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[发明专利]一种组织微生物基因组去宿主化提取方法-CN202210072159.9在审
发明人：罗永挺;赵文婷;张旭;周帅帅 -专利权人：中国农业大学
申请日： 2022-01-21 - 公布日： 2022-06-14 - 主分类号： C12N15/10 文献下载
摘要：本发明涉及一种组织微生物基因组去宿主化提取方法，具体涉及针对人正常胃壁组织、胃癌组织和动脉硬化斑块的微生物基因组去宿主化提取方法。在宏基因组测序中，宿主基因组对微生物基因组存在干扰。通过提高测序样本的微生物基因组丰度，有助于进一步研究组织中微生物与健康的关系。本发明提供了一种新的去除宿主基因组的微生物基因组提取方法，使能对组织中的微生物样品进行宏基因组测序。去除微生物样品中的宿主污染，有助于提高测序基因组质量，满足宏基因组测序要求。
一种组织微生物基因组宿主提取方法

[发明专利]对植物内生微生物组的宏基因组进行原位改造的方法-CN202210701513.X在审
发明人：理永霞;李东振;刘振凯;张星耀 -专利权人：中国林业科学研究院森林生态环境与自然保护研究所
申请日： 2022-06-21 - 公布日： 2022-08-09 - 主分类号： C12N1/21 文献下载
摘要：本发明适用于微生物技术领域，提供了对植物内生微生物组的宏基因组进行原位改造的方法，通过构建植物内生微生物原位宏基因组改造的工程质粒；构建植物内生微生物原位宏基因组改造的供体菌；在植物体外对内生微生物进行宏基因组改造及受体菌分离培养；在植物体内对内生微生物组进行原位宏基因组改造，为操纵植物微生物宏基因组研究提供了有效路径。
植物微生物宏基进行原位改造方法

[发明专利]用于构建微生物基因组数据库的方法、设备和介质-CN202210977185.6在审
发明人：王晶;房柯池 -专利权人：中国科学院心理研究所
申请日： 2022-08-15 - 公布日： 2022-11-25 - 主分类号： G16B50/30 文献下载
摘要：本公开的实施例涉及用于构建微生物基因组数据库的方法、设备和介质。根据该方法，获取来自多个公共数据库的关于具有文献支持的微生物物种的基因组数据；基于微生物类别对所获取的基因组数据进行初步筛选；基于每一基因组的组装水平，将经初步筛选的基因组数据分组成第一基因组数据分组和多个第二基因组数据分组；从多个第二基因组数据分组中的至少一个中标识出病原微生物物种的基因组数据，以便确定经最终筛选的基因组数据；以及对经最终筛选的基因组数据进行去冗余处理，以便得到用于构建微生物基因组数据库的基因组数据。由此，使得所构建的微生物基因组数据库能够同时具有较高的比对率和比对效率。
用于构建微生物基因组数据库方法设备介质

[发明专利]微生物单细胞全基因组扩增及测序文库构建方法-CN202210572804.3在审
发明人：刘一凡;李婕;张蓉 -专利权人：上海科技大学
申请日： 2022-05-13 - 公布日： 2022-07-22 - 主分类号： C12Q1/6806 文献下载
摘要：本发明提供一种微生物单细胞全基因组的扩增方法，至少包括如下步骤：(1)将微生物单细胞捕获于单一微腔室中，获得多个独立包含微生物单细胞的微腔室：(2)在包含微生物单细胞基因组及扩增反应体系的微腔室中，进行微生物单细胞全基因组扩增，获得包含微生物单细胞全基因组扩增产物。本发明中的微生物单细胞全基因组扩增方法将通过大幅压缩反应体系体积、提高反应体系内底物的相对浓度、隔绝外界以及交叉污染，提高微生物单细胞全基因组扩增质量和提高基因组测序覆盖率。本发明中，测序文库构建方法可大幅提高测序效率和基因组的测序覆盖率。
微生物单细胞基因组扩增序文构建方法

[发明专利]一种原油微生物基因组DNA的提取方法-CN201910782148.8在审
发明人：王健伟;吴晓笃;吴晓中;池昌桥 -专利权人：北京润世能源技术有限公司
申请日： 2019-08-23 - 公布日： 2019-11-12 - 主分类号： C12N15/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种原油油相微生物基因组DNA的提取方法。本发明提供的原油油相微生物基因组DNA的提取方法，包括：1)将有机化合物与原油油相样品混合，得到混合物，有机化合物为异辛烷、正庚烷、甲苯或二硫化碳；2)分离混合物中的微生物，得到原油油相微生物；3)提取原油油相微生物基因组DNA，获得原油油相样品中微生物基因组DNA。利用本发明的原油油相微生物基因组DNA的提取方法所获得原油油相微生物基因组DNA均能满足测序的要求，DNA浓度>10ng/μl，OD260/280在1.80‑2.00之间，且所得基因组DNA均具有很好的完整性，可用于提取原油油相微生物基因组DNA。
微生物基因组DNA 原油有机化合物微生物得到混合物分离混合物基因组DNA 二硫化碳样品混合异辛烷正庚烷甲苯测序可用

