本发明提供了一种用于鉴定北京鸭的分子标记及其应用，该分子标记包括3个SNP分子标记中的任一个，用于检测这些SNP分子标记的特异性引物分别如SEQ ID NO.1‑2、SEQ ID NO.3‑4、SEQ利用上述3对引物中的任一对引物均能实现将北京鸭从其他鸭中准确、迅速地鉴别出来。用本发明提供的分子标记鉴定北京鸭，操作简单，特异性高、重复性好，极大地促进了北京鸭品种资源的正确保存和合理利用，同时为保障消费者权益提供了巨大的便利，在北京鸭的育种领域具有良好的应用前景。
本发明提供一种基于GBS技术的北京鸭简化基因测序方法，提取北京鸭基因组DNA，利用限制性内切酶MseI酶切基因组DNA，然后回收酶切片段，添加如SEQ ID NO:1‑12所示的特异接头序列，并选取550～580bp大小的带有接头序列的酶切片段构建GBS文库，在对文库进行质控后，进行高通量测序，将测序结果比对到鸭参考基因组上，并对比对结果进行质控，最终获得北京鸭基因组信息。本方法操作简单，结果准确，适用于北京鸭的实际育种工作。
