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[发明专利]一种分子动力学仿真测试系统-CN202011155391.6在审
发明人：包建东;钟岗;王财勇 -专利权人：安徽众新电子科技有限公司
申请日： 2020-10-26 - 公布日： 2021-01-05 - 主分类号： G16C10/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种分子动力学仿真测试系统，具体涉及分子动力学技术领域，包括建立模块，用于建立分子动力学数据库和分子动力学仿真软件；所述分子动力学数据库储存于服务器中，且包含有各种分子动力学研究模型；预处理模块，对所述分子动力学数据库进行预设的连接处理，以实现所述分子动力学数据库与所述分子动力学仿真软件Materials Studio的通信连接；仿真测试模块，用于基于所述分子动力学仿真软件MaterialsStudio、所述分子动力学数据库，对所述分子动力学研究模型进行软硬件协同仿真测试。
一种分子动力学仿真测试系统

[发明专利]基于力学试验结果的分子动力学模型验证方法-CN202111678442.8在审
发明人：徐西鹏;林佳明;姜峰;田子歌;吴跃勤 -专利权人：华侨大学
申请日： 2021-12-31 - 公布日： 2022-04-12 - 主分类号： G01N3/08 文献下载
摘要：本发明公开了基于力学试验结果的分子动力学模型验证方法，包括：步骤一，建立基于力学试验的分子动力学仿真模型；步骤二，设置分子动力学仿真模型的模拟参数；步骤三，依据模拟参数采用分子动力学模拟方法计算并且输出模拟结果；步骤四，处理模拟结果的数据以获仿真结果；步骤五，将分子动力学的仿真结果与力学试验结果进行对比验证。它具有如下优点：基于力学试验的验证方法能充分反映材料物理性能，有助于验证分子动力学模拟准确性，对提高分子动力学模拟结果的可信度以及分子动力学技术的广泛应用具有重要意义。
基于力学试验结果分子动力学模型验证方法

[发明专利]一种多肽链自组装过程的分子动力学研究方法-CN201710316444.X有效
发明人：邓森;张志杰;钟明峰;穆彦 -专利权人：华南理工大学
申请日： 2017-05-08 - 公布日： 2020-07-28 - 主分类号： G16B15/00 文献下载
摘要：本发明属于分子动力学研究领域，公开了一种多肽链自组装过程的分子动力学研究方法。所述方法为：构建用于分子动力学模拟的带电界面以及多肽链；然后搭建分子动力学模拟体系，采用Gromacs计算软件模拟所得体系中多肽链自组装过程，根据结果进行分子动力学研究。本发明借助分子动力学模拟，能够从原子尺度上观察多肽链的自组装过程，揭示带电界面对多肽链自组装的影响；且该方法对设备要求低、计算效率高，可研究物质在极端条件下的性质，并可同时获得系统的动力学与热力学信息。
一种多肽组装过程分子动力学研究方法

[发明专利]基于透射电镜分析结果的分子动力学模型验证方法-CN202111678457.4在审
发明人：姜峰;林佳明;徐西鹏;田子歌;吴跃勤 -专利权人：华侨大学
申请日： 2021-12-31 - 公布日： 2022-04-12 - 主分类号： G16C10/00 文献下载
摘要：本发明公开了基于透射电镜分析结果的分子动力学模型验证方法，包括：第一步，建立分子动力学仿真模型；第二步，设置模拟参数；第三步，依据模拟参数采用分子动力学模拟的方法计算并且输出模拟结果；第四步，对输出模拟结果进行处理以获晶体缺陷；第五步，将分子动力学模拟的晶体缺陷与试验获得的透射电镜结果的晶体缺陷进行对比验证。它具有如下优点：基于透射电镜分析结果的分子动力学模型验证方法，可用于分子动力学模拟结果的检验，提升分子动力学仿真模型的准确性，提高分子模拟结果的可信度。
基于透射分析结果分子动力学模型验证方法