[发明专利]基于磁珠法提取淤泥微生物基因组DNA的试剂盒-CN201510449610.4在审
发明人：王清水;余彦 -专利权人：福建师范大学
申请日： 2015-07-28 - 公布日： 2015-11-04 - 主分类号： C12N15/10 文献下载
摘要：本发明提供一种基于磁珠法提取淤泥微生物基因组DNA的试剂盒。所述的试剂盒经过淤泥微生物细胞的破碎、杂蛋白的抽除和磁珠法回收微生物基因组步骤，得到淤泥微生物基因组DNA，并于1%琼脂糖凝胶中电泳检测。该试剂盒主要是利用硅基磁珠特异性吸附基因组DNA的原理研发而成的，操作简便，大大缩短常规淤泥微生物基因组DNA提取流程，与常规的淤泥微生物基因组DNA提取方法相比更加方便、快捷，能够大规模的提取淤泥微生物基因组
基于磁珠法提取淤泥微生物基因组 dna 试剂盒

[发明专利]通过化学修饰胞嘧啶而简化微生物核酸的方法-CN200580047630.3有效
发明人：道格拉斯·斯彭切尔·米勒;乔治·加博尔·L·米克洛斯 -专利权人：人类遗传标记控股有限公司
申请日： 2005-12-05 - 公布日： 2008-01-23 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：本发明涉及一种用于简化微生物基因组或微生物核酸的方法，包括用修饰胞嘧啶的试剂处理微生物基因组或核酸以形成衍生的微生物核酸以及扩增该衍生的微生物核酸而产生该微生物基因组或核酸的简化形式。
通过化学修饰胞嘧啶简化微生物核酸方法

[发明专利]一种微生物宏基因组测序用标准品体系及其制备方法-CN202310901569.4在审
发明人：焦志军;邓国伟;陈胜兰;殷剑峰;范泽文;王春香 -专利权人：康为医学检验实验室（泰州）有限公司;北京健为医学检验实验室有限公司
申请日： 2023-07-20 - 公布日： 2023-09-19 - 主分类号： C12N15/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种微生物宏基因组测序用标准品体系及其制备方法，将肠道微生物的菌种按照细胞数比例混合得到微生物宏基因组测序标准品，可保存于菌种保存液中，保证细胞的完整性；将肠道微生物的菌种基因组DNA定量按照比例混合得到微生物宏基因组测序标准品本发明提供的宏基因组测序标准品的制备方法，可以混合10‑30种肠道微生物，更好的模拟肠道微生物的实际情况。本方法制备的微生物宏基因组测序标准品可用于生信建模、流程测试和开发；可作为微生物学或宏基因组学高通量建库测序的质控，评估检测流程稳定性，可靠度，一致性。
一种微生物宏基组测序用标准体系及其制备方法

[发明专利]宏基因组的重组装方法、重组装装置及终端设备-CN201911416602.4在审
发明人：余珂;乔雪姣;张立羽;谢克聪 -专利权人：余珂
申请日： 2019-12-31 - 公布日： 2020-05-15 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本申请适用于生物信息技术领域，一种宏基因组的重组装方法、重组装装置及终端设备，包括：获取经过基因组装处理和宏基因组分箱处理后的初始基因组集合，所述初始基因组集合中包括多个微生物基因组；提取所述初始基因组集合中每个物种的非冗余基因组，其中，所述非冗余基因组为所属物种对应的目标基因个数最多的微生物基因组；对各个非冗余基因组分别进行重组装处理，得到重组装后的微生物基因组。通过上述方法，能够得到质量较高的微生物基因组，进而为后续的基因研究提供了可靠的研究对象。
宏基组装方法装置终端设备

[发明专利]一种预测微生物益生潜力的方法及其装置-CN202211397170.9在审
发明人：左永春;李海成;孙宇;郭树春;赵小庆 -专利权人：内蒙古大学
申请日： 2022-11-09 - 公布日： 2023-03-21 - 主分类号： G16B20/30 文献下载
摘要：本发明提供了一种预测微生物益生潜力的方法及其装置，该方法包括：确定微生物对应的样本基因组序列，样本基因组序列基于微生物样本基因组DNA通过高通量测序得到；基于样本基因组序列，利用k‑mer算法确定子基因组序列对应的子片段集合以及子片段集合丰度，其中，样本基因组序列中包括多个子基因组序列，子片段集合丰度用于表示子基因组序列在样本基因组序列的丰度分布情况；利用支持向量机模型对子片段集合以及子片段集合丰度进行预测，以得到微生物益生潜力的结果，支持向量机模型通过历史基因组训练序列对初始支持向量机模型训练得到本发明实施例提高获取微生物益生潜力效率的同时还能够保证微生物益生潜力的精度。
一种预测微生物潜力方法及其装置

