[发明专利]使用具有独特分子索引(UMI)的冗余读段在测序DNA片段中抑制误差有效
| 申请号： | 201680036120.4 | 申请日： | 2016-04-20 |
| 公开（公告）号： | CN108138227B | 公开（公告）日： | 2021-09-17 |
| 发明（设计）人： | S.内勒;B.郑;E.科斯特姆;A.阿拉瓦尼斯;A.索;X.蔡;Z.张 | 申请（专利权）人： | 亿明达股份有限公司 |
| 主分类号： | C12Q1/6869 | 分类号： | C12Q1/6869 |
| 代理公司： | 北京市柳沈律师事务所 11105 | 代理人： | 张文辉 |
| 地址： | 美国加利*** | 国省代码： | 暂无信息 |
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| 摘要： | 公开的实施方案关注用于使用独特分子索引(UMI)序列来测定感兴趣的序列的方法、装置、系统和计算机程序产品，所述独特分子索引序列与单独的多核苷酸片段，包括具有低等位基因频率和长序列长度的序列独特可关联。在一些实施方案中，UMI包含例如使用Y型衔接子引入的物理(外源)UMI，和要测序的DNA片段中存在的虚拟(内源)UMI两者。在一些实施方案中，独特分子索引序列包括非随机序列。还提供了用于实施公开的方法来测定感兴趣的序列的系统、装置、和计算机程序产品。 | ||
| 搜索关键词： | 使用 具有 独特 分子 索引 umi 冗余 dna 片段 抑制 误差 | ||
【主权项】：
使用独特分子索引(UMI)对来自样品的核酸分子测序的方法，其中每个独特分子索引(UMI)是能用于鉴定所述样品中双链DNA片段的单独分子的寡核苷酸序列，所述方法包括：(a)将衔接头应用于所述样品中双链DNA片段的两个末端，其中所述衔接头各自包含双链杂交区、单链5’臂、单链3’臂、和所述衔接头的一条链或每条链上的物理UMI，从而获得DNA‑衔接头产物；(b)扩增所述DNA‑衔接头产物的两条链以获得多个扩增的多核苷酸；(c)对所述多个扩增的多核苷酸测序，从而获得多个读段，每个读段与物理UMI相关联；(d)鉴定与所述多个读段相关联的多个物理UMI；(e)鉴定与所述多个读段相关联的多个虚拟UMI，其中每个虚拟UMI是所述样品中DNA片段中发现的序列；以及(f)使用(c)中获得的所述多个读段、(d)中鉴定的所述多个物理UMI、和(e)中鉴定的所述多个虚拟UMI来测定所述样品中的所述双链DNA片段的序列。
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