[发明专利]各向异性单晶材料分子动力学模型建立方法-CN202111675163.6在审
发明人：姜峰;林佳明;徐西鹏;吴跃勤;田子歌;胡中伟 -专利权人：华侨大学
申请日： 2021-12-31 - 公布日： 2022-02-18 - 主分类号： G06F30/20 文献下载
摘要：本发明公开了各向异性单晶材料分子动力学模型建立方法，包括：获取各向异性单晶材料的晶体结构数据文献，数据文献包括晶体的空间群代号及晶胞参数；分析该晶体结构的周期性；确定该单晶材料分子动力学模型的模拟参数；根据分子动力学模拟的边界条件以及晶胞的周期性，确定模型的边界参数值；通过LAMMPS软件建立该各项异性的单晶材料的分子动力学模型。它能产生如下技术效果：能准确获得稳定的分子动力学仿真模型，为扩大分子动力学仿真技术的应用面提供了可靠的建模方法，对分子动力学在各向异性材料的研究应用上具有重要意义，仿真效果好，准确率高。
各向异性材料分子动力学模型建立方法

[发明专利]一种调幅分解分布的分子动力学几何模型构建方法-CN202010667817.X在审
发明人：姚尧;黄琦 -专利权人：西安建筑科技大学
申请日： 2020-07-13 - 公布日： 2020-10-23 - 主分类号： G16C10/00 文献下载
摘要：本发明属于材料分子动力学技术领域，具体涉及一种调幅分解分布的分子动力学几何模型构建方法，包括如下步骤：步骤一、基于Cahn‑Hilliard模型，构建体系调幅分解的相场模型，利用MATLAB对相场模型进行迭代，最终以vtk格式输出区块的目标浓度数据；步骤二、基于Python环境，调用区块目标浓度数据的vtk格式文件，并以Python中序列的内置类型即字典的形式存储；步骤三、创建分子动力学几何模型data文件，建立原子坐标与字典中区块的坐标的对应关系，设定区块的浓度阈值；并依据区块的浓度阈值，整理分子动力学几何模型data文件，输出新的分子动力学模型data文件；步骤四、将新的分子动力学模型data文件输入LAMMPS进行分子动力学模拟。本发明能够用于对多孔纳米金属材料进行分子动力学模拟研究。
一种调幅分解分布分子动力学几何模型构建方法

[发明专利]一种基于rmsd多特征的药物分子动力学结果分析方法-CN202010454509.9有效
发明人：刘昊;张志雨;徐锡明 -专利权人：中国海洋大学
申请日： 2020-05-26 - 公布日： 2021-03-16 - 主分类号： G16C10/00 文献下载
摘要：本发明涉及一种基于rmsd多特征的药物分子动力学结果分析方法，属于药物分子动力学技术领域，所述方法包括以下步骤：1)分子动力学RMSD图像特征分析及提取；2)使用分子力学/泊松‑玻尔兹曼表面积法计算结合自由能及能量分解本发明方法通过RMSD图像、分子力学/泊松‑玻尔兹曼表面积法，使得药物分子动力学更加高效，精确。
一种基于 rmsd 特征药物分子动力学结果分析方法

[发明专利]微/纳/光电子器件界面结构的跨尺度设计方法-CN201110164391.7有效
发明人：杨平;张立强;谢方伟;李培;宋喜福;席涛;于新刚;王晓亮;王欢 -专利权人：江苏大学
申请日： 2011-06-20 - 公布日： 2011-10-19 - 主分类号： G06F17/50 文献下载
摘要：本发明公开一种微/纳/光电子器件界面结构的跨尺度设计方法，先设计有限元界面元耦合区域和分子动力学界面元耦合区域，构造有限元、界面元及分子动力学的耦合模型；再在有限元区域利用有限元法求解有限元方程，将有限元方程解转化到界面元区域的边界进而求解出界面元区域的解；然后对分子动力学界面元耦合区域内的原子进行赋值，将界面元区域的解转化为分子动力学区域内的原子的边界条件；在分子动力学区域内启动分子动力学求解，采用非平衡态分子动力学模型求解原子的新位置；最后判断分子动力学区域的系统平衡
光电子器件界面结构尺度设计方法

