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[发明专利]病毒或其他微生物序列的检测方法、装置、设备及介质-CN202310295886.6在审
发明人：陈实富;许明炎;廖雯婷 -专利权人：深圳市海普洛斯生物科技有限公司
申请日： 2023-03-15 - 公布日： 2023-07-11 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明涉及数据处理技术领域，公开了一种病毒或其他微生物序列的检测方法、装置、设备及介质，所述方法包括：对待测样本的原始测序数据进行预处理；对数据质控结果中经过过滤后的每条读长计算其连续k‑mer序列，并将当前计算的连续k‑mer序列作为每条读长唯一的键；根据输入的目标病毒的基因组序列生成的k‑mer键，或者输入的微生物集的k‑mer键集，将经过过滤后的每条读长的键与输入的目标病毒k‑mer键或k‑mer键集进行比对，以确定是否检测出病毒，并区分病毒亚型；通过测序序列比对到基因组的情况来统计基因组的覆盖程度；通过上述方式，能够快速、精确地检测出病毒或其他微生物并得到基因组的覆盖统计结果。
病毒其他微生物序列检测方法装置设备介质

[发明专利]一种微生物宏基因组分箱方法及系统-CN202110693173.6有效
发明人：刘健;田妹;陈娇 -专利权人：南开大学
申请日： 2021-06-22 - 公布日： 2022-07-12 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本公开提供了一种微生物宏基因组分箱方法及系统，包括：获取待分箱的微生物宏基因组序列；对所述宏基因组序列中每条序列进行特征提取，将提取的特征输入VAE‑GAN神经网络中进行训练，通过训练将提取的特征编码到VAE隐含向量中；基于所述VAE隐含向量中的均值变量，对所述宏基因组序列进行聚类，实现宏基因组的分箱；相对于现有方法，本公开所述方案采用了多种特征融合的方式，对宏基因组的序列特征进行深度挖掘，实现了对宏基因组序列的精确描述
一种微生物宏基组分方法系统

[发明专利]生产β-烟酰胺单核苷酸的重组微生物及其生产NMN的方法-CN202010498755.4有效
发明人：万丽花;江君君;田锋;陆红霞;胡志浩 -专利权人：苏州华赛生物工程技术有限公司
申请日： 2020-06-04 - 公布日： 2023-09-05 - 主分类号： C12N1/21 文献下载
摘要：本发明提供了一种生产β‑烟酰胺单核苷酸（NMN）的重组微生物，以及利用该重组微生物生产NMN的方法，所述重组微生物菌种含有一个或几个下列特征或全部特征，这些特征是：（1）在发酵培养基中添加烟酰胺经由重组微生物转化生成（3）重组微生物基因组上编码碱性磷酸酶、核苷酸酶的基因缺失或者失活或者酶活降低。
生产烟酰胺单核苷酸重组微生物及其 nmn 方法

[发明专利]一种玉米微生物耐药性基因的检测方法-CN201610061033.6有效
发明人：李丽丽;胡长峰;彭海 -专利权人：江汉大学
申请日： 2016-01-29 - 公布日： 2020-01-31 - 主分类号： C12Q1/6869 文献下载
摘要：本发明公开了一种玉米微生物耐药性基因的检测方法。所述方法包括：确定耐药性基因、内源标准基因和外源标准基因；制备多重扩增引物；向待测样品中加入外源核酸，得到混合样品并提取基因组；向基因组中加入外源标准基因，获得混合核酸；扩增混合核酸，利用扩增产物构建高通量测序文库并进行高通量测序，得到测序片段组；分析所述测序片段组，并根据获得的外源标准基因和内源标准基因的测序片段的数量，判断实验是否成功；若实验成功，则计算耐药性基因的含量；根据耐药性基因的含量判定待测样品是否含有耐药性基因。所述方法可以一次性定量检测任意微生物中的任意多种希望检测的耐药性基因，且检测不需要培养与纯化微生物，速度快，结果准确可靠。
一种玉米微生物耐药性基因检测方法

