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[发明专利]病原体耐药基因检测方法、装置、设备及存储介质-CN202310880936.7在审
发明人：张朋;周金升;宋佳平 -专利权人：珠海碳华检测科技有限公司;珠海碳云智能科技有限公司
申请日： 2023-07-17 - 公布日： 2023-10-20 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种病原体耐药基因检测方法、装置、设备及存储介质，其中方法包括：将从待测生物样本中提取第一预设平均测序深度下的测序数据与从基因数据库中获取的同源耐药基因序列进行比对，得到多条比对记录以及每条比对记录对应的比对质量值；根据比对质量值过滤掉非最优比对，得到每个基因正确比对记录的条数；基于预设计算方式和正确比对记录的条数计算得到待检测基因的丰度得分，并根据丰度得分统计每个待检测基因的丰度得分排名；将每个待检测基因的丰度得分和丰度得分排名输入至预先训练好的耐药基因检测模型进行预测，确认待检测基因是否为真阳性耐药基因。本发明能够利用基因的丰度得分和丰度得分排名准确预测基因是否为真阳性。
病原体耐药基因检测方法装置设备存储介质

[发明专利]基于差异表达数据的药物重定位方法-CN202010594317.8有效
发明人：鱼亮;何丹 -专利权人：西安电子科技大学
申请日： 2020-06-28 - 公布日： 2023-07-28 - 主分类号： G16B5/00 文献下载
摘要：本发明提出一种基于差异表达数据的药物重定位方法，主要解决现有技术不筛选差异基因且预测药物准确度低的问题，其方案为：获取基因数据，计算基因表达变化值及其显著值，筛选出差异表达显著的基因集合；利用该基因集合和致病基因构建疾病的两种查询基因集合；分别获取这两种基因集合与药物的相关性值及其对应的药物预测准确度；对比这两种基因集合预测的药物准确度；计算筛选后的基因集合与标准正态分布的差异值，根据该差异值和计算的表达阈值构建疾病最优查询基因集合的预测模型；使用该模型预测其他疾病的基因集合并计算预测药物的准确度，筛选出具有潜在治疗效果的候选药物。
基于差异表达数据药物定位方法

[发明专利]基于区块链与代理重加密的可信基因检测及数据共享方法-CN201711062477.2有效
发明人：翁健;李明;张悦;陈墩金;杨安家;罗伟其 -专利权人：暨南大学
申请日： 2017-11-02 - 公布日： 2020-05-08 - 主分类号： H04L29/06 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于区块链与代理重加密技术的可信基因检测及数据共享方法，应用在基于依次连接的应用管理层、区块链层以及分布式数据存储层的应用系统。同时，基于公钥加密方案，保护个人用户的隐私数据，使得个人对自己的基因数据有完全的控制权和所有权。最后，在区块链智能合约中实现一种可撤销的代理重加密方案，保证科研机构在得到个人用户授权之后获取基因组数据。
基于区块代理加密可信基因检测数据共享方法

[发明专利]一种检测基因融合的方法及装置-CN201610056501.0有效
发明人：蒋智;朱嘉麒;张兰英;王琰;段楠;郭阳 -专利权人：北京诺禾致源科技股份有限公司
申请日： 2016-01-27 - 公布日： 2019-03-15 - 主分类号： C12Q1/6869 文献下载
摘要：本发明公开了一种检测基因融合的方法及装置。其中，该方法包括以下步骤：S1，提取待检测样本的DNA，然后打断、连接接头；S2，使用根据目标基因订制的安捷伦探针利用目标区域捕获的方法捕获目标基因的待检融合中的驱动基因进而得到目标DNA片段；S3，通过高通量测序的方法对目标应用本发明的技术方案，通过目标区域捕获技术的捕获常发生融合的基因，仅对常发生融合的基因进行测序，极大的降低了测序成本；另外，利用目标区域捕获下融合驱使基因的单端融合信号加上数据库可以对目标区域捕获的基因数据的融合检出有非常高的灵敏度
一种检测基因融合方法装置