[发明专利]一种CO2-CN202210480178.5在审
发明人：董珍珍;李伟荣;马欣乐;许浩彬;吴磊;王琳竣;刘浩;石倩倩 -专利权人：西安石油大学
申请日： 2022-04-28 - 公布日： 2022-11-22 - 主分类号： G06F30/20 文献下载
摘要：本发明公开了一种CO2‑夹带剂复合体系吞吐的分子动力学模拟方法，属于CO2驱油技术领域。该CO2‑夹带剂复合体系吞吐的分子动力学模拟方法包括：提供CO2‑夹带剂复合体系模型，并开发以及优化粗粒度分子动力学力场之后，基于所述粗粒度分子动力学力场进行分子动力学模拟，并每隔5ps采集组分密度分布、均方位移的数据并进行计算分析。本发明提供的CO2‑夹带剂复合体系吞吐的分子动力学模拟方法不仅可以模拟大尺度的动力学行为，而且能够更加全面地表征页岩油藏中分子间以及分子与壁面间相互作用；同时，可在分子层面揭示分子间、分子与壁面等作用下页岩微纳米孔道内的分子颗粒流动规律，从而实现了揭示多机理协同作用下页岩油藏动用机理。
一种 co base sub

[发明专利]固有无序蛋白的药物分子设计方法和装置-CN202111370449.3有效
发明人：孙伟杰 -专利权人：北京深势科技有限公司
申请日： 2021-11-18 - 公布日： 2023-03-14 - 主分类号： G16C10/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种固有无序蛋白的药物分子设计方法以及装置。该方法包括如下步骤：根据固有无序蛋白的氨基酸序列构建蛋白初始三维结构，对蛋白初始三维结构进行强化动力学模拟采样至收敛以获得蛋白质的构象系综，并进行热力学性质分析，以得到热力学重要状态；根据强化动力学模拟轨迹聚类后挑选出中心构象，然后对中心构象进行经典分子动力学模拟，根据模拟轨迹构建马尔科夫态模型，迭代分子动力学模拟至马尔科夫态模型符合标准，然后对马尔科夫态模型进行分析，以得到动力学性质并且从中获得动力学重要状态；根据热力学重要状态和动力学重要状态，进行深度对接处理以及分子生成处理，以获得能够作用于固有无序蛋白的候选活性药物分子。
固有无序蛋白药物分子设计方法装置

[发明专利]沥青粗粒化分子动力学建模与微观结构分析方法-CN202211227146.0在审
发明人：谭忆秋;李冠男;刘爽;吕慧杰 -专利权人：哈尔滨工业大学
申请日： 2022-10-09 - 公布日： 2022-12-20 - 主分类号： G06F30/25 文献下载
摘要：沥青粗粒化分子动力学建模与微观结构分析方法，本发明为了解决现有基于全原子模拟的分子动力学方法难以实现介观尺度的模拟研究等问题。建模方法：一、根据沥青三组分分子的化学特征建立沥青分子的粗粒化分子结构；二、根据粗粒化粒子类型计算沥青粗粒化分子动力学力场参数，粗粒化分子动力学力场UCG＝Unon‑bond+Ubond；三、沥青粗粒化分子动力学模型建模进行模型平衡。本发明以热力学与统计力学理论为基础，提出了改良的沥青粗粒化力场参数计算方法，获得了沥青粗粒化力场，有效扩展了沥青分子动力学研究尺度，实现了沥青微观结构有效表征，从而准确预测了沥青在不同温度下的微观结构。
沥青化分动力学建模微观结构分析方法