[发明专利]一种土壤微生物耐药性基因的检测方法-CN201610060820.9有效
发明人：李甜甜;章伟雄;彭海 -专利权人：江汉大学
申请日： 2016-01-29 - 公布日： 2020-01-31 - 主分类号： C12Q1/6869 文献下载
摘要：本发明公开了一种土壤微生物耐药性基因的检测方法。所述方法包括：确定耐药性基因、内源标准基因和外源标准基因；制备多重扩增引物；向待测样品中加入外源核酸，得到混合样品并提取基因组；向基因组中加入外源标准基因，获得混合核酸；扩增混合核酸，利用扩增产物构建高通量测序文库并进行高通量测序，得到测序片段组；分析所述测序片段组，并根据获得的外源标准基因和内源标准基因的测序片段的数量，判断实验是否成功；若实验成功，则计算耐药性基因的含量；根据耐药性基因的含量判定待测样品是否含有耐药性基因。所述方法可以一次性定量检测任意微生物中的任意多种希望检测的耐药性基因，且检测不需要培养与纯化微生物，速度快，结果准确可靠。
一种土壤微生物耐药性基因检测方法

[发明专利]一种非诊断目的的粪便微生物耐药性基因的检测方法-CN201610060946.6有效
发明人：方治伟;李甜甜;彭海 -专利权人：江汉大学
申请日： 2016-01-29 - 公布日： 2020-01-31 - 主分类号： C12Q1/6869 文献下载
摘要：本发明公开了一种非诊断目的的粪便微生物耐药性基因的检测方法。所述方法包括：确定耐药性基因、内源标准基因和外源标准基因；制备多重扩增引物；向待测样品中加入外源核酸，得到混合样品并提取基因组；向基因组中加入外源标准基因，获得混合核酸；扩增混合核酸，利用扩增产物构建高通量测序文库并进行高通量测序，得到测序片段组；分析所述测序片段组，并根据获得的外源标准基因和内源标准基因的测序片段的数量，判断实验是否成功；若实验成功，则计算耐药性基因的含量；根据耐药性基因的含量判定待测样品是否含有耐药性基因。所述方法可以一次性定量检测任意微生物中的任意多种希望检测的耐药性基因，且检测不需要培养与纯化微生物，速度快，结果准确可靠。
一种粪便微生物耐药性基因检测方法

[发明专利]一种非疾病的诊断和治疗目的的微生物耐药性基因的检测方法-CN201610061081.5有效
发明人：彭海 -专利权人：江汉大学
申请日： 2016-01-29 - 公布日： 2019-11-15 - 主分类号： C12Q1/6869 文献下载
摘要：本发明公开了一种非疾病的诊断和治疗目的的微生物耐药性基因的检测方法。所述方法包括：确定耐药性基因、内源标准基因和外源标准基因；制备多重扩增引物；向待测样品中加入外源核酸，得到混合样品并提取基因组；向基因组中加入外源标准基因，获得混合核酸；扩增混合核酸，利用扩增产物构建高通量测序文库并进行高通量测序，得到测序片段组；分析所述测序片段组，并根据获得的外源标准基因和内源标准基因的测序片段的数量，判断实验是否成功；若实验成功，则计算耐药性基因的含量；根据耐药性基因的含量判定待测样品是否含有耐药性基因。所述方法可以一次性定量检测任意微生物中的任意多种希望检测的耐药性基因，且检测不需要培养与纯化微生物，速度快，结果准确可靠。
一种微生物耐药性基因检测方法

[发明专利]一种水稻微生物耐药性基因的检测方法-CN201610060910.8有效
发明人：周俊飞;陈利红;彭海 -专利权人：江汉大学
申请日： 2016-01-29 - 公布日： 2020-03-17 - 主分类号： C12Q1/6869 文献下载
摘要：本发明公开了一种水稻微生物耐药性基因的检测方法。所述方法包括：确定耐药性基因、内源标准基因和外源标准基因；制备多重扩增引物；向待测样品中加入外源核酸，得到混合样品并提取基因组；向基因组中加入外源标准基因，获得混合核酸；扩增混合核酸，利用扩增产物构建高通量测序文库并进行高通量测序，得到测序片段组；分析所述测序片段组，并根据获得的外源标准基因和内源标准基因的测序片段的数量，判断实验是否成功；若实验成功，则计算耐药性基因的含量；根据耐药性基因的含量判定待测样品是否含有耐药性基因。所述方法可以一次性定量检测任意微生物中的任意多种希望检测的耐药性基因，且检测不需要培养与纯化微生物，速度快，结果准确可靠。
一种水稻微生物耐药性基因检测方法

