进行分子动力学模拟，在10kb精度下预测了哺乳动物全基因组3D结构中40%以上的TAD结构。
一种基于染色质随机折叠过程预测结构 tad 方法

[发明专利]用于染色质作图测定的DNA条形码化核小体-CN201980092668.4在审
发明人： M·W·考尔斯;Z-W·孙;M-C·基奥;R·J·文特雷斯;E·N·温扎普菲 -专利权人：爱披萨佛公司
申请日： 2019-12-20 - 公布日： 2021-10-15 - 主分类号： C12Q1/6874 文献下载
摘要：本发明涉及DNA条形码化重组核小体和多聚核小体，已将其工程化以用于染色质可及性测定、染色质作图(chromatin mapping)测定例如，使用拴系酶以及其他染色质测定的掺入对照。本发明还涉及在染色质可及性测定、染色质作图测定以及其他染色质测定中使用工程化的DNA条形码化重组核小体的方法。
用于染色质作图测定 dna 条形码小体

[发明专利]高效靶向原位全基因组剖析-CN201880074976.X在审
发明人： S·海尼科夫;H·S·卡娅奥库;T·D·布莱森;P·J·斯基恩 -专利权人：弗雷德哈钦森癌症研究中心
申请日： 2018-09-25 - 公布日： 2020-09-29 - 主分类号： C12N15/10 文献下载
摘要：用于检测细胞中目标染色质相关因子与染色质DNA序列的结合的方法，其包括：使透化的细胞或细胞核与特异性识别所述目标染色质相关因子的特异性结合剂接触，其中将所述特异性结合剂与无活性的核酸酶或可激活的转座体连接；激活核酸酶或转座酶，从而切取与所述目标染色质相关因子结合的染色质DNA序列；分离切取的DNA以及确定切取的DNA的序列，从而检测目标染色质相关因子与细胞中染色质DNA序列的结合。
高效靶向原位基因组剖析

[发明专利]研究核酸的方法-CN201680058837.9有效
发明人： C·博克;C·施米德尔 -专利权人：分子医学研究中心责任有限公司
申请日： 2016-08-11 - 公布日： 2022-10-11 - 主分类号： C12Q1/6806 文献下载
摘要：特别地，本发明涉及用于制备测序文库的方法，所述方法包括将结合染色质的活性剂添加至包含核酸的样品中；分离由所述活性剂结合的染色质；向分离的染色质中添加转座酶；从染色质中分离核酸；并获得测序文库。此外，本发明涉及用于绘制涉及核酸的分子相互作用的方法，所述方法包括将结合染色质的活性剂添加至包含核酸的样品中；分离由所述活性剂结合的染色质；向分离的染色质中添加转座酶；从染色质中分离核酸；扩增核酸；为扩增核酸的测序
研究核酸方法

[发明专利]精子染色质结构检测试剂盒及其应用-CN201810840053.2有效
发明人：倪万茂;迟妍妍;倪声雷;陈乐芝;倪万根;张鸿;张鸿君;林鹏程 -专利权人：浙江博真生物科技有限公司
申请日： 2018-07-27 - 公布日： 2020-01-17 - 主分类号： G01N21/64 文献下载
摘要：本发明是关于一种精子染色质结构检测试剂盒及其应用，精子染色质结构检测试剂盒包括：A试剂和B试剂；所述的A试剂包括：HCl、吐温‑20和磷酸盐缓冲液；所述的B试剂包括：吖啶橙和水。本发明的精子染色质结构检测试剂盒用于人体精子染色质DNA的染色，判断染色质DNA碎裂水平和计算发生DNA碎裂的精子比例，同时还可通过染色质与蛋白结合的程度分析未成熟精子的比例。
精子染色质结构检测试剂盒染色质DNA 碎裂精子磷酸盐缓冲液程度分析蛋白结合人体精子染色质未成熟吖啶橙染色吐温应用

[发明专利]一种基于注意力机制和深度学习的染色质相互作用检测方法及系统-CN202210926103.5在审
发明人：吴昊;张鹏宇 -专利权人：山东大学
申请日： 2022-08-03 - 公布日： 2022-11-25 - 主分类号： G16B5/00 文献下载
摘要：本发明涉及一种基于注意力机制和深度学习的染色质相互作用检测方法及系统，包括：构建染色质相互作用检测模型；训练染色质相互作用检测模型；将待检测的DNA序列输入训练好的染色质相互作用检测模型，进行染色质相互作用检测本发明可以使用DNA序列数据和功能基因组数据通过计算方法实现染色质相互作用的预测而无需费时费力且成本高昂的生物实验。此外，本发明预测方法在预测不同细胞系的染色质相互作用的方面具有非常强的泛化能力，可以仅构建一个模型实现对多种细胞系的染色质相互作用的预测而无需针对不同细胞系的染色质相互作用构建多个预测模型，极大地节约了时间成本并提高了实用性
一种基于注意力机制深度学习染色质相互作用检测方法系统