[发明专利]在高性能集群系统中安装分子动力学类应用程序的方法-CN201310261058.7在审
发明人：姜金良;马少杰;曹振南;李斌;赵明坤;侯雪峰;何沧平;田相桂;杨亮;易成;曹征;苗春葆;胡耀国;范娟 -专利权人：曙光信息产业（北京）有限公司
申请日： 2013-06-26 - 公布日： 2013-09-18 - 主分类号： G06F9/445 文献下载
摘要：本发明公开了一种在高性能集群系统中安装分子动力学类应用程序的方法，包括：载入所述分子动力学类应用程序的环境变量；根据当前安装平台的系统类型和网络配置选择对应的安装方式和数学库；利用所述环境变量和所述数学库，通过所述安装方式安装所述分子动力学类应用程序。通过本发明所提供在高性能集群系统中安装分子动力学类应用程序的方法提高了安装高性能集群系统中安装分子动力学类应用程序的效率。
性能集群系统安装分子动力学应用程序方法

[发明专利]一种基于分子动力学的LST-GDC纳米团簇烧结模拟的方法-CN202010574547.8在审
发明人：梁超余;袁金良;冯祥;王家堂 -专利权人：宁波大学
申请日： 2020-06-22 - 公布日： 2020-09-29 - 主分类号： G16C10/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于分子动力学的LST‑GDC纳米团簇烧结模拟的方法，其包括：采用分子建模软件分别构建LST‑GDC纳米团簇模型，并转换成分子动力学模拟软件可识别的数据文件；选取能够反映LST‑GDC所包含的所有原子之间相互作用力的势函数；设定系统弛豫与分子建模软件中分子动力学模拟的参数，通过分子动力学模拟软件计算并输出烧结LST‑GDC模型坐标文件，导入可视化软件进行可视化分析，并通过切面分析得到烧结结构内部的信息。本发明的基于分子动力学的LST‑GDC纳米团簇烧结模拟的方法能够采用分子动力学模拟出LST‑GDC烧结过程中的微观结构变化，并可视化观察烧结过程。
一种基于分子动力学 lst gdc 纳米烧结模拟方法

[发明专利]一种基于分子动力学的LST-GDC纳米团簇烧结模拟的方法-CN202011178630.X在审
发明人：梁超余;袁金良;冯祥;王家堂 -专利权人：宁波大学
申请日： 2020-10-29 - 公布日： 2021-01-22 - 主分类号： G16C10/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于分子动力学的LST‑GDC纳米团簇烧结模拟的方法，其包括：采用分子建模软件分别构建LST‑GDC纳米团簇模型，并转换成分子动力学模拟软件可识别的数据文件；选取能够反映LST‑GDC所包含的所有原子之间相互作用力的势函数；设定系统弛豫与分子建模软件中分子动力学模拟的参数，通过分子动力学模拟软件计算并输出烧结LST‑GDC模型坐标文件，导入可视化软件进行可视化分析，并通过切面分析得到烧结结构内部的信息。本发明的基于分子动力学的LST‑GDC纳米团簇烧结模拟的方法能够采用分子动力学模拟出LST‑GDC烧结过程中的微观结构变化，并可视化观察烧结过程。
一种基于分子动力学 lst gdc 纳米烧结模拟方法

[发明专利]用于分子的控制释放的聚合物载体的设计-CN201810136783.4有效
发明人： V·鲁恩卡纳;B·拉伊;A·帕里克;B·S·德瓦达斯;R·古普塔 -专利权人：塔塔咨询服务有限公司
申请日： 2018-02-09 - 公布日： 2023-10-24 - 主分类号： G16C10/00 文献下载
摘要：提供用于分子的控制释放的聚合物载体的设计所用的系统和方法。该方法包括以下步骤：从数据库接收聚合物载体、溶剂和所述聚合物载体中的待释放分子的多个输入参数；以及使用所述多个输入参数中的一个以上的输入参数来进行分子动力学(MD)模拟，以估计所述聚合物载体、所述溶剂和所述待释放分子的热力学性质和输送性质基于所估计的热力学性质和输送性质来估计所述聚合物载体的溶胀和降解动力学以及所述聚合物载体中的所述待释放分子的释放动力学，并且基于所述待释放分子的所估计的释放动力学和目标释放动力学之间的差异来生成建议配方
用于分子控制释放聚合物载体设计

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