[发明专利]一种植物微生物耐药性基因的检测方法-CN201610060794.X有效
发明人：张静;彭海;高利芬 -专利权人：江汉大学
申请日： 2016-01-29 - 公布日： 2020-03-10 - 主分类号： C12Q1/6895 文献下载
摘要：本发明公开了一种植物微生物耐药性基因的检测方法。所述方法包括：确定耐药性基因、内源标准基因和外源标准基因；制备多重扩增引物；向待测样品中加入外源核酸，得到混合样品并提取基因组；向基因组中加入外源标准基因，获得混合核酸；扩增混合核酸，利用扩增产物构建高通量测序文库并进行高通量测序，得到测序片段组；分析所述测序片段组，并根据获得的外源标准基因和内源标准基因的测序片段的数量，判断实验是否成功；若实验成功，则计算耐药性基因的含量；根据耐药性基因的含量判定待测样品是否含有耐药性基因。所述方法可以一次性定量检测任意微生物中的任意多种希望检测的耐药性基因，且检测不需要培养与纯化微生物，速度快，结果准确可靠。
一种植物微生物耐药性基因检测方法

[发明专利]一种非诊断目的的血液微生物耐药性基因的检测方法-CN201610061034.0有效
发明人：胡长峰;彭海 -专利权人：江汉大学
申请日： 2016-01-29 - 公布日： 2020-01-31 - 主分类号： C12Q1/6869 文献下载
摘要：本发明公开了一种非诊断目的的血液微生物耐药性基因的检测方法。所述方法包括：确定耐药性基因、内源标准基因和外源标准基因；制备多重扩增引物；向待测样品中加入外源核酸，得到混合样品并提取基因组；向基因组中加入外源标准基因，获得混合核酸；扩增混合核酸，利用扩增产物构建高通量测序文库并进行高通量测序，得到测序片段组；分析所述测序片段组，并根据获得的外源标准基因和内源标准基因的测序片段的数量，判断实验是否成功；若实验成功，则计算耐药性基因的含量；根据耐药性基因的含量判定待测样品是否含有耐药性基因。所述方法可以一次性定量检测任意微生物中的任意多种希望检测的耐药性基因，且检测不需要培养与纯化微生物，速度快，结果准确可靠。
一种血液微生物耐药性基因检测方法

[发明专利]一种非诊断目的的痰液微生物耐药性基因的检测方法-CN201610060833.6有效
发明人：李论;高利芬;彭海 -专利权人：江汉大学
申请日： 2016-01-29 - 公布日： 2020-01-31 - 主分类号： C12Q1/6869 文献下载
摘要：本发明公开了一种非诊断目的的痰液微生物耐药性基因的检测方法。所述方法包括：确定耐药性基因、内源标准基因和外源标准基因；制备多重扩增引物；向待测样品中加入外源核酸，得到混合样品并提取基因组；向基因组中加入外源标准基因，获得混合核酸；扩增混合核酸，利用扩增产物构建高通量测序文库并进行高通量测序，得到测序片段组；分析所述测序片段组，并根据获得的外源标准基因和内源标准基因的测序片段的数量，判断实验是否成功；若实验成功，则计算耐药性基因的含量；根据耐药性基因的含量判定待测样品是否含有耐药性基因。所述方法可以一次性定量检测任意微生物中的任意多种希望检测的耐药性基因，且检测不需要培养与纯化微生物，速度快，结果准确可靠。
一种微生物耐药性基因检测方法