[发明专利]一种基于推荐模型的miRNA靶基因预测方法-CN201610120986.5有效
发明人：蒋辉;王建新;李敏;颜晓东;王劭恺 -专利权人：中南大学
申请日： 2016-03-03 - 公布日： 2018-02-27 - 主分类号： G06F19/20 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于推荐模型的miRNA靶基因预测方法(miRTRS)，利用已被实验验证过的miRNA靶基因数据构建miRNA与基因的二分图，并在此基础上，使用基于二分图的推荐算法来计算一个基因是miRNA靶基因的可能性，并在此推荐算法中引入了miRNA之间的序列相似性这一生物数据。最后通过推荐值降序排序，取其排名靠前的认为是miRNA靶基因关系。本发明简单易用，与已有的miRNA靶基因预测方法相比较，本发明提出的方法在预测的准确性、敏感度和特异性等方面都有明显提高，能为生物学家进行miRNA靶基因发现的实验和进一步研究提供有价值的参考信息。
一种基于推荐模型 mirna 基因预测方法

[发明专利]一种基于Hadoop的基因序列并行比对方法-CN201910293732.7在审
发明人：冯晓龙;高静 -专利权人：内蒙古农业大学
申请日： 2019-04-12 - 公布日： 2019-07-30 - 主分类号： G16B20/30 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于Hadoop的基因序列并行比对方法，包括以下步骤：步骤1：在Hadoop集群中，将基因对比软件、参考序列和任务脚本部署到各工作节点；步骤2：进行数据输入，同时读入多个数据文件，形成键值对；步骤3：在Map函数中对输入的键值对进行所属端的标记；步骤4：对数据进行分区，分区数据分发到Hadoop集群的工作节点上；步骤5：在Reduce函数中将分区数据本地化然后传递给比对算法；步骤6：收集分布到各节点上的结果文件，合并统一后存储于HDFS中，即完成基因序列的比对。本发明在分布式计算环境下实现了对基因数据的格式化输入和多路输入输出以及基于这两个特征的并行计算方法，简化了基因序列比对任务的计算流程，提高了计算效率。
基因序列比对分区数据工作节点并行分布式计算环境格式化比对算法并行计算参考序列基因对比基因数据计算效率结果文件任务脚本数据文件读入多路分发存储分区输出传递合并部署统一

[发明专利]一种优化的宏基因组binning分析微生物群落的方法-CN202010628901.0有效
发明人：夏昊强;高川;周煌凯;艾鹏;张秋雪 -专利权人：广州基迪奥生物科技有限公司
申请日： 2020-07-01 - 公布日： 2022-03-29 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种优化的宏基因组binning分析微生物群落的方法，包括对测序数据进行过滤，得到高质量测序数据，然后根据样本的来源及测序数据量的大小，选择不同的组装策略得到contigs，接着进行基因数据分析与现有技术相比，本发明是一种针对微生物群落同时开展群落整体的生物信息分析和不依赖分离培养的“单菌”基因组分析。在宏基因组层面，提供了更贴合样本特征、测序数据量的高效优质组装算法，并包含丰富全面的信息分析内容，个性新颖的可视化。实现了宏基因组分析由群落到单菌的质变，方案包含可提高准确性的数据校正，包含全面完善的bin信息汇总，有利于更方便高效地筛选到有价值的目标bin，还包含系统完善的目标bin后续分析的挖掘思路。
一种优化宏基 binning 分析微生物群落方法

[发明专利]一种基因靶向治疗方案推荐系统及相关系统-CN201910119881.1在审
发明人：刘聪;张俊平;陈磊;伍雄;叶霖;钟煜;黄仕豪;赖关丕;林彰叶 -专利权人：湖南金特尔信息技术有限公司
申请日： 2019-02-18 - 公布日： 2019-04-09 - 主分类号： G16H50/20 文献下载
摘要：本申请公开了一种基因靶向治疗方案推荐系统，包括：病例数据聚类模块，用于根据分子生态学网络分析对多个病例数据进行分类，得到多个病例集合；其中，病例数据包括基因数据和病例特征数据；相似病例获取模块，用于根据当前病例与各病例集合之间的相似度进行病例筛选通过筛选减少无用数据，提高了模型的准确率。本申请还公开了另一种基因靶向治疗方案推荐系统，具有以上有益效果。
基因靶向治疗病例数据推荐系统集合神经网络训练筛选分子生态学病例特征获取模块基因数据聚类模块目标治疗推荐模块网络分析无用数据相似度准确率治疗申请分类

