[发明专利]一种对单核苷酸多态性与特定性状关联性评估和量化的方法

摘要

本发明公开了一种对单核苷酸多态性与特定性状关联性评估和量化的方法。涉及基因检测技术领域，具体是根据illumina二代测序平台获取大量人群的全外显子组数据建立的SNPs数据库，并检索已发表文献中与特定性状关联的SNPs及其相关参数，然后对多个SNPs关联到单一特定性状的关联程度建立评分体系，进一步对所得分值进行均一化和等级评价，得到该性状在人群中的评价等级和分值；应用相同的逻辑和方法，可以对与多个性状关联的复杂性状也进行评分和等级评价。本发明科学统一的评估方法和量化体系，为基因检测技术在不局限于疾病检测的更多领域（如健康领域）的应用提供科学基础，合理开展相关应用。

主权项

1.一种基于已发表文献报道的用高通量外显子测序技术获得的单核苷酸多态性(SNP)与特定性状关联性评估与量化的方法，其特征在于，包括如下步骤：1)通过illumina二代测序平台获取大量人群的全外显子组数据，并进行标准化的数据处理和SNPs信息获取，从而建立中国人群SNPs的数据库；2)确定表型性状的级别和相互关系，对需要评估和量化的复杂性状指标设定为一级性状Ai(i＝1,2,…,j)；在每个复杂性状中包含下级性状，设定为二级性状Bi(i＝1,2,…,k)；……最底层的性状直接与已有报道的SNPs对应关联，设定已有报道的SNPs指标为Ci(i＝1,2,…,l)，性状A，B，C之间为包含关系，但并非一一对应关系，即特定性状Ai可以包含n个性状B(n≤k)，特定性状B可以包含n个性状C(n≤l)；3)对步骤2)中的相关性状进行已发表文献的全面调研，筛选出所有与之相关联的SNPs；对上述筛选得到的SNPs进行进一步的筛选，剔除不符合要求的SNPs，获取每个SNP与相关性状的关联性的指标参数，主要获取指标有：(1)优势比(odd ratio，OR)：在变异组和对照组中，效应等位基因或基因型频率的比值；(2)分数差异(Score difference，SD)：效应等位基因或基因型携带者和非携带者之间的表现测量分数(performance measure scores)的变化；(3)P值(P‑value)：显著差异系数；4)根据步骤3)中的SNP指标参数以及样本的基因型类别确定关联分值(Correlation score，CS)，如下表所示，量值范围为从0～5，不设负值，注：本表格以A>G(G为效应等位基因)为例进行说明；5)对于与多个SNPs关联的复杂性状，如步骤2)中的二级性状Bi，采取按单个SNP的CS值加和的方式得到总分值(Total score，TS)；在人群中，相同的复杂性状Bi，按以下步骤对TS进行均一化并且划分为四个评分等级：(1)取囊括90％的人群的总分值，将其定义为高分值(hiscore，HS)；取囊括60％的人群的总分值，将其定义为平均值(avgscore，VS)；将平均值与高分值的比值百分数定义为个体平均值(normal_avgscore，NVS)，即：NVS＝VS/HS*100％(2)将每个个体的总分值进行均一化后定义为个体分值(normal_score，NS)，其计算方式为个体总分值与高分值比值的百分数，即：NS＝TS/HS*100％(3)通过NS的分值以及与NVS的关系判定受测个体在人群中的评分等级，最多划分为四个等级：A——显著关联；B——高度关联；C——一般关联；D——低度关联；以上等级评价会根据具体实施对象进行同等级替换；6)运用步骤5)中的均一化和评分原则对再上一级复杂性状进行关联和等级评判，直到最高一级复杂性状关联评估完成；如步骤2)中的Ai与多个Bi相关联，其均一化和评分原则与步骤5)一致；7)通过可视化报告将相关数据和评判结果清晰合理的进行展示。