[发明专利]一种利用SNP进行产前亲权关系判定的方法

摘要

本发明提供了一种利用SNP进行产前亲权关系判定的方法，利用SNP作为遗传标记，结合高通量测序技术进行产前亲权关系的判定，只需提供母亲外周血10ml，在母亲外周血浆中提取的游离DNA已经包含了胎儿的游离DNA，所以母亲和胎儿只需一份样品即可。由于只需抽取孕妇的静脉血，操作简便，因此不会对孕妇和胎儿造成创伤，且孕10周后即可鉴定。

主权项

一种利用SNP进行产前亲权关系判定的方法，其特征在于包括如下步骤：步骤一，设计最小等位基因频率为0.4‑0.5的SNP位点及引物；步骤二，提取孕妇样本和待定男性样本的样品DNA；步骤三，样品DNA的高通量测序前处理；步骤四，高通量测序；步骤五，高通量测序数据后处理，并筛选出孕妇样本和待定男性样本的纯合SNP位点；具体为：1)将测序得到的序列进行初步过滤，并与人类基因组序列进行比对，筛选出错配碱基＜3％的唯一比对序列，然后根据比对结果统计出每个SNP位点的覆盖深度、碱基种类和每种碱基对应数目；2)根据统计结果，对每个SNP位点中四种碱基出现次数进行排序，四种碱基种类按照次数从多到少的顺序分别称作Major_alle、Minor_alle、Third_alle及Fourth_alle，每种类型碱基出现的次数依次为Major_num、Minor_num、Third_num及Fourth_num，并得出SNP位点的覆盖深度Depth，Depth等于四种碱基数目之和，即Detph＝Major_num+Minor_num+Third_num+Fourth_num；3)计算出在SNP位点中出现次数最多的碱基占该位点总覆盖深度的比例，即最高碱基比例Major_percent＝Major_num/Detph，筛选出覆盖深度Detph大于200层，且最高碱基比大于99％的位点；步骤六，将孕妇样本和待定男性样本在每个相同的纯合SNP位点进行对比，最高碱基类型相同的位点定义为一个一致位点，最高碱基类型不同则将该位点定义为一个否定位点，统计出一致位点和否定位点的数目；步骤七，当否定位点数目大于等于5个即可否定胎儿与待定男性的亲缘关系，当一致位点数目大于等于35个则不能否定胎儿与待定男性的亲缘关系。