[发明专利]一种非诊断目的的人体病原微生物耐药性基因的检测方法-CN201610060907.6有效
发明人：张静;张英;彭海;卢龙 -专利权人：江汉大学;辛辛那提儿童医院
申请日： 2016-01-29 - 公布日： 2020-01-31 - 主分类号： C12Q1/6869 文献下载
摘要：本发明公开了一种非诊断目的的人体病原微生物耐药性基因的检测方法。所述方法包括：确定耐药性基因、内源标准基因和外源标准基因；制备多重扩增引物；向待测样品中加入外源核酸，得到混合样品并提取基因组；向基因组中加入外源标准基因，获得混合核酸；扩增混合核酸，利用扩增产物构建高通量测序文库并进行高通量测序，得到测序片段组；分析所述测序片段组，并根据获得的外源标准基因和内源标准基因的测序片段的数量，判断实验是否成功；若实验成功，则计算耐药性基因的含量；根据耐药性基因的含量判定待测样品是否含有耐药性基因。所述方法可以一次性定量检测任意微生物中的任意多种希望检测的耐药性基因，且检测不需要培养与纯化微生物，速度快，结果准确。
一种人体病原微生物耐药性基因检测方法

[发明专利]一种近海环境微生物高纯度大片段基因组的制备方法-CN200810024342.1无效
发明人：储新民;朱峰;孙宝林 -专利权人：中国科学技术大学
申请日： 2008-05-21 - 公布日： 2008-12-03 - 主分类号： C12N15/10 文献下载
摘要：一种近海微生物高纯度大片段基因组的制备方法，将分离、收集的近海微生物菌体重悬于buffer1中并和等体积的1～2％琼脂糖溶液混合形成包埋块，buffer1是每升水中含0.15～0.25M NaCl、40～60mM EDTA、8～12mM Tris，pH7.5～8.5；琼脂糖是凝固点为36～40℃的分子生物学级琼脂糖；包埋块经裂解、消化和洗涤后进行电洗脱纯化和膜浓缩。得到高浓度、高纯度的大片段基因组DNA，满足了构建宏基因组文库的需要。本发明采用电洗脱纯化基因组的方案，解决腐殖质类物质与DNA共结合的难题，从而获得结构完整的大片段基因组DNA，也避免了腐殖质类物质在后续构建基因文库时的干扰。
一种近海环境微生物纯度片段基因组制备方法

[发明专利]肠道微生物测序数据处理方法、装置、存储介质及处理器-CN201910038192.8在审
发明人：张东亚;夏慧华;张陈陈;刘洋荧;薛文斌 -专利权人：深圳碳云智能数字生命健康管理有限公司;深圳数字生命研究院
申请日： 2019-01-15 - 公布日： 2020-05-15 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本申请公开了一种肠道微生物测序数据的处理方法、装置、处理器及存储器。该方法包括：获取目标对象的肠道微生物菌群的测序数据；根据标准基因数据库对测序数据进行注释，得到注释结果；根据注释结果，对目标对象的肠道微生物菌群进行评估，获得目标对象的肠道微生物的功能信息。通过本申请实现了采用宏基因组基因分析方法对个体肠道微生物进行相对全面、多元的分析，相比现有方法更能满足个性化分析的需求。
肠道微生物序数处理方法装置存储介质处理器

[发明专利]利用微生物群体感应在大肠杆菌中合成2’-FL的方法及应用-CN202010946953.2在审
发明人：刘振云;程丰伟;郭涛;王旭;倪磊 -专利权人：苏州一兮生物科技有限公司
申请日： 2020-09-10 - 公布日： 2020-12-01 - 主分类号： C12P19/18 文献下载
摘要：本发明提供了一种微生物群体感应的应用，通过基因组整合的方式将微生物群体感应用于进行自诱导合成2’‑岩藻糖基乳糖(2’‑FL)。本发明还提供了利用微生物群体感应大肠杆菌中进行2’‑FL合成途径中相关蛋白自诱导表达，并合成2’‑FL的方法。该合成2’‑FL的方法中利用费氏弧菌群体感应相应的启动子和结构基因构建了一个自诱导的基因通路，luxpL‑RBS‑luxI‑TT‑luxpL‑RBS‑luxR‑TT‑lux pR‑RBS‑X–TT，所述X为待表达的基因的CDS序列。本发明提供的方法将微生物的群体感应的方式整合到大肠杆菌的基因组中，表达2’‑FL合成途径中相关的基因，使得大肠杆菌获得一种正反馈机制，当密度达到一定的阈值即可自启动2’‑FL的体内合成。
利用微生物群体感应大肠杆菌合成 fl 方法应用

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