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[发明专利]全基因组增强子筛选系统、筛选方法及应用-CN202310097328.9有效
发明人：张玉波;朱秀生;黄雷;黄其通;罗静;李清 -专利权人：中国农业科学院农业基因组研究所
申请日： 2023-02-10 - 公布日： 2023-10-13 - 主分类号： C12N15/867 文献下载
摘要：本发明公开了一种全基因组增强子筛选系统，该系统包括MAE‑seq增强子筛选载体、待筛选片段构成的质粒文库、转染质粒文库并抽提gDNA进行PCR扩增后测序获得的input文库、转染质粒文库经荧光分选后再抽提gDNA并进行PCR扩增后测序获得的output文库以及可过滤掉output文库中假阳性数据的统计学过滤模型。由此，可以通过仅对待筛选的基因片段构建质粒文库、荧光分选、高通量测序及过滤模型过滤即可实现高效稳定的全基因组增强子筛选。本系统适用于适合物种，且不用构建转录组文库，通过荧光表达富集直观高效，还没有覆盖范围不均匀、过度分散且被测序偏差混淆的问题，是相对于现有技术STARR‑seq操作更便捷，成本更低，且稳定、高效的增强子筛选系统。
基因组增强筛选系统方法应用

[发明专利]一种基因组短片段文库的构建方法-CN202011137432.9有效
发明人：黄雷;张玉波;朱秀生;彭艳玲;孔思远;张海燕 -专利权人：中国农业科学院农业基因组研究所
申请日： 2020-10-22 - 公布日： 2023-09-19 - 主分类号： C12Q1/6806 文献下载
摘要：本发明涉及生物工程领域，具体地，涉及一种基因组短片段文库的构建方法。本发明包括以下步骤：S1、细胞全基因组提取；S2、基因组片段化和产物回收纯化；S3、MNase酶切和产物回收；S4、电泳和胶回收；S5、末端修复和接头连接；S6、载体克隆与文库构建。本发明通过无序列偏好性的酶切方法富集得到的15‑50bp长度的短片段DNA文库涵盖了动物全基因组的完整信息，该方法操作简便，技术体系稳定，为调控元件基序的序列信息解析提供了便利。
一种基因组片段文库构建方法

[发明专利]一种基于CRISPR/Cas9基因编辑技术分析增强子细胞生物学功能的方法-CN202011407452.3有效
发明人：张玉波;黄雷;朱秀生;王雪岩 -专利权人：中国农业科学院农业基因组研究所
申请日： 2020-12-04 - 公布日： 2022-08-19 - 主分类号： C12N15/113 文献下载
摘要：本发明提供了一种基于CRISPR/Cas9基因编辑技术分析增强子细胞生物学功能的方法，属于分子生物学技术领域。基于CRISPR/Cas9基因编辑技术分析增强子细胞生物学功能的方法，利用CRISPR/Cas9精确切割基因组中核心元件附近的靶位点，同时设计供体ssDNA通过同源重组的方式在动物细胞中进行核心元件的定点删除，检测靶基因转录活性及相关细胞表型来研究增强子核心元件的细胞生物学功能。通过自有技术定位将候选增强子精确定位到25bp的序列长度范围，提高功能研究的准确性，与此同时通过对ssDNA的精细设计，实现了元件的高效定点删除，其操作简便，技术体系稳定，为调控元件功能研究提供了便利。
一种基于 crispr cas9 基因编辑技术分析增强细胞生物学功能方法

[发明专利]全基因组沉默子筛选系统及其应用-CN202110033092.3有效
发明人：张玉波;朱秀生;黄雷 -专利权人：中国农业科学院农业基因组研究所
申请日： 2021-01-12 - 公布日： 2021-11-02 - 主分类号： C12N15/63 文献下载
摘要：本发明公开了一种全基因组沉默子筛选系统，该系统包括MAS‑seq载体，该MAS‑seq载体包括强启动子、同源臂、标记基因、poly A位点，该MAS‑seq载体的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示。该MAS‑seq载体在同源臂间插入沉默子序列时，可以大大降低标记基因mRNA的表达丰度，通过测序检测标记基因mRNA的表达量，表达量低的即表明插入序列为沉默子序列。由此可以用于大规模筛选基因组沉默子，该系统灵敏，且操作便捷，可大规模使用和广泛应用。
基因组沉默筛选系统及其应用

[发明专利]一种基于随机序列利用载体筛选活性增强子的方法-CN201910529253.0在审
发明人：张玉波;朱秀生;黄雷;李清 -专利权人：中国农业科学院农业基因组研究所
申请日： 2019-06-19 - 公布日： 2020-03-17 - 主分类号： C12N15/63 文献下载
摘要：本发明公开了一种增强子筛选表达载体及利用随机序列筛选增强子的方法所述增强子筛选表达载体由穿梭质粒载体改造而成，增强子筛选表达载上的核心部件包括mini启动子及其下游的mcherry报告基因，mini启动子上游包含随机序列的重组位点。本发明提供一种增强子筛选表达载体及利用随机序列筛选增强子的方法，该方法利用增强子筛选表达载体和筛选文库实现对增强子序列的有效鉴别，相较于现有技术，该方法对基因组中增强子的鉴定准确率大幅提升，同时该方法能够针对几十bp序列中的增强子进行有效鉴定，对于深入理解基因表达调控的机制具有重要意义。
一种基于随机序列利用载体筛选活性增强方法

[发明专利]一种活性增强子筛选载体及其构建方法-CN201910529227.8在审
发明人：张玉波;朱秀生;黄雷;李清 -专利权人：中国农业科学院农业基因组研究所
申请日： 2019-06-19 - 公布日： 2019-09-20 - 主分类号： C12N15/867 文献下载
摘要：本发明公开了一种活性增强子筛选载体及其构建方法，其基于逆转录病毒载体进行构建，从荧光素酶报告载体中获得微型启动子和mChery片段，并将所获得的微型启动子和mChery片段克隆至逆转录病毒载体中，获得活性增强子筛选载体。利用本发明方法构建的活性增强子筛选载体，只需将待筛选文库直接插入到载体特定位置即可直接进行活性增强子的筛选，大大简便了全基因组水平活性增强子的筛选，对研究增强子的作用机制具有重要意义。
活性增强子筛选构建逆转录病毒载体启动子全基因组水平荧光素酶报告片段克隆重要意义作用机制增强子文库研究

[实用新型]管道翻边切除工具-CN201620189687.2有效
发明人：刘旭东;贾晓忠;常维勇;朱秀生 -专利权人：上海亚大塑料制品有限公司
申请日： 2016-03-11 - 公布日： 2016-08-03 - 主分类号： B29C65/82 文献下载
摘要：本实用新型涉及管道翻边切除工具，包括第一、第二支撑杆，第一和第二支撑杆的尾端通过一转轴连接，第一支撑杆和第二支撑杆可绕转轴旋转，所述的第一支撑杆和第二支撑杆之间设有调节第一和第二支撑杆之间夹角的角度调节装置，第一支撑杆与第二支撑杆相向的一侧表面上设有导向槽，所第二支撑杆前端具有导削槽，在导削槽内设置有切除刀片。本实用新型的翻边切除工具利用杠杆原理对管道外翻边进行切除，可轻松切下外翻边，省时省力。
管道切除工具