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[发明专利]一种基于stacking集成学习的增强子的预测方法、系统、设备及存储介质-CN202210943595.9在审
发明人：吴昊;刘梦迪 -专利权人：山东大学
申请日： 2022-08-08 - 公布日： 2022-11-29 - 主分类号： G16B5/00 文献下载
摘要：本发明涉及一种基于stacking集成学习的增强子的预测方法、系统、设备及存储介质，该方法可以通过提取DNA序列中的多种特征并进行特征融合，然后使用构建的集成学习模型来预测增强子与增强子的强度。本研究提出的预测模型可以仅使用DNA序列数据通过计算方法实现增强子与增强子强度的预测而无需费时费力且成本高昂的生物实验。此外，本研究提出的预测方法不仅可以预测增强子还可以将预测到的增强子根据其强度预测为强增强子或弱增强子。本技术可以应用于生物医学上对基因增强子的检测，在节约大量的金钱和时间成本的同时更好地分析疾病和预防疾病。
一种基于 stacking 集成学习增强预测方法系统设备存储介质

[发明专利]一种基于随机序列利用载体筛选活性增强子的方法-CN201910529253.0在审
发明人：张玉波;朱秀生;黄雷;李清 -专利权人：中国农业科学院农业基因组研究所
申请日： 2019-06-19 - 公布日： 2020-03-17 - 主分类号： C12N15/63 文献下载
摘要：本发明公开了一种增强子筛选表达载体及利用随机序列筛选增强子的方法所述增强子筛选表达载体由穿梭质粒载体改造而成，增强子筛选表达载上的核心部件包括mini启动子及其下游的mcherry报告基因，mini启动子上游包含随机序列的重组位点本发明提供一种增强子筛选表达载体及利用随机序列筛选增强子的方法，该方法利用增强子筛选表达载体和筛选文库实现对增强子序列的有效鉴别，相较于现有技术，该方法对基因组中增强子的鉴定准确率大幅提升，同时该方法能够针对几十bp序列中的增强子进行有效鉴定，对于深入理解基因表达调控的机制具有重要意义。
一种基于随机序列利用载体筛选活性增强方法

[发明专利]一种水稻增强子及基于CRISPR/Cas9技术评估水稻增强子活性的方法-CN202210454378.3有效
发明人：刘鹏;吴怡;庞天添;张韬 -专利权人：扬州大学
申请日： 2022-04-27 - 公布日： 2023-09-22 - 主分类号： C12N15/113 文献下载
摘要：本发明公开了一种水稻增强子及基于CRISPR/Cas9技术评估水稻增强子活性的方法，水稻增强子，序列如SEQ ID NO.1。获取增强子，长度为461 bp；LOC_Os07g34589基因的启动子中，分离得到62 bp mini启动子序列；构建负对照载体，使用LOC_Os07g34589基因的两个mini启动子序列反向连接，分别驱动Cas9蛋白和sgRNA表达；构建增强子检测载体，在上述负对照载体中，两个mini启动子中间插入igENH1增强子序列；水稻原生质体的制备与转化；转化后通过分析增强子活性。所述水稻增强子具有较好的增强转录效果。
一种水稻增强基于 crispr cas9 技术评估活性方法

[发明专利]甘蔗杆状病毒(SCBV)增强子及其在植物功能基因组学中的用途-CN201380021781.6有效
发明人： P·A·欧文斯默洛;C·拉森;S·A·贝文;J·P·戴维斯;V·S·雷迪;W·M·安利;M·A·汤普森 -专利权人：陶氏益农公司
申请日： 2013-02-28 - 公布日： 2018-01-02 - 主分类号： C12N15/82 文献下载
摘要：对新的增强子序列的鉴定在植物功能基因组学中具有重大的效用。已经鉴定了甘蔗杆状DNA病毒(SCBV)转录增强子。该增强子可以用于增加从基因启动子及在激活标签化实验中的转录速率。当将4列SCBV增强子置于玉米醇脱氢酶最小启动子截短形式的上游时，观察到转录中有10倍的增加。描述了使用SCBV转录增强子的方法，以及包含一个或多个该增强子拷贝的嵌合转录调节区、构建体、细胞、组织和微生物。
甘蔗杆状病毒 scbv 增强及其植物功能基因组中的用途

