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[发明专利]一种蛋白质表达体系的密码子优化方法及蛋白质表达体系-CN202111673482.3在审
发明人：郭敏;熊亮;周伟峰;徐丽琼;徐秀珍;唐磊;曹平生;于雪 -专利权人：康码（上海）生物科技有限公司
申请日： 2021-12-31 - 公布日： 2022-04-15 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种蛋白质表达体系的密码子优化方法及蛋白质表达体系，该密码子优化方法基于所述蛋白质表达体系中细胞提取物的来源物种的核糖体蛋白，对编码所述核糖体蛋白的DNA序列的密码子进行统计，获得核糖体蛋白氨基酸序列中每种氨基酸残基对应的同义密码子中各密码子的相对频率，选择相对频率最高的密码子，并将该密码子用作目标蛋白的氨基酸序列中同种氨基酸残基的密码子。本发明的密码子优化方法能在使用较少计算资源的情况下，快速获得一个不含特定位点，且相较于优化前具有较高蛋白表达效率的DNA序列。
一种蛋白质表达体系密码子优化方法

[发明专利]一种蛋白质表达体系的密码子优化方法及蛋白质表达体系-CN202211060298.6在审
发明人：郭敏;熊亮;周伟峰;徐丽琼;徐秀珍;唐磊;曹平生;于雪 -专利权人：康码（上海）生物科技有限公司
申请日： 2022-08-31 - 公布日： 2023-07-11 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种蛋白质表达体系的密码子优化方法及蛋白质表达体系，该密码子优化方法基于所述蛋白质表达体系中细胞提取物的来源物种的核糖体蛋白，对编码所述核糖体蛋白的DNA序列的密码子进行统计，获得核糖体蛋白氨基酸序列中每种氨基酸残基对应的同义密码子中各密码子的相对频率，选择相对频率最高的密码子，并将该密码子用作目标蛋白的氨基酸序列中同种氨基酸残基的密码子。本发明的密码子优化方法能在使用较少计算资源的情况下，快速获得一个不含特定位点，且相较于优化前具有较高蛋白表达效率的DNA序列。
一种蛋白质表达体系密码子优化方法

[发明专利]使用修饰的核酸表达多肽的方法-CN201380020266.6有效
发明人： S·克洛斯特曼;E·科佩茨基;U·施瓦茨 -专利权人：弗·哈夫曼-拉罗切有限公司
申请日： 2013-04-15 - 公布日： 2021-09-21 - 主分类号： C12N15/67 文献下载
摘要：本文报道了用于在细胞中重组生产多肽的方法，包括步骤：培养包含编码多肽的核酸的细胞，从细胞或培养基中回收多肽，其中，多肽的每个氨基酸残基都是由至少一个密码子编码的，将编码相同氨基酸残基的不同密码子组合在一个组中，按其在组内的具体使用频率定义组内的每个密码子，一组内所有密码子的具体使用频率之和为100％，其中多肽编码核酸中的密码子使用频率与其在组内的具体使用频率几乎相同。
使用修饰核酸表达多肽方法

[发明专利]使用修饰的核酸表达多肽的方法-CN202111149491.2在审
发明人： S·克洛斯特曼;E·科佩茨基;U·施瓦茨 -专利权人：弗·哈夫曼-拉罗切有限公司
申请日： 2013-04-15 - 公布日： 2022-03-01 - 主分类号： C12N15/67 文献下载
摘要：报道了用于在细胞中重组生产多肽的方法，包括步骤：培养包含编码多肽的核酸的细胞，从细胞或培养基中回收多肽，其中，多肽的每个氨基酸残基都是由至少一个密码子编码的，将编码相同氨基酸残基的不同密码子组合在一个组中，按其在组内的具体使用频率定义组内的每个密码子，一组内所有密码子的具体使用频率之和为100％，其中多肽编码核酸中的密码子使用频率与其在组内的具体使用频率几乎相同。
使用修饰核酸表达多肽方法

[发明专利]外源基因在沙门氏菌中表达优化的方法-CN201210298723.5无效
发明人：徐家华;陈瑞爱;张东霞;汤钦 -专利权人：广东大华农动物保健品股份有限公司;肇庆大华农生物药品有限公司
申请日： 2012-08-20 - 公布日： 2013-05-01 - 主分类号： C12N15/67 文献下载
摘要：本发明提供了外源基因在沙门氏菌中优化表达的方法，包括如下具体步骤：从NCBI数据库中统计获得沙门氏菌密码子使用频率表；分析各密码子使用频率：克隆或者合成目的基因，并且测定其核苷酸序列，根据上述沙门氏菌密码子使用频率表和氨基酸密码子对应表，在不改变氨基酸的情况下，通过分子突变或者基因合成的方式，把所述目的基因中沙门氏菌使用频率最低和较高的密码子突变成为使用频率最高的密码子，获得新的编码目的基因的核苷酸片段；通过分子生物学方法把新的编码目的基因的核苷酸片段插入到表达载体中
基因沙门氏菌表达优化方法

