[发明专利]一种拉链式可延伸探针在cfDNA文库构建中的应用有效
| 申请号： | 201910094209.1 | 申请日： | 2019-01-30 |
| 公开（公告）号： | CN109797196B | 公开（公告）日： | 2022-06-07 |
| 发明（设计）人： | 余越美;蔡万世;孙永乐 | 申请（专利权）人： | 艾吉泰康生物科技（北京）有限公司 |
| 主分类号： | C12Q1/6806 | 分类号： | C12Q1/6806;C40B50/06;C12N15/01 |
| 代理公司： | 北京汇知杰知识产权代理有限公司 11587 | 代理人： | 杨巍;蔡伦 |
| 地址： | 102206 北京市昌平区中关*** | 国省代码： | 北京;11 |
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| 摘要： | 本发明公开了一种使用拉链式可延伸探针的cfDNA文库构建方法，包括：获得拉链式探针，其3’端包括与目标DNA单链互补配对的15‑20个碱基，5’端包括颈环结构，所述颈环结构中互补配对的碱基数目为18‑50个，所述颈环结构的环部从5’‑3’方向包括A和U碱基；将DNA样品打断成片段，变性成单链DNA；所述拉链式探针与变性后的单链DNA进行连接反应，然后进行延伸并在延伸链的3’端加上A，形成末端封闭的双链DNA复合物；在进行剪切，形成平末端3’都带有A的双链DNA；将所述双链DNA与接头连接；对所述连接接头的双链DNA进行探针捕获；对所述捕获序列进行测序，获得捕获序列的测序结果。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 链式 延伸 探针 cfdna 文库 构建 中的 应用 | ||
【主权项】：
1.一种使用拉链式可延伸探针的cfDNA文库构建方法，所述方法包括：(1)获得拉链式探针，所述拉链式探针的3’端包括与目标DNA单链互补配对的15‑20个碱基，优先选择16个碱基，5’端包括颈环结构，所述颈环结构中互补配对的碱基数目为18‑50个，优选20个，所述颈环结构的环部从5’‑3’方向包括A和U碱基；(2)将DNA样品打断成片段，变性成单链DNA；(3)所述拉链式探针与变性后的单链DNA进行连接反应，将连接产物进行延伸，并在延伸链的3’端加上A，形成末端封闭的双链DNA复合物；(4)将双链DNA复合物剪切，形成平末端3’都带有A的双链DNA；(5)将所述双链DNA与接头连接；(6)对连接接头的所述双链DNA进行探针捕获；(7)对所述捕获序列进行测序，获得捕获序列的测序结果。
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