[发明专利]甘蔗杆状病毒(SCBV)增强子及其在植物功能基因组中的用途-CN201180052649.2有效
发明人： J.P.戴维斯;V.S.蕾蒂;W.M.艾恩利;M.A.汤普森 -专利权人：陶氏益农公司
申请日： 2011-08-29 - 公布日： 2013-07-10 - 主分类号： C12N15/82 文献下载
摘要：对新的增强子序列的鉴定在植物功能基因组学中具有重大的效用。已经鉴定了甘蔗杆状DNA病毒(SCBV)转录增强子。该增强子可以用于增加从基因启动子及在激活标签化实验中的转录速率。当将4列SCBV增强子置于玉米醇脱氢酶最小启动子截短形式的上游时，观察到转录中有10倍的增加。描述了使用SCBV转录增强子的方法，以及包含一个或多个该增强子拷贝的嵌合的转录调节区、构建体、细胞、组织和微生物。
甘蔗杆状病毒 scbv 增强及其植物功能基因组中的用途

[发明专利]一种基于序列频率信息识别DNA增强子元件的方法-CN202110907887.2在审
发明人：郭菲;吕一诺;何文颖;唐继军;曹晶 -专利权人：天津大学
申请日： 2021-08-09 - 公布日： 2021-11-02 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于序列频率信息识别DNA增强子元件的方法，所述方法基于支持向量机构建的双层DNA增强子元件预测模型，所述预测模型通过如下步骤生成：步骤(1)：通过细胞系的染色质数据库信息构建DNA增强子序列数据集；步骤(2)：通过PSTNP算法对DNA增强子序列数据集进行处理获得具有位置特异性的三核苷酸序列的DNA增强子信息；步骤(3)：通过Kullback‑Leibler散度算法对DNA增强子信息的三核苷酸序列信息进行优化；步骤(4)：采用LASSO算法对DNA增强子信息的三核苷酸序列的特征数据进行降维处理；本发明解决了DNA增强子及其强度的预测问题，采用特征优化、特征筛选方法对提取的序列频率信息进行改进，明显提高了预测精度
一种基于序列频率信息识别 dna 增强元件方法

[发明专利]基于多阶段的非编码变异对增强子活性影响预测方法-CN202310122535.5在审
发明人：张永清;邹权;刘宇航;牛颢;丁春利;吴锡;王紫轩;熊术文;王茂丞;喻云;林天华 -专利权人：成都信息工程大学
申请日： 2023-02-15 - 公布日： 2023-06-23 - 主分类号： G16B20/20 文献下载
摘要：本发明提供了一种基于多阶段的非编码变异对增强子活性影响预测方法，涉及生物信息技术领域，该方法包括获取增强子相关特征，并对其进行预处理；构建并训练基于元学习的染色质特征预测模型；基于特征融合模型得到融合多染色质特征的联合表征；构建和训练基于多染色质特征联合表征的增强子活性预测模型；利用染色质特征预测模型以及增强子活性预测模型预测变异对增强子活性的影响；根据变异对增强子活性的影响，对功能性变异进行筛选。本发明提出了一个有效的增强子活性预测框架，实现变异对增强子活性影响的精确预测，解决了传统方法基于DNA序列进行预测，效果不佳的缺点。
基于阶段编码变异增强活性影响预测方法