[发明专利]一种高通量测序的微生物数据处理方法-CN201811130694.5有效
发明人：宁康;奚望;高岩;成章昱;陈超云;韩毛振 -专利权人：华中科技大学鄂州工业技术研究院;华中科技大学
申请日： 2018-09-27 - 公布日： 2021-10-08 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种高通量测序的微生物数据处理方法，其中，所述方法包括：高通量测序的微生物16sRNA读段进行重叠群组装、分箱，以q‑PCR标记微生物重叠群，使所述微生物重叠群包含标记基因，去除含有标记基因的生物重叠群，获得高质量微生物宏基因组测序数据。本发明通过序列聚类等方法鉴定的去除来源于污染物的序列，得到更为高纯度的微生物宏基因组测序数据，保证基于微生物宏转录组测序数据的基因表达结果更为准确。本发明以微生物宏基因组测序数据作为研究对象，基于生物信息学思路，提高微生物宏基因组测序数据的质量。
一种通量微生物数据处理方法

[发明专利]通过预处理获得高质量酒醅微生物基因组DNA的方法-CN201210344426.X无效
发明人：李德林;许正宏;敖宗华;史劲松;王松涛;陆震鸣;林锋 -专利权人：泸州品创科技有限公司
申请日： 2012-09-17 - 公布日： 2012-12-12 - 主分类号： C12N15/10 文献下载
摘要：本发明涉及通过预处理获得高质量酒醅微生物基因组DNA的方法，属于分子生物学技术领域。本发明要解决的技术问题是提供一种通过预处理获得高质量酒醅微生物基因组DNA的方法。本发明的技术方案是通过预处理获得高质量酒醅微生物基因组DNA的方法，包括如下步骤：酒醅样品的预处理、微生物基因组DNA的提取。采用本发明方法提取的酒醅中微生物基因组DNA纯度高，杂质少，可用于酒醅微生物的分类、多样性研究等。
通过预处理获得质量微生物基因组 dna 方法

[发明专利]快速提取动物粪便微生物基因组DNA的试剂盒及提取方法-CN201410837236.0在审
发明人：王清水;余彦 -专利权人：福建师范大学
申请日： 2014-12-29 - 公布日： 2015-04-22 - 主分类号： C12N15/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种快速提取动物粪便微生物基因组DNA的试剂盒及提取方法，包括粪便的前处理、粪便中微生物细胞的裂解、DNA的游离与杂蛋白的抽除，DNA吸附柱吸附DNA以及杂质的去除，DNA洗脱五个步骤提取提动物粪便微生物基因组本发明试剂盒主要利用硅胶模吸附柱吸附基因组DNA，再采用特有的去蛋白液和漂洗液洗去蛋白等杂质，与常规的动物粪便微生物基因组DNA提取方法相比，本发明仅需要4h就可以提取到动物粪便微生物基因组DNA，不仅节省了大量提取时间，同时简化了实验步骤，能够更有效、快速、经济地提取到动物粪便微生物基因组DNA。
快速提取动物粪便微生物基因组 dna 试剂盒方法

[发明专利]病原微生物的检测方法及装置-CN201511000616.X有效
发明人：周丰丰;麦国琴;仲任;姚曌旻;王誉 -专利权人：深圳先进技术研究院
申请日： 2015-12-28 - 公布日： 2018-08-14 - 主分类号： G06F19/18 文献下载
摘要：本发明适用于生物检测技术领域，提供了病原微生物的检测方法及装置，包括：将测试宏基因组作为查询序列输入到预设的病原微生物数据库中；在所述预设的病原微生物数据库中对所述测试宏基因组进行BLAST运算，得到所述预设的病原微生物数据库中每种病原微生物的运算结果，所述运算结果包括所述病原微生物与其在所述测试宏基因组中所匹配到的微生物的相似性和相似的长度，以及包括所述病原微生物在所述测试宏基因组中所匹配到的微生物的个数；根据所述运算结果获取每种病原微生物的平均匹配值；将所述平均匹配值和所述匹配到的微生物的个数最高的病原微生物确定为所述测试宏基因组的检测结果。
病原微生物检测方法装置

[发明专利]微生物二代测序数据的宏基因组分析方法及系统-CN201811339970.9在审
发明人：徐强;尚河颖;张晓瑜;李莲莲;阴海鹏;刘红艳;刁玉涛;张之勇;俞勇 -专利权人：山东省医学科学院基础医学研究所
申请日： 2018-11-12 - 公布日： 2019-05-10 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本公开提供了一种微生物二代测序数据的宏基因组分析方法及系统。其中，一种微生物二代测序数据的宏基因组分析方法，包括：聚类微生物基因组二代测序数据，相似性高于预设阈值的微生物基因组序列聚类为一个OTU，每个OTU对应一个微生物品种，生成OTUs表数据；标准化处理OTUs表数据；将标准化处理后的OTUs表数据映射到宏基因组功能；统计分析不同宏基因组功能的基因丰度差异，并输出图形化分析结果。
测序数据宏基因组分析表数据微生物微生物基因组标准化处理宏基因组微生物品种丰度差异输出图形序列聚类统计分析映射聚类预设基因

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