[发明专利]基因测序数据压缩解压方法、系统及计算机可读介质-CN201710999663.2有效
发明人：李根;宋卓;刘蓬侠;王振国;冯博伦 -专利权人：人和未来生物科技（长沙）有限公司
申请日： 2017-10-24 - 公布日： 2020-03-17 - 主分类号： G16B50/50 文献下载
摘要：本发明公开了一种基因测序数据压缩解压方法、系统及计算机可读介质，压缩方法通过将读序列R和参考基因组进行比对获取等长基因字符序列CS；将读序列R、等长基因字符序列CS编码后通过可逆函数进行可逆运算，将读序列R在参考基因组中的最近似位置p、可逆运算结果作为两条数据流压缩输出，解压方法为压缩方法的逆向处理。本发明能够将压缩率更进一步降低、在获得相对较好的压缩率时算法的压缩/解压时间相对较短、可兼容各种将读序列和参考基因组进行比对的算法，具有压缩率低，压缩时间短，压缩性能稳定的优点，不需要对基因数据进行精准比对
基因序数压缩解压方法系统计算机可读介质

[发明专利]用于高加索三叶草PCR表达分析的内参基因及构建方法-CN201811167483.9有效
发明人：殷秀杰;燕昌江;张鸣宇;贺涛涛;衣琨;李旭;任毅晓;孙博扬 -专利权人：东北农业大学
申请日： 2018-10-08 - 公布日： 2019-09-24 - 主分类号： C12Q1/6895 文献下载
摘要：本发明公开一种用于高加索三叶草PCR表达分析的内参基因及构建方法，内参基因其核苷酸序列如序列表SEQ ID No.2所示；构建方法，如下：利用高加索三叶草7个组织转录组数据，选择7个表达稳定的内参基因，同时选用在三叶草属中常用的1个传统内参基因作为对照；将上述候选内参基因进行引物设计，对每个cDNA进行常规PCR扩增，得到引物的扩增效率和扩增到达阈值的循环数；对获得的数据进行内参基因稳定性评估分析，最终筛选到特定试验条件下最合适的内参基因和内参基因数该内参基因做参照物用于检测高加索三叶草基因表达水平变化，用于校正上样量和上样过程中存在的试验误差，保证实验结果的准确性。
内参基因三叶草构建表达分析扩增上样基因表达水平核苷酸序列稳定性评估表达稳定候选内参扩增效率三叶草属试验条件试验误差引物设计常规PCR 参照物循环数转录组引物校正筛选基因检测分析保证

[发明专利]基于网络表示学习的计算疾病相似度系统-CN202011035456.3有效
发明人：李洋;汪国华;王柯淇 -专利权人：东北林业大学
申请日： 2020-09-27 - 公布日： 2021-05-07 - 主分类号： G16H50/70 文献下载
摘要：基于网络表示学习的计算疾病相似度系统，涉及疾病相似度计算领域，特别涉及一种基于网络表示学习的计算疾病相似度系统，包括：信息融合模块：用于处理提取HumanNet信息、计算两个Go_term之间的相似度，测量基因之间的相似度；网络嵌入模块：用于将每个基因转化为向量形式；疾病相似度计算模块：基于基因的向量表示和疾病相关基因数据DisGeNET将疾病相关基因融合，得到疾病的向量表示，利用疾病向量表示度量疾病的相似性；基因与疾病预测模块：实现基于基因的向量表示，结合MLP模型，对基因与疾病之间的关系进行预测的功能；本发明用于提升计算疾病相似度的准确性。
基于网络表示学习计算疾病相似系统