[发明专利]大黄鱼清道夫受体家族基因的密码子偏好性分析方法-CN201811123784.1在审
发明人：刘慧慧;王君如;迟长凤;黄伟 -专利权人：浙江海洋大学
申请日： 2018-09-26 - 公布日： 2019-02-01 - 主分类号： C12Q1/6851 文献下载
摘要：本发明公开了大黄鱼清道夫受体家族基因的密码子偏好性分析方法，包括，获得大黄鱼清道夫受体家族基因；利用密码子偏好性分析软件Codon W统计所有基因的第三位密码子频率和密码子第三位为G或C的频率，同时计算所述受体家族基因的偏好性指数，得出清道夫受体家族在进化中的密码子偏好性使用情况。本发明分析方法简单可行，可准确地判断大黄鱼清道夫受体家族基因的密码子偏好性，更好地帮助认识清道夫受体家族基因特征，在后续改造基因以及实现其高效表达中发挥重要作用。
清道夫受体密码子偏好性家族基因大黄鱼密码子频率分析软件改造基因高效表达受体家族分析基因偏好性码子进化统计帮助

[发明专利]用于在有丝真菌细胞中生产感兴趣化合物的方法-CN200680003084.8有效
发明人：约翰尼斯·安德列什·劳博斯;瑟戈·彼得吕斯·当克斯;阿恩·斯达姆;诺埃尔·尼古拉斯·玛利亚·伊丽莎白·范佩杰 -专利权人：帝斯曼知识产权资产管理有限公司
申请日： 2006-01-24 - 公布日： 2008-01-16 - 主分类号： C12N9/20 文献下载
摘要：本发明涉及下述核苷酸序列，所述序列包含：具有经优化的密码子频率的同义核苷酸编码序列，优化使得天然密码子被同义密码子交换，所述同义密码子编码与天然密码子相同的氨基酸，并且具有较之天然密码子更高的密码子使用频率
用于真菌细胞生产感兴趣化合物方法

[发明专利]一种培育高抗病毒转基因植物的方法与应用-CN03100708.2有效
发明人：朱祯;冯德江;郑翔 -专利权人：中国科学院遗传与发育生物学研究所
申请日： 2003-01-21 - 公布日： 2004-08-11 - 主分类号： C12N15/63 文献下载
摘要：本发明公开了一种培育高抗病毒转基因植物的方法与应用，本发明的方法包括以下步骤：a.查阅宿主密码子的使用频率，确定稀有密码子，修饰目的基因中的密码子，把目的基因中某些密码子突变成宿主植物中的稀有同义密码子；b.构建含有密码子修饰目的基因的用于植物转化的载体；c.转化植物，获得再生转基因植株；d.检测转化植株，筛选目的基因发生基因沉默的转基因植株，获得高抗病毒转基因植株。
一种培育抗病毒转基因植物方法应用

[发明专利]衣藻红色荧光标记蛋白基因CrmRFP、其合成方法及其真核表达载体的构建方法-CN200610026203.3无效
发明人：宋任涛;许政暟;薛芳 -专利权人：上海大学
申请日： 2006-04-28 - 公布日： 2006-10-11 - 主分类号： C12N15/12 文献下载
摘要：其合成方法为：比对衣藻密码子使用频率表，找出红色荧光蛋白mRFP衣藻使用频率较低的八个密码子，通过同义突变，使用频率较高的密码子把这八个使用频率较低的密码子替换掉；根据上述的八个使用频率较高的密码子设计引物
红色荧光标记蛋白基因 crmrfp 合成方法及其表达载体构建

[发明专利]基因序列优化方法、装置及数据处理终端-CN201910286208.7有效
发明人：符红光;钟秀琴;梁晏宾;许阳;黄磊 -专利权人：电子科技大学
申请日： 2019-04-10 - 公布日： 2020-10-02 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本申请实施例提供一种基因序列优化方法、装置及数据处理终端，通过获取待优化的密码子序列对应的氨基酸序列，并将该氨基酸序列导入至预先建立的优化模型进行优化以得到密码子盒序列。其中，该密码子盒序列中包含的每组密码子盒对应至少一组密码子且对应于同一组密码子盒的密码子包含的密码元素相同。再针对各密码子盒，获得该密码子盒对应的密码子，以及该密码子盒对应的氨基酸所对应的密码子，根据两者对应的密码子获得优化的密码子，利用该优化的密码子对待优化的密码子序列进行优化。如此，通过优化得到密码子盒的方式，简化了优化过程的复杂度，并结合氨基酸及密码子盒对应的密码子以得到优化密码子的方式，提高了优化密码子的准确度。
基因序列优化方法装置数据处理终端