[发明专利]一种用于检测抗染色质抗体的ELISA试剂盒及其检测方法-CN202310049931.X在审
发明人：王楷文;赵江峰;曹励欧;叶霜 -专利权人：上海交通大学医学院附属仁济医院
申请日： 2023-02-01 - 公布日： 2023-09-15 - 主分类号： G01N33/531 文献下载
摘要：本发明公开了一种用于检测抗染色质抗体的ELISA试剂盒。所述试剂盒内含有纯化后的天然结构的剥离H1组蛋白成分的染色质单体。本发明还公开了一种用于检测抗染色质抗体的ELISA试剂盒的检测方法。本发明的有益效果在于：在真核生物细胞核中，染色质结构复杂，是由40％的DNA、40％的组蛋白、20％非组蛋白、少量RNA和其他大分子构成的天然复合物，纯化技术要求高，购买成品化的天然纯化染色质单体价格更是昂贵本申请针对天然染色质的结构，纯化出剥离H1组蛋白成分的染色质单体，既保留了其有效的抗原成分，也大大的缩减了成本。本发明的试剂盒，能用于抗染色质抗体检测，弥补了国内抗染色质抗体检测方法的空白，具有检测通量大、结果确切、灵敏度高、操作简便的特点。
一种用于检测染色质抗体 elisa 试剂盒及其方法

[发明专利]一种基于染色质调控环路检测复杂疾病上位性的方法及系统-CN201810119400.2有效
发明人：杨铁林;姚石;陈一霄;牛慧敏;董珊珊;郭燕 -专利权人：西安交通大学
申请日： 2018-02-06 - 公布日： 2020-07-28 - 主分类号： G16B20/20 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于染色质调控环路检测复杂疾病上位性的方法及系统：收集并整理与复杂疾病相关细胞系的染色质远程交互作用数据和染色质分割状态数据；利用上述数据建立染色质调控环路；计算调控环路内能影响复杂疾病表型的本发明利用染色质远程交互作用等数据建立基于基因相互作用的染色质调控环路，并依据染色质调控环路计算上位性，与现有技术相比，本发明不仅能够大幅度降低计算量，还能减少假阴性结果，从而快速、准确地探索与复杂疾病相关的
一种基于染色质调控环路检测复杂疾病上位方法系统

[发明专利]一种提取动物细胞核内染色质及其相关蛋白的方法-CN201710456824.3在审
发明人：马勇杰;谷峰;付丽;张慧鲲;余峰 -专利权人：天津市肿瘤医院
申请日： 2017-06-16 - 公布日： 2017-10-10 - 主分类号： C12N15/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种提取动物细胞核内染色质及其相关蛋白的方法，包括以下步骤a.收集细胞；b.细胞匀浆裂解；c.细胞核的制备；d.细胞染色质及其相关蛋白的分离；e.染色质相关蛋白的检测。使用本发明所述方法能够获得纯度较高的染色质及其相关蛋白，不含有胞浆和胞膜成分。本方法解决了目前从组织或细胞全裂解液中分离提取染色质及其相关蛋白比较困难的问题，为染色质及其相关蛋白的功能研究提供了实验基础，具有广阔的应用前景。
一种提取动物细胞核染色质及其相关蛋白方法

[发明专利]一种基于深度学习的染色质环预测方法及系统-CN202210454801.X在审
发明人：吴昊;张鹏宇 -专利权人：山东大学
申请日： 2022-04-24 - 公布日： 2022-08-02 - 主分类号： G16B40/00 文献下载
摘要：本发明属于染色质环预测技术领域，提供了一种基于深度学习的染色质环预测方法及系统，包括提取不同类型的染色质环的DNA序列的第一特征值；基于所述第一特征值进行特征融合，得到第二特征值；基于所述第二特征值，利用训练好的深度学习预测模型，得到染色质环的预测结果；本发明提出的预测方法在预测不同细胞系和不同类型的染色质环的方面具有非常强的泛化能力，因此可以仅构建一个模型实现对多种细胞系和多种类型染色质环的预测而无需针对不同细胞系和不同类型的染色质环构建多个预测模型
一种基于深度学习染色质预测方法系统

