[发明专利]一种盘羊及其杂交后代遗传基因研究方法

摘要

本发明公开了一种盘羊及其杂交后代遗传基因研究方法。包括：以亲本巴什拜羊、野生盘羊、杂交F1代、回交F2代个体作为研究对象；获取群体DNA，纯度、浓度及体积，文库制备和质检，测序，获得原始测序数据；进行数据过滤并评估测序质量，获得目标分析序列数据；将目标分析序列数据比对到巴什拜羊参考基因组上，获得比对上的数据；检测比对上的数据的SNP、InDel及SV，进行注释，获得家系群体全基因组中的SNP数据信息、InDel数据信息、SV数据信息；通过各数据信息分析家系群体个体遗传变异信息，推测和确定性状相关信息。通过本发明方法可清楚展示盘羊遗传相关基因，可为以后育种提供科学依据。

主权项

1.一种盘羊及其杂交后代遗传基因研究方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：(1)以野生盘羊为父本，以巴什拜羊为母本，杂交后产生杂交F1代；以所述杂交F1代为父本，以所述巴什拜羊为母本，杂交后产生回交F2代；以所述野生盘羊、所述巴什拜羊、所述F1代及所述F2代为研究对象；(2)分别获取所述研究对象的DNA，检测所述DNA的纯度、浓度及体积，对检测合格后的样品进行文库制备和文库质检，对质检合格的文库进行测序，获得原始测序数据；(3)对所述原始测序数据进行数据过滤并评估测序质量，经数据质控合格后获得目标分析序列数据；(4)将所述目标分析序列数据比对到巴什拜羊参考基因组上，经比对指标质控合格后获得比对上的数据；(5)检测所述比对上的数据的单核苷酸变异SNP、小片段插入缺失变异InDel、染色体结构变异SV，并进行注释，获得所述研究对象的全基因组测序序列中的SNP数据信息、InDel数据信息、SV数据信息；(6)通过SNP数据信息、InDel数据信息、SV数据信息确定家系群体的全基因组变异信息；通过家系个体相似度IBD分析，确定家系个体与亲本相似的数据信息；分析比较家系个体中SV有变化规律的信息和所述IBD分析结果，推测性状相关信息；通过家系群体的个体之间的SNP频率差异和所述IBD的分析结果，对子代遗传亲本的片段进行特定SNP频率计算，确定相关性状出现的机制信息。