[发明专利]使用丝状真菌的来自西洋山葵的过氧化物酶重组蛋白质的制造方法-CN201380029041.7有效
发明人：横山史和;冈仓薰;井上敦;村岛弘一郎;永里敏秋;矢内耕二;中根公隆 -专利权人：明治制果药业株式会社
申请日： 2013-05-30 - 公布日： 2018-05-22 - 主分类号： C12N15/09 文献下载
摘要：一种多核苷酸，其是在至少一个密码子中具有与编码来自西洋山葵的过氧化物酶多肽的野生型碱基序列不同的碱基序列且被修饰的多核苷酸，修饰的密码子的使用频率为腐质霉、曲霉及木霉3种丝状菌的密码子使用频率，在丝状菌中能够使编码的多肽表达
使用丝状真菌来自西洋过氧化物重组蛋白质制造方法

[发明专利]一种用于木本植物遗传密码子优化的CodonNX系统及其优化方法-CN201810123433.4有效
发明人：续晨;诸葛强;宫新栋;魏辉;王立科;尹佟明 -专利权人：南京林业大学
申请日： 2018-02-07 - 公布日： 2019-06-28 - 主分类号： G16B25/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种用于木本植物遗传密码子优化的CodonNX系统及其优化方法，该系统包括输入模块、处理模块、输出模块；其中，输入模块用于用户输入基因序列和密码子使用频率排序表，并选定具体处理模式；处理模块用于接收输入的密码子信息内容、密码子使用频率排序表信息内容，并依据用户选择的处理模式，进行有效处理，并通过输出模块，输出对应的结果。本CodonNX系统提供了完备的可发展的全系统基因优化功能，提高工作效率，节省成本，系统的参数可选择，尤其是最优密码子可选择，几乎所有参数都公开、透明、可选择，并且可以由用户自己进行设置。
木本植物遗传密码子处理模块处理模式输出模块输入模块信息内容密码子排序表优化密码子使用频率植物表达载体转基因植株工作效率基因序列基因优化接收输入使用频率系统提供有效处理高表达全系统码子蛋白验证输出透明试验

[发明专利]芸香科多物种密码子使用模式分析方法和系统-CN201910580198.8有效
发明人：万晓华;申泽南;张法;张金智;甘志猛 -专利权人：中国科学院计算技术研究所
申请日： 2019-06-28 - 公布日： 2021-10-08 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本发明涉及一种芸香科多物种的密码子使用模式分析方法，包括：通过芸香科的多个物种的基因数据，获取每个该物种的密码子序列；提取该密码子序列的第一特征值，以该第一特征值的关系验证该多个物种的进化关系；提取该密码子序列的第二特征值，以该第二特征值绘制特征关系图，以验证该多个物种的进化保守性程度；提取该密码子序列中的高频密码子/密码子对，以该高频密码子/密码子对的关系验证该多个物种的进化保守性相关度；将该密码子序列的密码子RSCU值与植物物种的密码子RSCU值进行聚类，以聚类结果验证该多个物种的所属纲目；获取该密码子序列GC3含量之间的欧式距离，以验证该多个物种的亲缘关系。
芸香物种密码子使用模式分析方法系统

[发明专利]优化的核苷酸序列的生成-CN202180048685.5在审
发明人： K·A·陈;A·迪亚斯;F·德罗萨 -专利权人：翻译生物公司
申请日： 2021-05-07 - 公布日： 2023-03-28 - 主分类号： A61K48/00 文献下载
摘要：所述方法包括至少将密码子使用表标准化以及基于所述标准化密码子使用表中的密码子的使用频率为给定氨基酸序列选择密码子。
优化核苷酸序列生成

[发明专利]一种基于密码子对使用频度的基因密码子优化方法-CN201610838127.X有效
发明人：李阳 -专利权人：武汉伯远生物科技有限公司
申请日： 2016-09-21 - 公布日： 2019-04-05 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本发明提出了一种基于密码子对使用频度的基因密码子优化方法，本方案采用密码子对使用频度对目的基因进行优化，不光考虑单个密码子使用频度，同时考虑两个密码子联合使用情况，即：相邻密码子的关系，挑选物种中两个tRNA连用时频度较高的密码子对对目标基因进行优化起到关键作用。
一种基于密码子使用频度基因优化方法

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