[发明专利]一种拉链式可延伸探针在cfDNA文库构建中的应用

权利要求书

1.一种使用拉链式可延伸探针的cfDNA文库构建方法，所述方法包括：

(1)获得拉链式探针，其从5’-3’的序列为：颈环部分序列+AU+与颈环部分互补序列+与目标区域互补序列，其中所述与目标区域互补序列包括15-20个碱基，颈环结构中互补配对的碱基数目为18-50个；

(2)将DNA样品打断成片段，变性成单链DNA；

(3)所述拉链式探针与变性后的单链DNA进行连接反应，将连接产物进行延伸，并在延伸链的3’端加上A，形成末端封闭的双链DNA复合物；

(4)剪切双链DNA复合物的U碱基，形成平末端3’都带有A的双链DNA；

(5)将所述双链DNA与接头连接；

(6)对连接接头的所述双链DNA进行探针捕获；

(7)对所述捕获序列进行测序，获得捕获序列的测序结果。

2.根据权利要求1的方法，其中，所述与目标区域互补序列包括16个碱基。

3.根据权利要求1的方法，其中，所述颈环结构中互补配对的碱基数目为20个。

4.根据权利要求1的方法，在(3)中在Klenow片段的作用下进行延伸。

5.根据权利要求1的方法，在(4)中在USER酶的作用下进行剪切。

6.根据权利要求1的方法，在(5)中所述接头包括分子标签。

7.根据权利要求1的方法，在(1)中所述拉链式探针的序列如下：

ACGGTATTGA++AU+TCAATACCGT+与目标区域互补序列。

8.一种拉链式探针，其从5’-3’的序列为：颈环部分序列+AU+与颈环部分互补序列+与目标区域互补序列；其中所述与目标区域互补序列包括15-20个碱基，颈环结构中互补配对的碱基数目为18-50个。

9.根据权利要求8的拉链式探针，其中，所述与目标区域互补序列包括16个碱基。

10.根据权利要求8的拉链式探针，其中，所述颈环结构中互补配对的碱基数目为20个。

11.根据权利要求8的拉链式探针，所述拉链式探针的序列如下：

ACGGTATTGA++AU+TCAATACCGT+与目标区域互补序列。