本发明公开了水稻抽穗期主效QTL的分子标记及其应用。所述分子标记是H70和301K，其中，H70引物对由SEQ ID No.1和SEQ ID No.2所述序列组成；301K引物对由SEQ ID No.3和SEQ ID No.4所示序列组成；这两个分子标记与抽穗期QTL紧密连锁，可用于鉴定和选育水稻抽穗期品种。本发明还公开了利用上述分子标记鉴定、选育水稻抽穗期的方法。本发明首次精细定位了位于第5染色体短臂上的控制抽穗期的主效QTL，并获得了紧密连锁的InDel标记H70和301K。只需检测这些标记的扩增条带特性，可以判断鉴定抽穗期主效QTL的变异存在与否，来预测水稻的抽穗期表型，用于指导水稻抽穗期改良的育种工作。
本发明公开了一种与水稻抽穗期相关的基因SUS1及其应用，该基因的编码区核苷酸序列如SEQ ID NO:3所示。本发明的基因影响水稻抽穗期。利用基因编辑技术编辑基因SUS1，编辑家系可显著延长水稻抽穗期。SUS1基因今后可以作为一个影响水稻抽穗期的基因应用于水稻育种工作中，具有巨大的开发价值和应用前景。