[发明专利]预测方法及装置、电子设备和存储介质-CN202110728237.1在审
发明人：黎瑛;张捷 -专利权人：上海商汤智能科技有限公司
申请日： 2021-06-29 - 公布日： 2021-10-01 - 主分类号： G16B15/00 文献下载
摘要：本公开涉及一种预测方法及装置、电子设备和存储介质，所述方法包括：通过药物特征提取网络对待测物质的分子结构数据进行特征提取，得到分子特征，所述药物特征提取网络为全连接神经网络、卷积神经网络或基于序列的神经网络中的任意一种；通过基因特征提取网络对目标对象的基因数据进行特征提取，得到基因特征；对所述分子特征及所述基因特征进行融合，得到融合特征；根据所述融合特征，预测所述待测物质与所述目标对象之间的反应结果。本公开实施例能够在预测药物与基因之间的反应结果时，通过神经网络进行特征提取，不仅能够提高处理效率，还能够提高预测准确性。
预测方法装置电子设备存储介质

[发明专利]一种基于结构信息聚集模型的电子设备-CN202210410290.1在审
发明人：毕夏安;黄婷姣;陈可;吴昊;徐露允 -专利权人：湖南师范大学
申请日： 2022-04-19 - 公布日： 2022-07-15 - 主分类号： G16H50/20 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于结构信息聚集模型的电子设备，包括存储器、处理器以及存储在存储器上并可在处理器上运行的计算机程序，其特征在于，所述处理器执行所述计算机程序时用于实现：根据被试者的脑影像数据和基因数据，构建该被试者的脑区‑基因网络；将所述脑区‑基因网络通过结构信息聚集模型进行结构信息的聚集并提取边的特征后输出该被试者为阿尔茨海默症AD患者的概率的判断结果；其中，所述结构信息聚集模型是以多个正常人的脑区‑基因网络和AD患者的脑区‑基因网络作为样本预先训练得到的。
一种基于结构信息聚集模型电子设备

[发明专利]基于生物多组学知识的人体体能评价方法-CN202211134398.9在审
发明人：赵智威;林恺;高建;张强;何昆仑;石金龙 -专利权人：大连理工大学
申请日： 2022-09-19 - 公布日： 2022-12-27 - 主分类号： C12Q1/6888 文献下载
摘要：本发明总结出若干与力量、耐力、爆发力等基本身体素质相关联的基因，并且通过总结实验数据，得出若干有利于表型的优势基因型。这些基因型将对构建新型指标框架起到指导作用。根据这些基因数据，结合上述表观组型，对已有的体能测试标准进行重新分级，将基因型知识引入体能指标方案，得到分级的体能指标草案，从而满足更加细致的、更加个性化、更加符合实际需要的体能测试标准。同时针对雨林、高原、沙漠等环境对评价标准进行调整，形成不同环境下的有针对性的体能评价方法，并基于测试数据对已有的标准进行反馈优化，最终形成具有反馈机制的完整的人体体能评价标准体系。
基于生物多组学知识人体体能评价方法

[发明专利]一种基于超图结构信息聚集模型的电子设备-CN202210641651.3在审
发明人：毕夏安;陈可;邢兆旭;徐露允 -专利权人：湖南师范大学
申请日： 2022-06-08 - 公布日： 2022-09-06 - 主分类号： G16H50/70 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于超图结构信息聚集模型的电子设备，包括存储器、处理器以及存储在存储器上并可在处理器上运行的计算机程序，其特征在于，所述处理器执行所述计算机程序时用于实现：根据被试者的脑影像数据和基因数据，构建被试者的脑区‑基因超图；通过超图结构信息聚集模型将脑区‑基因超图转换为脑区‑基因边图和点图，将分别进行边级特征信息聚集与点级特征信息聚集后的边图和点图融合得到低阶脑区‑基因子超图；对脑区‑基因超图进行高阶边级‑点级结构信息聚集，得到高阶脑区‑基因子超图；根据将低阶和高阶脑区‑基因子超图融合得到的关键脑区‑基因超图输出被试者为AD概率的判断结果。
一种基于超图结构信息聚集模型电子设备