[发明专利]基于Taqman低密度芯片的胶质瘤EM/PM分子分型方法及其应用

摘要

本发明公开了一种基于Taqman低密度芯片的胶质瘤EM/PM分子分型方法及其应用。本发明提供了一种可具体实施EM/PM分子分型的Taqman低密度芯片产品及配套试剂盒，以及基于支持向量机的EM/PM分型算法构建的模型。使用该芯片及模型可快速便捷地完成病人EM/PM分型及个体化诊断，对患者给出风险分层及个体化用药的指导。相较于基于Affymetrix芯片或mRNA seq的表达谱检测分型要7到10天才能完成，本发明的检测方法仅需在一个工作日内就能完成。同时，本发明采用的芯片及检测仪器均为实验室常备的检测仪器，不需再额外装备大型设备(例如Affymetrix芯片检测系统或高通量测序仪器)。

主权项

1.检测特定基因表达量的物质和存储有EM/PM分型预测模型的介质在制备产品中的应用；所述产品的功能为胶质瘤分型或预测胶质瘤患者生存期；/n所述特定基因为44个基因；/n所述44个基因分为EM基因群、PM基因群和EM^lowPM^low基因群；/n所述EM基因群由如下12个基因组成：ACSS3、CDKN2C、EGFR、ELOVL2、HS3ST3B1、ITGB8、NES、SEC61G、SOCS2、UHRF1、VAV3和PDGFA；/n所述PM基因群由如下28个基因组成：C1QL1、CHD7、CSNK1E、DLL3、ETV1、KLRC3、LPHN3、LPPR1、MARCKS、MMP16、MYT1、NAV1、NLGN1、NOVA1、NXPH1、OLIG1、OLIG2、PATZ1、PCGF2、PDGFRA、RFX7、SOX6、SOX8、TACC2、TSHZ1、ZEB1、ZNF22和ZNF462；/n所述EM^lowPM^low基因群由如下4个基因组成：ENPP2、GABRA1、MAL和MOG；所述EM/PM分型预测模型按照包括如下步骤的方法获得：/n所述EM/PM分型预测模型按照包括如下步骤的方法获得：/n(1)分别检测n个样本的特定基因的表达量；/n(2)取步骤(1)获得的所有样本的特定基因表达量的数据，通过一致性聚类算法将每个胶质瘤样本分为EM型、PM型或EM^lowPM^low型；/n(3)取步骤(1)获得的所有样本的特定基因表达量的数据和步骤(2)获得的所有样本的分型结果，通过支持向量机算法构建以特定基因表达量为输入以分型归属概率为输出的模型，即为EM/PM分型预测模型；/n所述分型归属概率即某一样本为EM型的概率、为PM型的概率和为EM^lowPM^low型的概率。/n