[发明专利]一种高通量组织样本染色质免疫共沉淀合并染色质构象捕获方法-CN202310080336.2在审
发明人：郭海洋;韦钊 -专利权人：山东大学
申请日： 2023-02-08 - 公布日： 2023-05-30 - 主分类号： C12Q1/6806 文献下载
摘要：本发明公开了一种高通量组织样本染色质免疫共沉淀合并染色质构象捕获方法，该方法能够在复杂临床组织样本中有效富集染色质构象捕获合并染色质免疫共沉淀步骤后的DNA，提取的DNA足以用于后续文库构建。本发明自主提出采用液氮速冻研磨预处理、组合酶法消化、交联过程中物理破碎等系列处理流程，过程中加入维持细胞活力的小分子药物，从而既能充分解离细胞、去除组织间质，同时最大限度为后续步骤保留组织中活细胞；首创用于“染色质免疫共沉淀合并染色质构象捕获实验本发明不但适用于复杂组织样本，稍加改造后也适用于在体外培养的细胞系中绘制特定蛋白介导的染色质三维互作图谱，并且相比现有类似技术效率提升较大。
一种通量组织样本染色质免疫共沉淀合并构象捕获方法

[发明专利]一种基于扩散模型的长尾染色质状态预测方法-CN202310991350.8在审
发明人：张永清;刘宇航;牛颢;龙树全;丁春利;杨显华;邹权;龚美琴;朱桂全;王紫轩;袁豪;吕嘉珩 -专利权人：成都信息工程大学;四川省计算机研究院
申请日： 2023-08-07 - 公布日： 2023-10-13 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于扩散模型的长尾染色质状态预测方法，包括S1、获取原始DNA序列，并对原始DNA序列进行处理得到DNA编码数据；S2、基于所述DNA编码数据构建DNA序列扩散模型；S3、结合UNet的噪声预测器，进行有条件的DNA序列扩散模型的逆向过程，得到具有不同染色质状态类别的平衡数据集；S4、基于所述平衡数据集，采用反向传播算法构建染色质状态预测模型。本发明利用基于DNA序列扩散模型从噪音中生成尾部类别染色质状态的DNA序列，从而实现样本平衡；然后，利用类别样本平衡的数据集训练染色质状态预测模型，染色质状态预测模型能够有效捕捉基于基因的语法规则，从而精确预测染色质状态
一种基于扩散模型长尾染色质状态预测方法

[发明专利]能够影响染色质或染色体去浓缩的多肽及其制备方法-CN95192058.8无效
发明人： M·赫尔滕;S·巴纳杰 -专利权人：西梅格有限公司
申请日： 1995-02-10 - 公布日： 2003-04-02 - 主分类号： C07K14/47 文献下载
摘要：本发明涉及通过分别将物质加入到浓缩的或去浓缩的染色质/染色体中而使染色质或染色体去浓缩和/或浓缩的方法。具体地说，本发明涉及在细胞循环的分裂间期去浓缩并随后可选择地再浓缩细胞中染色质的方法，以及在破碎精子后浓缩染色质/染色体的方法。本发明还涉及用于去浓缩和/或浓缩染色质/染色体的物质以及含有所述物质的试剂盒，和在染色质/染色体分析，生殖，特别是生育力评价，不育症诊断和治疗，临床或自然辅助受孕以及避孕中利用这些物质的方法。
能够影响染色质染色体浓缩多肽及其制备方法

[发明专利]使用长读长测序的染色质作图测定和试剂盒-CN202080026472.8在审
发明人： Z-W·孙;M·W·考尔斯;M-C·基奥;E·N·温扎普菲 -专利权人：爱披萨佛公司
申请日： 2020-02-11 - 公布日： 2021-11-16 - 主分类号： C12Q1/6806 文献下载
摘要：本发明涉及用于进行染色质作图测定的方法，该方法使用酶将条形码DNA整合在靶向基因组区域，然后进行长读段测序(例如，第三代测序(TGS))。该方法能够使用TGS对染色质靶标作图，且可用于各种各样的元件或特征，包括组蛋白翻译后修饰、染色质相关蛋白、核小体定位和染色质可及性。本发明还涉及用于在包括一个或更多个细胞的染色质样品上进行所述方法的试剂盒和试剂。
使用长读长测序染色质作图测定试剂盒

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