[发明专利]基因倒位突变检测方法

摘要

本发明公开了一种基因倒位突变检测方法，利用常规LD‑PCR(长距离PCR)体系在较低PCR循环数下获得预扩增产物，然后采用多重荧光竞争性PCR拷贝数定量技术对预扩增产物进行野生型特异扩增片段以及突变型特异扩增片段同时进行拷贝数定量，根据预扩增片段的扩增谱来确定样本的基因型。本发明通过不要求野生型和突变型特异扩增产物片段大小有区别，减少PCR扩增循环数，去除琼脂糖电泳以及对扩增产物量进行准确定量等操作，有效克服了传统等位基因特异性PCR检测方法的缺点，具备了检测更快速、操作更简单以及检测更准确的优点。

主权项

一种基因倒位突变检测方法，其特征在于，包括以下步骤：1)针对待测的基因组倒位突变区域，在区域内外设计对应的多组PCR引物，当检测样本为正常样本和发生不同类型基因组倒位突变的样本时，所述PCR引物的扩增产物在碱基序列上会存在差异；2)根据需要检测的基因组倒位突变情况，将所述多组PCR引物在一个或多个反应体系内对待测样本进行低循环PCR预扩增获得预扩增产物；3)针对所述PCR扩增产物，区分为倒位突变的野生型等位基因和突变型等位基因的差异碱基序列，设计对应的多重PCR引物，每对引物中的一条具有荧光标记；在倒位突变区以外的其他基因组区域选取至少一个参照基因片段，设计至少一对PCR引物，每对引物中的一条具有荧光标记，同种荧光标记的多重PCR引物对应的扩增产物的长度有差异；4)设计针对上述标记DNA序列和参照基因序列的外源竞争DNA片段，所述外源竞争DNA片段与步骤3中对应的多重荧光PCR引物的扩增产物高度一致，为对应扩增产物的序列缺失或插入少数1‑50个碱基的序列，该外源竞争DNA片段可以被步骤3中对应PCR引物扩增；5)对所有外源竞争DNA片段进行定量；6)将混合后的外源竞争DNA片段与一定量的步骤2中PCR预扩增产物或一定量的未扩增的正常样本基因组DNA混合，以二者的混合DNA片段为模板进行多重荧光PCR扩增；7)扩增产物通过变性荧光毛细管电泳将不同长度的片段分开，得到每个条带的位置信息以及荧光强度；8)根据数据分析预扩增片段的扩增谱来确定样本的基因型。