[发明专利]一种活性增强子筛选载体及其构建方法-CN201910529227.8在审
发明人：张玉波;朱秀生;黄雷;李清 -专利权人：中国农业科学院农业基因组研究所
申请日： 2019-06-19 - 公布日： 2019-09-20 - 主分类号： C12N15/867 文献下载
摘要：本发明公开了一种活性增强子筛选载体及其构建方法，其基于逆转录病毒载体进行构建，从荧光素酶报告载体中获得微型启动子和mChery片段，并将所获得的微型启动子和mChery片段克隆至逆转录病毒载体中，获得活性增强子筛选载体利用本发明方法构建的活性增强子筛选载体，只需将待筛选文库直接插入到载体特定位置即可直接进行活性增强子的筛选，大大简便了全基因组水平活性增强子的筛选，对研究增强子的作用机制具有重要意义。
活性增强子筛选构建逆转录病毒载体启动子全基因组水平荧光素酶报告片段克隆重要意义作用机制增强子文库研究

[发明专利]一种表达载体及其应用-CN201610281899.8有效
发明人：沈潇;林兴华 -专利权人：佛山普津生物技术有限公司
申请日： 2016-04-28 - 公布日： 2018-08-24 - 主分类号： C12N15/866 文献下载
摘要：本发明公开了一种表达载体，包含至少一个调控单元，其含有增强子和启动子：增强子为hrx增强子或其功能片段或序列变体；启动子为MT启动子或其功能片段或序列变体，或Act5C启动子或其功能片段或序列变体；其中，所述的hrx增强子为鳞翅目杆病毒AcMNPV中的hr5增强子、Bombyx mori中的hr3增强子，或AcMNPV中的hr3增强子；所述的MT启动子为果蝇细胞金属硫蛋白启动子，其为诱导性启动子，受金属离子诱导；所述的Act5C启动子为果蝇细胞中的Actin 5C启动子。本发明构建了一个能够在双翅目昆虫果蝇S2细胞上高效表达的含鳞翅目杆病毒基因hr5增强子的重组蛋白表达载体，克服了现有技术中由于种属隔离的原因，杆病毒不在双翅目昆虫中传播的技术偏见。
一种表达载体及其应用

[发明专利]一种肺腺癌药物黄金靶点超级增强子及其筛选方法与应用-CN202011290986.2有效
发明人：陈东芹;陈静;王理伟 -专利权人：陈东芹
申请日： 2020-11-18 - 公布日： 2023-02-17 - 主分类号： C12N15/113 文献下载
摘要：本发明属于超级增强子技术领域，公开了一种肺腺癌药物黄金靶点超级增强子及其筛选方法与应用，确认HDAC4‑SE是超级增强子区域；确定HDAC4‑SE的核心增强子片段为P7；敲除HDAC4‑SE可增加肺腺癌耐药株的体外化疗敏感性本发明前期研究发现，HDAC4基因区间内存在超级增强子HDAC4‑SE，本发明在前期研究的基础上，采用慢病毒基因过表达、CRISPR/CAS9基因编辑技术发现超级增强子HDAC4‑SE参与调控肺腺癌化疗耐药，超级增强子HDAC4‑SE的发现为逆转肺腺癌化疗耐药提供新的思路，具有广阔的研发前景，有望成为药物研发的黄金靶点。
一种腺癌药物黄金超级增强及其筛选方法应用

[发明专利]超级增强子基因序列在促进人B2M基因表达中的用途-CN202110992277.7在审
发明人：柳华;王飞;李然 -专利权人：浙江大学
申请日： 2021-08-27 - 公布日： 2021-12-17 - 主分类号： C12N15/113 文献下载
摘要：本发明提供了一种超级增强子基因序列在促进人B2M基因表达中的用途，通过ChIP‑Seq技术，比较了IFN‑γ刺激前后增强子标志物H3K27ac修饰区域信号变化情况，首次在人B2M基因上发现一段增强子序列，该增强子在IFN‑γ刺激后具有超级增强子的特点，并且显著地提高了人B2M基因的表达。通过敲低或沉默所述增强子序列，则可显著降低人B2M基因和膜HLA‑I类蛋白的表达，为构建低免疫原性的人源细胞提供新的靶点。
超级增强基因序列促进 b2m 表达中的用途

[发明专利]一种CRISPR辅助反式增强子激活基因表达的方法及其应用-CN201810835298.6有效
发明人：王进科;徐新慧 -专利权人：东南大学
申请日： 2018-07-26 - 公布日： 2021-11-12 - 主分类号： C12N15/113 文献下载
摘要：本发明公开了一种CRISPR辅助反式增强子激活基因表达的方法，其特征在于，通过CRISPR系统将增强子DNA反式募集到靶基因上，依靠反式增强子DNA本身以及反式增强子DNA与CRISPR系统的互作，激活靶基因表达本发明通过对常规引导RNA(sgRNA)的改造发展了一种捕获sgRNA(csgRNA)；借助dCas9‑AD/csgRNA复合物中csgRNA与带单链突出巨细胞病毒(CMV)增强子DNA的杂交，将CMV增强子反式募集到靶基因上，高效激活靶基因的表达。
一种 crispr 辅助反式增强激活基因表达方法及其应用

[发明专利]一种活细胞内增强子活性鉴定方法与装置-CN202210492754.8在审
发明人：常凌乾;董再再;万凤奇 -专利权人：北京航空航天大学
申请日： 2022-05-07 - 公布日： 2022-08-30 - 主分类号： G01N21/64 文献下载
摘要：本公开提供了一种活细胞内增强子活性鉴定方法与装置，用于实现活细胞内增强子活性的灵敏检测。本公开中采用纳米电穿孔生物芯片对细胞质膜进行高度聚焦穿孔，并提供驱动力，加速增强子探针向细胞核的递送。增强子探针采用循环扩增策略设计，在1小时内将荧光信号提高100倍以上。在实施例中，该方法与装置成功实现活细胞内CCAT1增强子的活性检测，同时细胞活性不受影响，证实了本公开中提出的方法及装置在检测活细胞中增强子活性方面的稳健性和可靠性。本公开为活细胞内增强子基因调控机制研究与临床应用诊断提供了便利的通用平台。
一种细胞内增强活性鉴定方法装置

[发明专利]增强子Hr3-CN201110423280.3有效
发明人：夏庆友;王峰;徐汉福;马三垣;赵萍;向仲怀 -专利权人：西南大学
申请日： 2011-12-16 - 公布日： 2012-06-13 - 主分类号： C12N15/113 文献下载
摘要：本发明涉及增强子Hr3，由如SEQIDNO:1所示的核苷酸序列组成，其可用于在家蚕中制备重组外源蛋白；本发明还涉及含有增强子Hr3的重组载体，所述增强子Hr3通过其NcoI酶切位点与不含增强子的载体的启动子上游的NcoI酶切位点连接，共同组成含有增强子Hr3的重组载体；本发明在细胞水平鉴定一类增强子hr3、转录激活因子IE1、非翻译区序列5’UTR和3’UTR等增强基因表达的功能元件，在此基础上将最佳的元件整合建立高效
增强 hr3

[发明专利]一种基于增强子和启动子数据预测关键转录因子的方法-CN202310081441.8在审
发明人：方皓舒;朱亚玲;孟蕾蕾;马金虎 -专利权人：安徽医科大学
申请日： 2023-01-16 - 公布日： 2023-05-16 - 主分类号： G16B25/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于增强子和启动子数据预测关键转录因子的方法，其包括以下步骤：获得基因增强子序列的FASTA格式文件；根据基因转录起始位点的位置信息，获取基因启动子序列的FASTA格式文件；将基因增强子序列和启动子序列的FASTA格式文件分别导入转录因子在线预测系统PROMO，得到靶向结合增强子的转录因子和靶向结合启动子的转录因子；筛选出同时靶向结合增强子和启动子的整合转录因子；构建整合转录因子的蛋白质相互作用网络；筛选处于核心位置的转录因子作为调控基因表达的关键转录因子本发明能够通过整合增强子和启动子数据而准确、快速地预测出调控基因表达的关键转录因子，并具有更高的预测准确性。
一种基于增强启动子数据预测关键转录因子方法

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